Làm thế nào để tìm ra phiên bản gói nào được tải trong R?

Tôi đang trong quá trình tìm ra cách sử dụng cụm trường đại học của mình. Nó có 2 phiên bản R được cài đặt. Toàn hệ thống R 2.11 (Debian 6.0) và R 2.14.2 ở vị trí không chuẩn.

Tôi đang cố gắng sử dụng MPI cùng với tuyết. Mã tôi đang cố chạy là như sau

library(snow)
library(Rmpi)
cl <- makeMPIcluster(mpi.universe.size()-1)
stopCluster(cl)
mpi.quit()

Nó hoạt động mà không có vấn đề trên R 2.11. (Tôi khởi chạy kịch bản với mpirun -H localhost,n1,n2,n3,n4 -n 1 R --slave -f code.R). Bây giờ khi tôi thử làm điều đó với R 2.14.2, tôi nhận được thông báo sau:

Error: This is R 2.11.1, package 'snow' needs >= 2.12.1
In addition: Warning message:

Vì vậy, có vẻ như R tải phiên bản tuyết gói được biên dịch cho R 2.11. Tôi đã cài đặt tuyết dưới R 2.14 vào thư mục nhà của mình và tôi đã thêm các dòng sau vào mã của mình:

.libPaths("/soft/R/lib/R/library")
.libPaths("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.11")
print(.libPaths())
print(sessionInfo())
print(version)

Và đầu ra trước lỗi xác nhận rằng tôi thực sự đang chạy R 2.14.2 và thư mục gói R của tôi là đầu tiên trong đường dẫn tìm kiếm. Nhưng tôi vẫn nhận được lỗi.

Vì vậy, câu hỏi của tôi là làm thế nào để tôi xác định phiên bản của gói được tải trong R? Tôi có thể thấy với installed.packagestất cả các gói được cài đặt, vì vậy có thể có một số chức năng liệt kê thông tin tương tự cho các gói được tải?

Bạn có thể sử dụng sessionInfo()để thực hiện điều đó.

> sessionInfo()
R version 2.15.0 (2012-03-30)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8    LC_PAPER=C                 LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] graphics  grDevices utils     datasets  stats     grid      methods   base     

other attached packages:
[1] ggplot2_0.9.0  reshape2_1.2.1 plyr_1.7.1    

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] colorspace_1.1-1   dichromat_1.2-4    digest_0.5.2       MASS_7.3-18        memoise_0.1        munsell_0.3       
 [7] proto_0.3-9.2      RColorBrewer_1.0-5 scales_0.2.0       stringr_0.6       
> 

Tuy nhiên, theo nhận xét và câu trả lời dưới đây, có những lựa chọn tốt hơn

> packageVersion("snow")

[1] '0,3,9'

Hoặc là:

"Rmpi" %in% loadedNamespaces()

Bạn có thể sử dụng packageVersionđể xem phiên bản nào của gói được tải

> packageVersion("snow")
[1] ‘0.3.9’

Mặc dù có vẻ như bạn muốn xem phiên bản R nào bạn đang chạy, nhưng trong trường hợp đó, sessionInfođề xuất của @ Justin là cách để đi

Để kiểm tra phiên bản R thực thi: R --version

Hoặc sau khi bạn ở trong vỏ R in nội dung của version$version.string

BIÊN TẬP

Để kiểm tra phiên bản của các gói đã cài đặt, hãy làm như sau.

Sau khi tải thư viện, bạn có thể thực thi sessionInfo ()

Nhưng để biết danh sách tất cả các gói được cài đặt:

packinfo <- installed.packages(fields = c("Package", "Version"))
packinfo[,c("Package", "Version")]

HOẶC để trích xuất một phiên bản thư viện cụ thể, khi bạn đã trích xuất thông tin bằng cách sử dụng installed.packagehàm như trên, chỉ cần sử dụng tên của gói trong chiều thứ nhất của ma trận.

packinfo["RANN",c("Package", "Version")]
packinfo["graphics",c("Package", "Version")]

Ở trên sẽ in các phiên bản của thư viện RANN và thư viện đồ họa.

Về mặt kỹ thuật, tất cả các câu trả lời tại thời điểm này đều sai. packageVersionkhông trả về phiên bản của gói đã tải. Nó đi vào đĩa và lấy phiên bản gói từ đó.

