Một nhược điểm lớn là sự phức tạp thêm - các công cụ 3D không phải lúc nào cũng có cùng mức hỗ trợ hạng nhất cho đồ họa 2D như các công cụ 2D chuyên dụng. Điều này có nghĩa là đó là rất nhiều công việc phụ để xử lý và sáng tác cảnh 2D và / hoặc bạn vẫn phải đối phó với sự phức tạp của đường ống chuyển đổi và toán học 3D. Đặc biệt nếu bạn không hoàn toàn quen thuộc với các nguyên tắc cơ bản của lý thuyết đồ họa 3D, bạn có thể thấy mình lạc lõng và bối rối khi hình ảnh của bạn không xuất hiện và nếu không cẩn thận, bạn có thể vấp phải một "giải pháp" khiến bạn hình ảnh xuất hiện nhưng không nhất thiết phải chính xác (và do đó sẽ cắn bạn sau này).
Nhưng ngoài khía cạnh con người, miễn là công cụ 3D có các công cụ bạn cần để xây dựng trò chơi 2D của bạn, việc sử dụng một công cụ không phải là ý tưởng tồi . Chúng phổ biến hơn nhiều trong những ngày này và có xu hướng được phát triển mạnh mẽ hơn, vì vậy đó là một lợi thế. Ngoài ra, có thể vẫn còn một số công cụ hoặc khung tập trung 2D ngoài kia không sử dụng D3D hoặc OpenGL đằng sau hậu trường, và do đó có thể không nhận được lợi ích của GPU hiện đại.
Trong câu hỏi liên quan này, bạn có thể thấy rất nhiều cuộc thảo luận về những gì có thể làm cho 3D trở nên khó khăn hơn (bạn sẽ chỉ phải đối phó với một tập hợp con là bạn chỉ sử dụng công cụ 3D cho trò chơi 2D).