Có một thư viện đa năng cho sàng lọc lưới thích ứng lưới có cấu trúc?


18

Sàng lọc lưới thích ứng (AMR) là một kỹ thuật phổ biến để xử lý vấn đề thay đổi quy mô không gian khác nhau trong giải pháp số của PDEs. Những thư viện đa năng nào tồn tại cho AMR trên các lưới có cấu trúc? Lý tưởng nhất là tôi muốn một cái gì đó theo tinh thần của PETSc, nơi thư viện chỉ xử lý các mắt lưới thích ứng và tôi cung cấp vật lý và sự rời rạc (sự khác biệt / khối lượng / yếu tố hữu hạn).

Thư viện lý tưởng sẽ là

  • Mô-đun : không cho biết cách tôi viết mã hoặc quá nhiều cấu trúc dữ liệu của mình
  • Chung : không quan tâm tôi đang sử dụng loại nào
  • Hiệu quả : không phát sinh quá nhiều chi phí
  • Song song và có khả năng mở rộng cao

Các thư viện chỉ phù hợp với một tập hợp con của các tiêu chí này vẫn sẽ được quan tâm.

Phụ lục : Tôi biết về danh sách các gói AMR của Donna Calhoun , nhưng tôi không biết loại nào trong số chúng (nếu có) phù hợp với các tiêu chí trên. Vì vậy, tôi chủ yếu quan tâm đến việc nghe từ những người có kinh nghiệm thực tế với một hoặc nhiều gói tốt hơn, như cách họ đo lường trong các điều khoản đó.


2
+1, tôi tò mò không biết phần mềm AMR nào hiện có, và muốn phần mềm này đáp ứng các tiêu chí bạn đã đề cập ở trên.
Geoff Oxberry

Chỉ cần nghĩ rằng tôi sẽ đề cập rằng phiên bản mới nhất của Chombo vừa được phát hành, và (nó được tuyên bố) sẽ dễ dàng tích hợp vào gói lớn hơn ( Ghi chú phát hành ). Đây không phải là một sửa đổi lớn, vì vậy rất có thể một số thứ vẫn không đáp ứng tất cả các tiêu chí của bạn.
Jeremy Kozdon

Câu trả lời:


14

Một thư viện để xem xét là BoxLib . Các tính năng chính của nó (từ trang web) là:

  • Hỗ trợ cho AMR cấu trúc khối với thời gian phụ tùy chọn
  • Hỗ trợ cho dữ liệu tập trung vào ô, tập trung vào mặt và tập trung vào nút
  • Hỗ trợ các giải pháp hyperbolic, parabol và elip trên cấu trúc lưới phân cấp
  • Phiên bản C ++ và Fortran90
  • Hỗ trợ mô hình lập trình lai với MPI và OpenMP
  • Cơ sở của các ứng dụng trưởng thành trong đốt cháy, vật lý thiên văn, vũ trụ học và phương tiện xốp
  • Trình diễn quy mô lên hơn 200.000 bộ xử lý
  • Tự do có sẵn cho người dùng quan tâm
  • Ngoài ra còn có một trình bao bọc Python (do tôi viết) cho phiên bản Fortran đi kèm (mặc dù nó còn khá trẻ).


    9

    Bạn cũng nên nhìn vào libMesh . Nó nhắm vào các phương thức phần tử hữu hạn, nhưng ngoài ra, tôi nghĩ rằng nó kiểm tra hầu hết các hộp của bạn. Không giống như BoxLib, đây là một thư viện kiểu phần tử hỗn hợp hoàn toàn không có cấu trúc, để duy trì rằng nó hỗ trợ các vòi, kim tự tháp, lăng kính và hexahedra trong cùng một lưới. Nó cũng có một trong những bộ quy tắc tích hợp lớn nhất cho các hàm cơ sở đa thức bậc cao xung quanh. Nó được thiết lập để cho phép bạn gọi trực tiếp cho PETSc (và một số thư viện khác), do đó bạn có khả năng mở rộng bộ giải giống như PETSc.

    Chắc chắn có một cách làm libMesh, nhưng cũng có cách làm PETSc. Vì vậy, hy vọng rằng sẽ không làm bạn sợ.


    4

    Tôi sẽ thử SAMRAI Tôi biết ít nhất một mã sử dụng thành công - IBAMR , mã Phương pháp Ranh giới được nhúng cho Tương tác Cấu trúc Chất lỏng với AMR.


    Cảm ơn Johntra (và chào mừng đến với scicomp)! Bạn có biết sự khác biệt nổi bật giữa SAMRAI và BoxLib không? Ngoài ra, bạn có thể sử dụng liên kết nội tuyến bằng cách đặt văn bản liên kết vào [] và đích đến trong ()
    Aron Ahmadia

    Thật không may, tôi không - vì vấn đề thực tế, tôi mới nghe về nó (BoxLib) lần đầu tiên. Đó chính xác là lý do tại sao tôi quyết định tham gia - để tìm hiểu smt mới bằng cách thảo luận không chính thức với các bạn - cảm ơn.
    Johntra Volta

    Tôi sẽ thứ hai SAMRAI, nó là một khung mục đích chung rất hữu ích cho AMR. Tôi cũng thực sự thích thiết kế lai C ++ / Fortran của tác giả. Các hạt nhân tính toán có thể được viết bằng Fortran, vì vậy, và các lớp C ++ cung cấp tất cả sự trừu tượng cần thiết để ẩn MPI bên trong và quản lý bộ nhớ.
    Talonmies

    @AronAhmadia: BoxLib không thể xử lý phép nội suy tuyến tính từng phần với việc thay đổi ranh giới Dirichlet trong Multigrid hình học tập trung vào ô. Suy nghĩ sẽ thêm nó như một điểm thú vị.
    Gaurav Saxena

    2

    Bạn đã không chỉ định cấu trúc hoặc không cấu trúc.

    Hãy xem Paramesh, Kim tự tháp, p4est, Dendro, Samrai và Chombo.

    Kim tự tháp Btw không làm thô.


    1
    Nắm bắt tốt; Tôi đã chỉnh sửa câu hỏi. Bạn có thể nhận xét về việc các thư viện này phù hợp với tiêu chí của tôi như thế nào?
    David Ketcheson
    Khi sử dụng trang web của chúng tôi, bạn xác nhận rằng bạn đã đọc và hiểu Chính sách cookieChính sách bảo mật của chúng tôi.
    Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.