Có nhiều vấn đề với tự động lấy nét theo pha khiến nó kém hơn so với lấy nét thủ công khi sử dụng liveview:
Lỗi sai / hiệu chuẩn . AF không được thực hiện bằng cảm biến hình ảnh chính, mà là một cảm biến AF riêng biệt được cho là được gắn cùng khoảng cách phía sau ống kính. Giá đỡ này chịu được dung sai, cũng như vị trí của nhóm lấy nét trong ống kính. Đây là một vấn đề vì PDAF không hoàn toàn khép kín, tức là nó không liên tục tinh chỉnh khoảng cách lấy nét. Khi nó tin rằng nó đủ gần, nó sẽ gửi một lệnh tới ống kính để di chuyển và sau đó chấm dứt. Liveview sử dụng hình ảnh thực tế được chiếu lên cảm biến thực tế để dung sai của ống kính không có hiệu lực.
Có một ngưỡng cho những gì hệ thống AF tin là đủ tốt . Như đã đề cập ở điểm trước, hệ thống AF sẽ gửi lệnh cuối cùng khi nó tin rằng khoảng cách lấy nét là đủ gần. Các ngưỡng này được đặt vào cuối những năm 1980 khi mọi người không in lớn hơn 9 "x6" từ phim âm bản 35mm. Canon 5D mkIII RAW sẽ chứa nhiều chi tiết hơn đáng kể so với âm 35mm, hệ thống AF có thể hài lòng với việc "đủ gần" nhưng xem hình ảnh ở mức 100% hoặc in kích thước lớn sẽ phát hiện lỗi. Việc triển khai AF trực tiếp tốt có thể tiếp tục cho đến khi tiêu điểm chết hoặc đủ gần để không thấy sự cải thiện nào trên cảm biến hình ảnh bằng cách di chuyển ống kính.
PDAF thực hiện phát hiện pha bằng cách đo độ lệch ngang giữa các mẫu độ sáng được phát hiện bởi hai mảng pixel 1 chiều . Nó có thể dễ dàng bị nhầm lẫn bằng cách lặp lại các mẫu có thể xuất hiện liên kết tốt ở các độ lệch khác nhau. Ngoài ra, đối với các đối tượng có sự thay đổi chủ yếu theo một hướng (chẳng hạn như sọc), độ chính xác bị giảm, giảm xuống 0 khi góc giữa kết cấu và cảm biến AF tiến đến 0. Liveview / độ tương phản phát hiện AF và lấy nét thủ công nhìn vào toàn bộ khu vực, không phải là một dòng duy nhất và do đó nhạy cảm với chi tiết theo bất kỳ hướng nào và không dễ bị nhầm lẫn.
PDAF được thực hiện với ống kính mở rộng . Điều này có thể gây ra vấn đề với các ống kính thể hiện sự thay đổi tiêu cự khi dừng lại. Việc tập trung với liveview có thể được thực hiện với ống kính dừng ở khẩu độ bạn dự định sử dụng, và do đó cũng cung cấp một mô tả chân thực về độ sâu trường ảnh bạn sẽ có trong hình ảnh của mình.
Câu trả lời cũ được áp dụng để tương phản phát hiện tự động lấy nét:
Một người có thể được mong đợi sẽ hoạt động tốt hơn hệ thống AF phát hiện độ tương phản của máy ảnh trong một số tình huống, ví dụ như khi đối tượng chuyển động nhẹ (như cây lắc lư trong gió) khi một người có thể nhận ra nội dung của hình ảnh và dự đoán hành vi của nó tốt hơn một máy tính.
Một con người có thể, trong khi tập trung, đánh giá lại các quyết định về đối tượng chính xác để tập trung vào (ví dụ: bắt đầu tập trung vào một khu vực, sau đó thấy một chi tiết khác bắt đầu tập trung vào điều đó thú vị hơn). Một con người cũng có thể thay đổi linh hoạt kích thước của vùng để tập trung vào nội dung, ví dụ như tập trung vào một nhánh riêng lẻ, trong khi hầu hết các thuật toán CDAF sẽ chỉ xem xét một khu vực hình chữ nhật cố định.
Ngoài ra, một người có thể được yêu cầu cung cấp các điều chỉnh tốt hơn cho vị trí ống kính bằng cách sử dụng vòng lấy nét được liên kết cơ học hơn so với máy ảnh sử dụng mô-tơ AF của ống kính.
Ngoài những tình huống đó, với một khu vực chi tiết, bằng phẳng thích hợp để tập trung vào, thuật toán AF phát hiện độ tương phản có thể được dự kiến sẽ hoạt động tốt hoặc tốt hơn con người, vì máy tính dễ đo độ tương phản hơn so với người.