Peter Shor đã chỉ ra rằng hai trong số các vấn đề trung gian NP quan trọng nhất, bao thanh toán và vấn đề nhật ký rời rạc, nằm trong BQP. Ngược lại, thuật toán lượng tử được biết đến nhiều nhất cho SAT (tìm kiếm của Grover) chỉ mang lại sự cải tiến bậc hai so với thuật toán cổ điển, gợi ý rằng các vấn đề hoàn chỉnh NP vẫn có thể gây ra trên máy tính lượng tử. Như Arora và Barak chỉ ra, BQP cũng có một vấn đề không được biết đến trong NP, dẫn đến phỏng đoán rằng hai lớp không thể so sánh được.
Có bất kỳ kiến thức / phỏng đoán nào về lý do tại sao các vấn đề trung gian NP này có trong BQP không, nhưng tại sao SAT (theo như chúng ta biết) thì không? Các vấn đề trung gian NP khác có theo xu hướng này không? Cụ thể, là đẳng cấu đồ thị trong BQP? (cái này không google tốt).