mèo | head: ghi lỗi từ tệp gz lớn

2

Tôi đã thử zcat để chỉ nhận các dòng 1M đầu tiên của tệp .gzip được nén thành một tệp mới.

Tuy nhiên, tôi nhận được lỗi sau:

$ zcat path/to/R2.fq.gz | head -100 >R2.fqtest
head: write error: Input/output error

Tôi cảm thấy nhẹ nhõm khi tìm thấy chủ đề này và đã thử:

$ gunzip -c path/to/R2.fq.gz | head -n100 >R2_test.fq

Nhưng tôi lại nhận được lỗi tương tự!

head: write error: Input/output error

Bất cứ ai cũng biết những gì có thể xảy ra và làm thế nào để khắc phục nó?

cảm ơn! Carmen

Chỉnh sửa>

Theo yêu cầu, tôi đã gõ như sau sau khi nhận được lỗi

tail /var/log/syslog

và có

tail: cannot open `/var/log/syslog' for reading: No such file or directory

linux stdout head

— Carmen Sandoval
nguồn

2

Lệnh chính nó là chính xác. Ngay sau khi nhận được lỗi, thực hiện tail /var/log/syslogvà chỉnh sửa kết quả vào câu hỏi của bạn.

— Dennis

Làm xong! :) Tôi đã nhận đượctail: cannot open '/var/log/syslog' for reading: No such file or directory

— Carmen Sandoval

Chà, điều đó không thực sự hữu ích ... Bạn đang sử dụng bản phân phối Linux nào?

— Dennis

Red Hat Enterprise Linux Server phát hành 6.3 (Santiago)

— Carmen Sandoval

0

nó không giống như một vấn đề với zcat / gunzip. Bạn có thể tạo tập tin và ghi vào nó không?

Thử đi:

hexdump /dev/urandom | head -n 100 > R2_test.fq

— pqnet
nguồn

hexdump /dev/urandom | head -n 100 >R2_test.fq Tôi nhận được điều này:head: write error: Input/output error

— Carmen Sandoval

thì có lẽ bạn không thể ghi vào tệp R2_test.fq. Hãy thử nó từ một thư mục mà bạn có quyền truy cập ghi.

— pqnet

pqnet, tôi có quyền truy cập vào thư mục nơi tôi đang cố gắng ghi tập tin.

— Carmen Sandoval

0

Theo thứ tự, vui lòng thử và đăng kết quả của:

head -n 10 /proc/cpuinfo

echo test | gzip -3 | zcat

echo test > R2.fqtest

Mục tiêu ở đây là thử nghiệm đầu tiên cho hoạt động đúng head, sau đó hoạt động đúng zcat, sau đó khả năng ghi thành công R2.fqtest.

Vì bạn tuyên bố rằng mọi thứ hoạt động như mong đợi cho đến khi cố gắng ghi vào R2.fqtest, không gây ra lỗi nhưng cũng không hiển thị dữ liệu bạn đã viết, có gì đó không ổn với tệp đó hoặc hệ thống tệp bên dưới. Liệu một quá trình khác viết, khóa hoặc xoay tập tin đó? Dòng fstab cho hệ thống tập tin trong câu hỏi trông như thế nào? Bạn có thể ngắt kết nối và fsck hệ thống tập tin trong câu hỏi? Bạn có thấy lỗi trong các bản ghi từ ổ đĩa vật lý bên dưới hệ thống tập tin đó không?

— Jim Salter
nguồn

Cảm ơn, Jim: Đầu ra của head -n 10 /proc/cpuinfolà :

processor	: 0 vendor_id	: GenuineIntel cpu family	: 6 model		: 45 model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2665 0 @ 2.40GHz stepping	: 7 cpu MHz		: 1200.000 cache size	: 20480 KB physical id	: 0 siblings	: 16

; echo test | gzip -3 | zcat trả lại testnhư mong đợi; và echo test > R2.fqtestkhông trả về lỗi, nhưng nếu tôi mở R2.fqtest thì không có gì ở đó ...

— Carmen Sandoval

(Lưu ý - bản chỉnh sửa mới cũng là tôi; tôi không nhận ra mình đã không đăng nhập cho đến khi tôi đăng!)

— Jim Salter

0

Vì vậy, hóa ra đây là một vấn đề của việc không có đủ dung lượng đĩa!

Cảm ơn, eveyone!

Carmen

— Carmen Sandoval
nguồn