Địa điểm xuất bản các bài báo nhấn mạnh phần mềm

Phần mềm là một phần cơ bản của khoa học tính toán, và ngày càng được công nhận là một phần thiết yếu của hồ sơ khoa học. Với giá trị của việc sử dụng mã hiện có và được kiểm tra tốt, có vẻ đáng để truyền đạt sự tồn tại của các mã hữu ích càng rộng càng tốt và ghi có vào người tạo ra chúng. Trong một môi trường học thuật, điều này có nghĩa là xuất bản một số bài viết chủ yếu tập trung vào phần mềm.

Trường hợp nào người ta có thể xuất bản các tác phẩm học thuật mà trọng tâm chính là phần mềm tính toán? Để hoàn toàn rõ ràng, tôi đang đề cập đến các công trình có thể không bao gồm bất kỳ toán học, thuật toán mới, v.v. - chúng thực sự tập trung vào phần mềm.

Tôi cũng rất muốn nghe những người đã gửi những bài báo như vậy đến những tạp chí này, kinh nghiệm đó như thế nào và địa điểm nào họ giới thiệu.

Tóm tắt các câu trả lời được đưa ra:

• Giao dịch trên phần mềm toán học
• Lập trình khoa học
• Phần mềm SIAM Tạp chí Khoa học Máy tính (SISC)
• Lưu trữ phần mềm số
• Nghiên cứu mở tính toán
• Truyền thông Vật lý Máy tính
• Những tiến bộ trong phần mềm kỹ thuật
• Tạp chí phần mềm thống kê
• Tạp chí lý thuyết hóa học và tính toán
• Mã nguồn sinh học và y học
• PLoS MỘT
• Tạp chí quốc tế về hóa học lượng tử
• Dịch tễ học
• Tin học Khoa học & Kỹ thuật
• Tạp chí Hóa học tính toán
• Phát triển mô hình địa chất
• Tạp chí nghiên cứu máy học
• Tính toán lập trình toán học
• Tạp chí phần mềm nguồn mở

Có một số tạp chí dành riêng cho ứng dụng khác để liệt kê: chẳng hạn như Tạp chí Vật lý tính toán hoặc Truyền thông Vật lý Máy tính , chấp nhận các bài viết cả về thuật toán cũng như phần mềm được sử dụng để thực hiện chúng. Nếu bạn đang ở trong lĩnh vực hóa học, Tạp chí Lý thuyết và Tính toán hóa học có thể là một tạp chí khác để xem xét. Tất cả những điều này cho phép các gói được xuất bản. Tôi đã thấy các mã tôi đã sử dụng được thảo luận trong đó. Máy tính và Kỹ thuật hóa học cho phép các tài liệu triển khai phần mềm, nhưng họ cần phải làm một cái gì đó ban đầu, nó không thể là một bài báo "tiến bộ".

Những tiến bộ trong Phần mềm Kỹ thuật là một điều tốt và các ứng dụng khác nhau khá nhiều.

Các Tạp chí phần mềm thống kê là một số khác tập trung vào phần mềm, nhưng là ứng dụng cụ thể. Rất nhiều R trong cái này.

Tôi nên nói thêm rằng tôi chưa bao giờ xuất bản ở một trong hai thứ này, vì vậy tôi không thể nói về trải nghiệm đó, nhưng tôi làm theo chúng và thấy các bài viết có chất lượng tốt.

Tôi đã xuất bản một vài bài báo phần mềm. Một trong số đó là Mã nguồn BMC trong Sinh học và Y học - Dự án Miễn dịch hệ thống đa hệ thống: phần mềm mô phỏng miễn dịch dựa trên tế bào và PLoS ONE - SNPpy - Quản lý cơ sở dữ liệu cho dữ liệu SNP từ nghiên cứu của Hiệp hội genome .

