NTFS là một hệ thống tệp nhật ký, do đó, nó sẽ gây ra sự hao mòn cho ổ USB, bằng cách nào đó làm giảm tuổi thọ của ổ đĩa. Hiện tại, nó được hỗ trợ bởi tất cả các hệ điều hành hiện đại, nhưng một số PC Linux hoặc MacOS cũ có thể cần cài đặt trình điều khiển ntfs-3g.
FAT32 được hỗ trợ bởi tất cả các hệ điều hành, nhưng nó có giới hạn kích thước tệp tối đa 4 GB.
Vì vậy, không ai trong số họ là tốt cho ổ đĩa USB. exFAT là ứng dụng phù hợp nhất vì nó được thiết kế dành riêng cho ổ đĩa flash và hiện được hỗ trợ bởi (gần như) tất cả các hệ điều hành.