Giống như hầu hết các loại giao diện truyền thông khác, USB được triển khai như một chồng giao thức. Các mức trong ngăn xếp này chung cho tất cả hoặc nhiều loại thiết bị được xác định bởi chính các tiêu chuẩn USB, cả hai đều cho phép khả năng tương thích và ngăn mỗi thiết bị thực hiện thiết kế giao thức dự phòng. Hơn nữa, mỗi lớp của giao thức trừu tượng hóa đi các chi tiết mà lớp tiếp theo không cần phải lo lắng. Vì vậy, khi bạn thực sự viết lớp dành riêng cho thiết bị, bạn chỉ cần có các chức năng 'gửi' và 'nhận' chung chung để lấy dữ liệu từ điểm cuối A đến điểm cuối B. Bạn, là người thiết kế thiết bị, không cần phải quan tâm làm thế nào điều đó xảy ra Hơn nữa, các mức thấp hơn trong ngăn xếp giao thức có thể thay đổi việc thực hiện miễn là chúng hiển thị một giao diện chung cho lớp bên trên chúng. Theo cách này, khi một phần của ngăn xếp giao thức thay đổi, phần còn lại của ngăn xếp không nhất thiết phải thay đổi.mà giao thức đang được sử dụng tại một số cấp dưới của ngăn xếp. Nói chung, mỗi lớp liên tiếp xuống ngăn xếp sẽ gói gọn thông điệp được tạo bởi lớp cao nhất tiếp theo trong trường tải trọng riêng của nó khi một tin nhắn được gửi. Khi nhận được một tin nhắn, mỗi lớp sẽ loại bỏ phần có liên quan đến lớp đó và chuyển tiếp trọng tải của nó đến lớp thích hợp tiếp theo lên ngăn xếp. Điều này đúng, không chỉ USB, mà hầu hết mọi xe buýt liên lạc. Ví dụ, ngăn xếp TCP / IP / Ethernet có thể được sử dụng phổ biến nhất trong số này. Các tác vụ mà các lớp đã cho thường chịu trách nhiệm được mô tả trong các mô hình, chẳng hạn như mô hình OSI .
Trong USB, có một giao thức lớp vật lý xác định trạng thái điện áp / thời gian / v.v. trên dây và cách chúng nên được giải thích. Giao thức này rõ ràng cần phải là một phần của các tiêu chuẩn USB, không dành riêng cho một thiết bị nhất định (đặc biệt là vì máy chủ không có cách nào để biết loại thiết bị nào sắp được cắm vào cổng USB nhất định.)
Tiếp theo, có một giao thức quản lý xe buýt, được sử dụng để mô tả ai có thể nói chuyện trên xe buýt khi nào. Đây được gọi là lớp truy cập phương tiện trong mô hình OSI. Trong USB, lớp này có thể được tóm tắt khá nhiều vì "thiết bị có thể truyền khi máy chủ bảo nó làm như vậy", vì vậy không có giao thức đặc biệt phức tạp nào ở lớp này trong USB.
Tiếp theo, có một giao thức chuẩn để mô tả một gói dữ liệu và cách định tuyến nó từ người gửi đến người nhận. Lớp này cũng cần phải là một phần của tiêu chuẩn USB, để giao tiếp ban đầu để khám phá loại thiết bị nào được gắn có thể xảy ra trước khi loại thiết bị cụ thể thực sự được máy chủ biết. Ngoài mỗi thiết bị có một ID cụ thể ở lớp này, còn có khái niệm về USB của ID điểm cuối. Điều này cho phép bất kỳ thiết bị cụ thể nào có nhiều điểm cuối USB, được ghép kênh và phân tách theo ngăn xếp USB tiêu chuẩn, giống như cách các ổ cắm được ghép kênh và phân tách bởi ngăn xếp TCP / IP tiêu chuẩn. Một ứng dụng có thể coi mỗi điểm cuối này là các luồng dữ liệu riêng biệt.
Cuối cùng, có giao thức được xác định cho chính thiết bị. Lưu ý rằng thực tế có một số thiết kế được thiết kế sẵn phổ biến được bao gồm như một phần của tiêu chuẩn USB cho các trường hợp sử dụng phổ biến, chẳng hạn như thiết bị lưu trữ dung lượng lớn, chuột, bàn phím, v.v., để mọi nhà sản xuất thiết bị không phải phát minh lại bánh xe. Tuy nhiên, các thiết bị phức tạp hơn có thể tự do thiết kế giao thức tùy chỉnh của riêng họ ở lớp này. Đầu ra của lớp này cho một truyền nhất định được truyền dưới dạng tải trọng của gói dữ liệu ở lớp trước. Lưu ý rằng, đối với các thiết bị đủ phức tạp, phần giao thức cụ thể của thiết bị có thể được chia thành nhiều lớp độc lập, nhưng các cấp thấp hơn không phải biết hoặc quan tâm đến điều đó. Tất cả những gì họ cần biết là họ cần truyền một tập hợp byte nhất định từ máy chủ đến một điểm cuối thiết bị cụ thể hoặc từ một điểm cuối thiết bị cụ thể đến máy chủ. Một lần nữa, việc có giao diện chuẩn giữa các lớp cho phép tách các mối quan tâm, do đó, một lớp không phải quan tâm đến hoạt động bên trong của lớp khác, mà chỉ cần dữ liệu cụ thể mà nó sẽ chuyển đến hoặc mong đợi nhận được từ các lớp ngay trên hoặc bên dưới nó trong ngăn xếp.