Cài đặt bao gồm các đường dẫn trong LSF-bsub

Tôi đang điều hành một công việc lớn trên HPC. Nhưng các chương trình được cài đặt cho công việc là các phiên bản cũ và tôi có các phiên bản mới trong thư mục nhà của tôi. Tôi có thể đăng nhập vào bất kỳ nút nào, xuất đường dẫn sang các phiên bản mới bằng cách sử dụng export PATH=/home/bharat/scratch/bin/:$PATH. Tuy nhiên tôi không chắc chắn nếu tôi xuất đường dẫn trong vỏ đăng nhập của mình và gửi công việc bằng cách sử dụng bsub, sau đó, đường dẫn mới được xuất sẽ được sử dụng bởi tất cả các nút đang chạy công việc.

Tôi có thể sao chép các tệp này vào một trong các thư mục bao gồm mặc định nhưng sysadmin của tôi không quá háo hức để làm điều đó cho tôi sớm .

Cách tốt nhất bây giờ để xuất đường dẫn đến tất cả các nút là gì? Tôi có thể viết tập lệnh shell bằng lệnh export + lệnh job và truyền tập lệnh này cho bsub không?

Cách tốt nhất bây giờ để xuất đường dẫn đến tất cả các nút là gì? Tôi có thể viết   một tập lệnh shell với lệnh xuất + lệnh công việc và vượt qua điều này   kịch bản để bsub?

Vâng. Viết một kịch bản (nói tên của nó myscript ) rằng cả hai thiết lập PATH và sau đó bắt đầu chương trình của bạn. Sau đó gửi công việc của bạn với dòng lệnh bsub myscript. Cài đặt cục bộ của bạn sẽ được sử dụng thay vì cài đặt hệ thống.

Một tùy chọn thậm chí đơn giản hơn, LSF sẽ đặt các biến môi trường của môi trường đệ trình vào môi trường thực thi, bao gồm cả PATH.

[mclosson@hostA ~]$ echo $PATH
/lsf/9.1/linux2.6-glibc2.3-x86_64/etc:/lsf/9.1/linux2.6-glibc2.3-x86_64/bin:/bin:/usr/bin
[mclosson@hostA ~]$ bsub -m hostB -Is 'echo $PATH'
Job <217> is submitted to default queue <interactive>.
<<Waiting for dispatch ...>>
<<Starting on hostB>>
/lsf/9.1/linux2.6-glibc2.3-x86_64/bin:/lsf/9.1/linux2.6-glibc2.3-x86_64/etc:/bin:/usr/bin

Bây giờ hãy cập nhật đường dẫn của bạn để nó bao gồm cài đặt cục bộ chương trình của bạn.

[mclosson@hostA ~]$ export PATH=/tmp/xxx:$PATH
[mclosson@hostA ~]$ bsub -m hostB -Is 'echo $PATH'
Job <218> is submitted to default queue <interactive>.
<<Waiting for dispatch ...>>
<<Starting on hostB>>
/lsf/9.1/linux2.6-glibc2.3-x86_64/bin:/tmp/xxx:/lsf/9.1/linux2.6-glibc2.3-x86_64/etc:/bin:/usr/bin