Có, cả GnuPG và PGP.com thương mại đều là các triển khai của cùng một tiêu chuẩn OpenPGP ; trên thực tế, GnuPG được thiết kế đặc biệt để tương thích PGP.
Sự khác biệt duy nhất bạn có thể gặp là:
Các thuật toán được hỗ trợ khác nhau. Ví dụ: GnuPG hỗ trợ thuật toán mã hóa Camellia, trong khi PGP.com thì không.
Tuy nhiên, điều này gần như không bao giờ là vấn đề vì mọi chứng chỉ PGP ("khóa PGP") liệt kê tất cả các thuật toán mà phần mềm của chủ sở hữu hỗ trợ (hoặc chính xác hơn là các thuật toán mà chủ sở hữu thích sử dụng), vì vậy người gửi tin nhắn luôn có thể chọn hỗ trợ một.
Nhiều sự kỳ quặc và khác biệt trong các phiên bản PGP thực sự cũ (đặc biệt là các bản phát hành gốc từ trước khi OpenPGP được tổ chức). Tuy nhiên, cả GnuPG và PGP.com đều có thể dễ dàng đọc tin nhắn (nếu không luôn luôn viết) ở các định dạng cũ.
tl; dr: Vâng, chúng tương thích.