Đây là hai dự án rất khác nhau. Cái trước là một hệ thống dựa trên tác nhân mô phỏng được viết cho các hệ thống miễn dịch mô hình, vì vậy thuộc về sinh học tính toán. Cái sau là một hệ thống dựa trên cơ sở dữ liệu để quản lý dữ liệu SNP trong bối cảnh GWAS, do đó thuộc về tin sinh học.

Theo như kinh nghiệm xuất bản đã đi - thời gian chờ đợi thấp so với các bài báo toán học, đó là tốt. Các nhà phê bình đã không cho tôi một thời gian khó khăn, cũng tốt. Về mặt khuyết điểm, xuất bản một bài báo phần mềm là cực kỳ tốn thời gian. Bạn có một tờ giấy cộng với một cơ sở mã để xử lý, chưa kể tài liệu người dùng.

Một điều tôi thấy đáng lo ngại là tôi đã thấy một ít bằng chứng mà các nhà đánh giá đã thực sự nỗ lực để chạy phần mềm và không có bằng chứng nào họ hiểu được thiết kế mã hoặc thậm chí nhìn vào mã. Cả hai tạp chí trên đều có hai báo cáo tổng quan. Trong trường hợp trước đây (BMC), một người đánh giá cho biết anh ta đã cố cài đặt / chạy phần mềm và không thành công (một vấn đề chúng tôi đã giải quyết), nhưng trong bốn đánh giá, đó là lần duy nhất đề cập cụ thể bất cứ điều gì về phần mềm thực tế. Hầu hết các ý kiến ​​đều chung chung hơn, về các vấn đề khoa học và giải quyết các điểm tôi đã đưa ra trong bài báo. Nhìn chung, tôi có cảm giác các nhà phê bình hầu như chỉ đọc báo. Trong một thế giới lý tưởng, một nhà phê bình cũng sẽ quan tâm đến thiết kế phần mềm và chi tiết mã, bao gồm các vấn đề như hiệu suất, phụ thuộc, tính di động, khả năng mở rộng và thử nghiệm. Các nhà đánh giá cho SNPpy đã hỏi về tính di động và khả năng mở rộng. như tôi đã tuyên bố trong bài báo rằng phần mềm này có thể di động và có thể mở rộng, nhưng tôi không nghĩ rằng họ thực sự đã xem mã. Nói một cách công bằng, có được một ý tưởng về những gì một cơ sở mã không tầm thường là về công việc khó khăn, và có lẽ nhiều hơn có thể được mong đợi một cách hợp lý của một nhà phê bình không trả tiền.

Tôi đã sử dụng LaTeX cho cả hai giấy tờ này. Trong trường hợp PLoS, điều này liên quan đến khá nhiều bước nhảy qua các vòng để làm cho bản thảo trông giống như họ muốn, vì họ không thực sự sử dụng LaTeX và đang chạy một số chương trình chuyển đổi. PLoS đã tạo ra một mớ hỗn độn trong việc chuyển đổi các số liệu của tôi, được thực hiện bằng TikZ, và rất hay, nhưng bạn sẽ không biết nó đang nhìn vào phiên bản của chúng. Cũng đáng lưu ý rằng PLoS không cung cấp bằng chứng bản thảo.

Các Tạp chí Hoá Học Máy Tính (đặc biệt điều Mục) và Tạp chí Quốc tế về Hóa học Quantum báo cáo về phần mềm và thuật toán.

Hai cái mà tôi chưa thấy trong danh sách này, có thể được ai đó quan tâm bên cạnh tôi, là Tạp chí Dịch tễ học và Dịch tễ học Hoa Kỳ .

Nếu bạn đã viết phần mềm thông minh để thực hiện điều gì đó, các nhà dịch tễ học quan tâm, họ rất có thể xuất bản nó. Tôi đã thấy ít nhất các bài báo ngắn gần đây về SAS Macros để thực hiện phân tích thống kê phức tạp hơn một chút, một chương trình thực hiện hồi quy điểm tham gia và một bài thực hiện một số điều cụ thể theo trường với các biểu đồ chu kỳ có hướng.

