SSH khoan dung hơn nhiều đối với các thiết bị bảo mật mạng như tường lửa và những thứ làm NAT. FTP nổi tiếng là khó khăn với tường lửa và thường yêu cầu một điểm cuối phải có địa chỉ IP thực (tức là không có NAT).
SSH tốt hơn trong việc xử lý NAT. Trên thực tế, cả hai đầu có thể đứng sau NAT, điều này thường không thể thực hiện được nếu không có nhiều thanh cái với FTP.
FTP thường nhanh hơn do bản chất đơn giản đã chết của giao thức, mặc dù các phiên bản SFTP phù hợp có thể đạt tới mức tốc độ đó.
Hỗ trợ FTP được tích hợp vào hầu hết các trình duyệt hiện đại, nơi không ai biết tôi có SSH. Có thể có các plugin bắt chước điều này, mặc dù.
SSH an toàn hơn rất nhiều, cho phép xác thực người dùng. FTP hỗ trợ điều đó nhưng không rõ ràng bằng văn bản rõ ràng, một thực tế mâu thuẫn với hầu hết các chính sách bảo mật lành mạnh.
Lý do duy nhất để sử dụng FTP là để chia sẻ tệp công khai. Những thứ như kho lưu trữ nguồn kernel linux.