R: Tải xuống một DEM lớn, thay đổi phép chiếu và điều chỉnh theo tỷ lệ nhỏ hơn

Đây là một quá trình chỉ mất vài giây trong phần mềm GIS. Cố gắng của tôi để làm điều đó trong R sử dụng một lượng lớn bộ nhớ sau đó không thành công. Có điều gì đó sai trong mã của tôi, hoặc đây chỉ là điều R không thể làm được? Tôi đã đọc R có thể hoạt động bên trong Grass, tôi có thể sử dụng chức năng Grass từ bên trong R không?

library(raster)

# I have many environmental rasters in this format
new_r <- raster(ncol=615, nrow=626, xmn=-156.2, xmx=-154.8, ymn=18.89, ymx=20.30)
res(new_r) <- 0.00225
projection(new_r) <- "+proj=longlat +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +no_defs +towgs84=0,0,0"

R> new_r ### not too big with a few hundred cells per side
class       : RasterLayer 
dimensions  : 627, 622, 1  (nrow, ncol, nlayers)
ncell       : 389994 
resolution  : 0.00225, 0.00225  (x, y)
projection  : +proj=longlat +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +no_defs +towgs84=0,0,0 
extent      : -156.2, -154.8, 18.89, 20.3  (xmin, xmax, ymin, ymax)
values      : none

# I get the DEM at much higher resolution (zipfile is 182Mb)
zipurl <- "ftp://soest.hawaii.edu/coastal/webftp/Hawaii/dem/Hawaii_DEM.zip"
DEMzip <- download.file(zipurl, destfile = "DEMzip")
unzip("DEMzip", exdir = "HIDEM")
HIDEM <- raster("HIDEM/hawaii_dem")

R> HIDEM ### 10m resolution, file is way too big
class       : RasterLayer 
dimensions  : 15067, 13136, 1  (nrow, ncol, nlayers)
ncell       : 197920112 
resolution  : 10, 10  (x, y)
projection  : +proj=utm +zone=5 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m +no_defs +towgs84=0,0,0 
extent      : 179066, 310426, 2093087, 2243757  (xmin, xmax, ymin, ymax)
values      : HIDEM/hawaii_dem 
min value   : 0 
max value   : 4200 

# the following line fails (after a long time)
new_HIDEM <- projectRaster(HIDEM, new_r)

Từ cái nhìn của tôi về nguồn, rasternhìn để đoán xem tập dữ liệu có vừa với bộ nhớ hay không, và nếu vậy, hãy thực hiện thao tác trong bộ nhớ, nếu không thì trên đĩa. Bạn có thể buộc nó thực hiện phép tính bằng cách cài đặt rõ ràng chunksize(các ô để xử lý tại một thời điểm) và maxmemory(số lượng ô tối đa để đọc vào bộ nhớ):

setOptions(chunksize = 1e+04, maxmemory = 1e+06)

Ngoài ra, bạn có thể thực hiện chuyển đổi trực tiếp với GDAL:

gdalwarp -t_srs '+proj=utm +zone=5 +ellps=GRS80 +datum=NAD83 +units=m +no_defs +towgs84=0,0,0' HIDEM/hawaii_dem hawaii_dem_utm.tif

Đây có thể sẽ là tùy chọn nhanh nhất và không yêu cầu thiết lập môi trường GIS một cách rõ ràng.

Bạn cũng có thể sử dụng gói spgrass6 để tích hợp giữa R và cỏ. Tác giả là Roger Bivand (tác giả của sp)

Gói này có nhiều chức năng để chạy hoàn toàn cỏ bên trong R (hoặc ngược lại) và trao đổi dữ liệu giữa R và cỏ

để biết thêm thông tin: http://cran.r-project.org/web/packages/spgrass6/index.html

CHÀO,

Đây là một quá trình chỉ mất vài giây trong phần mềm GIS. Cố gắng của tôi để làm điều đó trong R sử dụng một lượng lớn bộ nhớ sau đó không thành công.

Bạn đã trả lời các câu hỏi của mình, thực hiện điều đó trong GRASS hoặc GDAL và để R cho các nhiệm vụ khác.