sự cố với cài đặt RODBC trong Ubuntu

Tôi gặp vấn đề với một số tiêu đề bị thiếu khi cố gắng cài đặt RODBC trong R trên linux của tôi. Bất cứ ai có thể giúp tôi với vấn đề này?

> install.packages("RODBC")

Installing package(s) into ‘/home/administrator/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.12’
(as ‘lib’ is unspecified)

trying URL 'http://cran.cnr.Berkeley.edu/src/contrib/RODBC_1.3-2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 1108358 bytes (1.1 Mb)

opened URL
==================================================
downloaded 1.1 Mb

* installing *source* package ‘RODBC’ ...
checking for gcc... gcc
checking for C compiler default output file name... a.out
checking whether the C compiler works... yes
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of executables... 
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc accepts -g... yes
checking for gcc option to accept ANSI C... none needed
checking how to run the C preprocessor... gcc -E
checking for egrep... grep -E
checking for ANSI C header files... yes
checking for sys/types.h... yes
checking for sys/stat.h... yes
checking for stdlib.h... yes
checking for string.h... yes
checking for memory.h... yes
checking for strings.h... yes
checking for inttypes.h... yes
checking for stdint.h... yes
checking for unistd.h... yes
checking sql.h usability... no
checking sql.h presence... no
checking for sql.h... no
checking sqlext.h usability... no
checking sqlext.h presence... no
checking for sqlext.h... no
configure: error: "ODBC headers sql.h and sqlext.h not found"
ERROR: configuration failed for package ‘RODBC’
* removing ‘/home/administrator/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.12/RODBC’
Warning in install.packages :
  installation of package 'RODBC' had non-zero exit status

The downloaded packages are in
    ‘/tmp/RtmpqfNYpD/downloaded_packages’

Như Dirk đã nói trong các bình luận, nếu bạn đã cài đặt r-cran-Rodbc, không cần phải chạy install.packages () từ bên trong R. "library (RODBC)" nên tải gói.

Tổng quát hơn, khi bạn thấy các lỗi liên quan đến tiêu đề, đó là do thư viện phát triển bắt buộc chưa được cài đặt. Giải pháp là tìm kiếm trên web bằng tên của các tệp tiêu đề bị thiếu ( ví dụ: Google cho "sqlext.h ub Ubuntu"), để xác định gói yêu cầu. Trong trường hợp này, bạn cần libiodbc2-dev. Vì thế:

sudo apt-get install libiodbc2-dev

Sau đó, cài đặt trong R sẽ hoạt động.

Bạn có thực sự cần phải xây dựng từ nguồn? Tại sao bạn không sử dụng gói nhị phân?

Vì vậy, có thể thử điều này thay thế:

  sudo apt-get install r-cran-rodbc

hoặc sử dụng bất kỳ giao diện GUI nào cho hệ thống quản lý gói.

Sau khi thử cài đặt các gói từ tất cả các giải pháp trên trang này và các giải pháp khác, tôi đã thành công trong việc xây dựng RODBCgói bằng cách sử dụng:

sudo apt-get install unixodbc unixodbc-dev

Tôi cũng đã cài đặt:

• libiodbc2-dev
• libmyodbc
• odbc-postgresql

FWIW, tôi đã gặp vấn đề tương tự ("không tìm thấy tiêu đề ODBC sql.h và sqlext.h" trên OS X và đã khắc phục bằng cách cài đặt unixodbc ( brew install unixodbc)

RODBC phụ thuộc vào R (> = 3.0.0 (xem ví dụ https://cran.r-project.org/web/packages/RODBC/RODBC.pdf )

Thư viện gói địa phương của bạn ...

Installing package(s) into '/home/administrator/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.12'

... gợi ý rằng bạn có thể cài đặt phiên bản R cũ hơn (2.12). Nếu đây là trường hợp, hãy thử nâng cấp lên phiên bản gần đây của R.

Tôi cũng đã từng gặp phải vấn đề này. Đối với tôi, giải pháp là tôi đã thiếu một số phụ thuộc Ubuntu như

• unixodbc (> = 2.2.11)
• libmyodbc
• odbc-postgresql

Đó là cần lưu ý rằng install.packages("RODBC", dependencies=TRUE)không phải nhặt những gói. Họ nằm bên ngoài Rchính nó.