Điều này sẽ không tạo ra sự khác biệt trong hầu hết các trường hợp, nhưng đôi khi nó lại xảy ra. Theo như tôi có thể nói, cách duy nhất để có được phiên bản của gói được tải là khá hackish:

asNamespace(pkg)$`.__NAMESPACE__.`$spec[["version"]]

nơi pkglà tên gói.

EDIT: Tôi không chắc khi chức năng này được thêm vào, nhưng bạn cũng có thể sử dụng getNamespaceVersion, cái này sạch hơn:

getNamespaceVersion(pkg)

Bạn có thể thử một cái gì đó như thế này:

1. package_version(R.version)

2. getRversion()

Giải pháp GUI:

Nếu bạn đang sử dụng RStudio thì bạn có thể kiểm tra phiên bản gói trong Packageskhung.

Sử dụng phương thức R packageDescriptionđể lấy mô tả gói đã cài đặt và đối với phiên bản, chỉ cần sử dụng $Versionnhư:

packageDescription("AppliedPredictiveModeling")$Version
[1] "1.1-6"

Dựa trên các câu trả lời trước đây, đây là một cách thay thế đơn giản để in phiên bản R, theo sau là tên và phiên bản của mỗi gói được tải trong không gian tên. Nó hoạt động trong máy tính xách tay Jupyter, nơi tôi gặp khó khăn khi chạy sessionInfo()và R --version.

print(paste("R", getRversion()))
print("-------------")
for (package_name in sort(loadedNamespaces())) {
    print(paste(package_name, packageVersion(package_name)))
}

Ngoài:

[1] "R 3.2.2"
[1] "-------------"
[1] "AnnotationDbi 1.32.2"
[1] "Biobase 2.30.0"
[1] "BiocGenerics 0.16.1"
[1] "BiocParallel 1.4.3"
[1] "DBI 0.3.1"
[1] "DESeq2 1.10.0"
[1] "Formula 1.2.1"
[1] "GenomeInfoDb 1.6.1"
[1] "GenomicRanges 1.22.3"
[1] "Hmisc 3.17.0"
[1] "IRanges 2.4.6"
[1] "IRdisplay 0.3"
[1] "IRkernel 0.5"

Câu hỏi cũ, nhưng không phải trong số các câu trả lời là lệnh yêu thích của tôi để có được cái nhìn tổng quan nhanh và ngắn về tất cả các gói được tải:

(.packages())

Để xem phiên bản nào được cài đặt của tất cả các gói được tải, chỉ cần sử dụng lệnh trên để tập hợp con installed.packages().

installed.packages()[(.packages()),3]

Bằng cách thay đổi số cột (3 cho phiên bản gói), bạn có thể nhận được bất kỳ thông tin nào khác được lưu trữ installed.packages()trong một ma trận dễ đọc. Dưới đây là một ví dụ cho số phiên bản và phụ thuộc:

installed.packages()[(.packages()),c(3,5)]

Sử dụng mã sau đây để có được phiên bản của các gói R được cài đặt trong hệ thống:

installed.packages(fields = c ("Package", "Version"))

Đơn giản chỉ cần sử dụng help(package="my_package")và nhìn vào phiên bản hiển thị.

Giả định này không có phiên bản gói nào khác giống nhau .libPaths.

Tìm kiếm () có thể đưa ra một danh sách đơn giản hơn các gói đính kèm trong một phiên (nghĩa là không có thông tin chi tiết được cung cấp bởi sessionInfo ())

tìm kiếm {cơ sở} -
Mô tả tài liệu R : Cung cấp danh sách các gói đính kèm. Tìm kiếm()

search()
#[1] ".GlobalEnv"        "package:Rfacebook" "package:httpuv"   
#"package:rjson"    
#[5] "package:httr"      "package:bindrcpp"  "package:forcats"   # 
#"package:stringr"  
#[9] "package:dplyr"     "package:purrr"     "package:readr"     
#"package:tidyr"    
#[13] "package:tibble"    "package:ggplot2"   "package:tidyverse" 
#"tools:rstudio"    
#[17] "package:stats"     "package:graphics"  "package:grDevices" 
#"package:utils"    
#[21] "package:datasets"  "package:methods"   "Autoloads"         
#"package:base"