Nhiều thiết bị ngoại vi USB bao gồm các bộ vi điều khiển dựa trên flash. Mặc dù các bộ vi điều khiển dựa trên mặt nạ-ROM rẻ hơn, nhưng việc sử dụng bộ vi điều khiển dựa trên flash có thể cho phép nhà sản xuất có một bảng có thể có nhiều loại sản phẩm OEM, mỗi sản phẩm đều báo cáo tên được bán. Một số thiết bị ngoại vi bao gồm phần sụn cho phép chúng được lập trình lại từ cổng USB; để chúng được cấu hình theo cách đó sẽ cho phép nhà sản xuất lập trình các bộ phận theo cách phù hợp với khách hàng có khối lượng cao nhất và lập trình lại chúng theo yêu cầu cho các tùy chỉnh khác.
Nếu một con chuột tình cờ bao gồm một vi điều khiển flash, một kẻ độc hại có thể lập trình lại nó để hành xử như một thiết bị lây nhiễm phần mềm độc hại. Bởi vì hầu hết những con chuột không có khả năng sử dụng các bộ vi điều khiển đặc biệt lớn, nên có thể không có chỗ cho phần mềm độc hại nếu chuột bắt buộc phải sử dụng được như một con chuột. Mặt khác, một số phần mềm độc hại có thể xác định một con chuột dễ bị tổn thương và lập trình lại nó theo cách nó sẽ không còn hoạt động như một con chuột, nhưng sẽ hoạt động như một tác nhân xấu xa khi cắm vào máy không bị nhiễm bệnh [trên lý thuyết rằng ai đó có chuột ngừng hoạt động có thể kiểm tra nó trên máy tính khác].
Nhìn chung, sẽ không khó để thiết kế một thiết bị ngoại vi USB theo cách mà một khi phần mềm cuối cùng được tải, nó không thể được tải lại từ cổng USB, nhưng không có cách nào chung để phân biệt các thiết bị miễn dịch với việc lập trình lại từ các thiết bị phát sinh 't. Cũng có thể thiết kế một "trung tâm USB thông minh" với màn hình và một số nút, khi thiết bị được cắm, cho biết thiết bị đang tuyên bố là gì, yêu cầu xác nhận trước khi máy tính có thể nhìn thấy thiết bị và hạn chế liên lạc của thiết bị với những thiết bị đã được phê duyệt cho loại thiết bị, nhưng tôi không biết liệu có thiết bị trung tâm thông minh nào như vậy không.