Hóa ra một trong những ấn phẩm được đề cập là trong Dịch tễ học : http://journals.lww.com/epidem/Fulltext/2011/09000/DAGitty__A_Graphical_Tool_for_Analyzing_Causal.22.aspx

Cả tạp chí tôi nghi ngờ và nói rằng họ đang tìm kiếm các bài báo về phần mềm - những tạp chí chuyên về lĩnh vực không phải là phần mềm, nhưng phân tích bao gồm phần mềm không phải là hiếm và liên kết là một ví dụ về bài viết tập trung hoàn toàn vào một sản phẩm phần mềm.

AJE:

Các bài báo liên quan đến việc áp dụng thực tế các phương pháp dịch tễ học hoặc thống kê (như thực hiện các kỹ thuật thống kê hoặc đánh giá các chiến lược phỏng vấn) được xuất bản trong một phần có tên Thực hành Dịch tễ học.

Dịch tễ học: Bài báo trên được xuất bản dưới dạng thư. Họ cũng chấp nhận đánh giá phần mềm, nếu bạn có một đồng nghiệp thân thiện hoặc ai đó trong lĩnh vực có thể quan tâm.

Tôi biết thực tế họ khuyến khích bổ sung điện tử bằng mã và tôi đã có một cái gì đó ít nhất được xem xét ở đó với một liên kết đến kho lưu trữ Github.

Phát triển mô hình địa chất là một tạp chí truy cập mở cho mục đích này. Giống như các tạp chí khác của Liên minh Địa vật lý châu Âu, nó có một quy trình xem xét mở .

Tạp chí Nghiên cứu Máy học (JMLR) có bài hát 'Phần mềm mã nguồn mở Machine Learning'. Nó khá chọn lọc (mà tôi nghĩ là một điều tốt). Tạp chí này hoàn toàn miễn phí (dành cho tác giả và độc giả) và được điều hành bởi các tình nguyện viên.

Hiệp hội tối ưu hóa toán học gần đây đã ra mắt Tạp chí

Tính toán lập trình toán học

Từ "Mục đích và Phạm vi" của họ:

Tính toán lập trình toán học (MPC) xuất bản các bài báo nghiên cứu ban đầu về các vấn đề tính toán trong tối ưu hóa toán học. Các bài báo báo cáo về phần mềm sáng tạo, kiểm tra so sánh, môi trường mô hình hóa, thư viện dữ liệu và / hoặc ứng dụng. Một tính năng chính của tạp chí là bao gồm phần mềm và dữ liệu đi kèm với các bản thảo được gửi.

Liên quan đến các chủ đề, họ viết:

Các chủ đề trong MPC bao gồm lập trình tuyến tính, tối ưu hóa lồi, tối ưu hóa phi tuyến, tối ưu hóa ngẫu nhiên, tối ưu hóa mạnh mẽ, lập trình số nguyên, tối ưu hóa tổ hợp, tối ưu hóa toàn cầu, thuật toán mạng và ngôn ngữ mô hình hóa.

Điện toán trong Khoa học và Kỹ thuật là một lựa chọn khác. Đó là sự kết hợp của một tạp chí khoa học (với các bài viết nổi bật được giới thiệu) và một tạp chí (với các cột thông thường chưa được kiểm chứng). Nó xuất bản các bài viết mà độc giả của nó có thể tìm thấy thú vị. Do đó, một bài viết về phần mềm nên chứa một số tài liệu thú vị, ví dụ về các kỹ thuật cụ thể được sử dụng, hữu ích cho đối tượng rộng hơn so với chính phần mềm.

Tôi có lẽ nên thêm rằng tôi là thành viên của ban biên tập của tạp chí này.

Lập trình khoa học là một tùy chọn cho phép tập trung vào các kỹ thuật lập trình được sử dụng trong việc viết phần mềm khoa học. (Tiết lộ: Tôi thuộc Ban cố vấn biên tập.)

Có một số tạp chí cụ thể về ứng dụng

Máy tính & Khoa học địa chất, Máy tính & Chất lỏng, Máy tính & Cấu trúc,

v.v.