Cách chọn gương CRAN trong R

Tôi đang cố gắng cài đặt một gói thông qua dấu nhắc R bằng cách thực hiện như sau:

install.packages('RMySQL')

Nhưng đầu ra như sau:

--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---

Và không có gì khác! Tôi không thể tìm ra giải pháp cho vấn đề rất cơ bản này. Tôi phải nhập gì để chọn gương CRAN?

BIÊN TẬP:

HĐH: Mac-OS X 10.6.8 R Phiên bản: 2.15.0

Bạn nên có một cửa sổ với một danh sách các kho lưu trữ hoặc một menu văn bản với một số tùy chọn. Nhưng nếu điều đó không xuất hiện, bạn luôn có thể chỉ định nhân bản từ đâu để tự tải xuống các gói bằng cách sử dụng repostham số. Bằng cách đó, R sẽ không hỏi bạn nữa về kho lưu trữ. Thí dụ:

install.packages('RMySQL', repos='http://cran.us.r-project.org')

Ở đây bạn có một danh sách các gương cho R.

Đây là những gì tôi làm, về cơ bản là trực tiếp từ example(Startup)trang:

## Default repo
local({r <- getOption("repos")
       r["CRAN"] <- "http://cran.r-project.org" 
       options(repos=r)
})

mà là ở ~/.Rprofile.

Chỉnh sửa: Vì bây giờ là năm 2018, chúng tôi có thể thêm rằng trong vài năm qua, URL "https://cloud.r-project.org"được ưu tiên hơn vì nó phản ánh a) truy cập https và b) CDN "luôn ở gần bạn".

Tôi là fan của:

chooseCRANmirror()

Nó sẽ in danh sách các gương trong đầu ra (không phải lo lắng về cửa sổ bật lên vì bạn đang chạy nó từ thiết bị đầu cuối) và sau đó bạn nhập số bạn muốn.

Tôi sử dụng giải pháp ~ / .Rprofile do Dirk đề xuất, nhưng tôi chỉ muốn chỉ ra rằng

chooseCRANmirror(graphics=FALSE)

dường như là điều hợp lý để làm thay vì

chooseCRANmirror(81)

, có thể hoạt động, nhưng liên quan đến số ma thuật 81 (hoặc có thể đây là cách tinh tế để quảng bá du lịch tới 81 = UK (Bristol) :-))

Màn hình lựa chọn kho lưu trữ không thể hiển thị trên hệ thống của bạn (OS X), vì OS X không còn bao gồm X11. R cố gắng hiển thị cho bạn lời nhắc thông qua X11. Cài đặt X11 từ http://xquartz.macosforge.org/landing/ . Sau đó chạy lệnh cài đặt. Dấu nhắc chọn repo sẽ được hiển thị.

Nếu bạn cần đặt máy nhân bản theo cách không tương tác (ví dụ: thực hiện cài đặt rbundler trong tập lệnh triển khai), bạn có thể thực hiện theo cách này:

Lần đầu tiên chạy thủ công:

chooseCRANmirror()

Chọn số gương tốt nhất cho bạn và ghi nhớ nó. Sau đó, để tự động hóa lựa chọn:

R -e 'chooseCRANmirror(graphics=FALSE, ind=87);library(rbundler);bundle()'

Trong đó 87 là số lượng gương bạn muốn sử dụng. Đoạn mã này cũng cài đặt rbundle cho bạn. Bạn có thể bỏ qua điều đó nếu bạn thích.

Tôi đã sử dụng

chooseCRANmirror(81)

nó cung cấp cho bạn một dấu nhắc để chọn quốc gia. Sau đó, bạn có thể thực hiện lựa chọn bằng cách nhập mã nhân bản quốc gia được chỉ định ở đó.

Một menu thả xuống sẽ bật lên để bạn chọn (hoặc bạn sẽ nhận được một loạt các số để chọn), cho dù bạn đang sử dụng R trong thiết bị đầu cuối hoặc IDE như RStudio. Điều này được hỗ trợ trên Windows, Mac OS và hầu hết các hệ thống Linux. Tuy nhiên, nó có thể yêu cầu cấu hình bổ sung hoặc phụ thuộc như X-windows.

Để bật X-windows khi sử dụng truy cập từ xa, hãy sử dụng các -XYcờ sau :

ssh -XY username@server.domain

Thường có một repo mặc định nhưng điều này có thể được chỉ định nếu bạn có bất kỳ vấn đề nào, chẳng hạn như chạy tập lệnh hoặc Rmarkdown / đan. Bạn có thể dùngrepo opset gương hoặc kho lưu trữ cho CRAN mỗi khi bạn cài đặt với:

install.packages("package", repo="<your.nearest.mirror>")

Nên sử dụng gương gần nhất với vị trí của bạn để tải xuống nhanh hơn. Ví dụ:

install.packages("RMySQL", repos="https://cran.stat.auckland.ac.nz/")

Bạn cũng có thể đặt repostùy chọn trong phiên của mình để bạn chỉ cần một lần cho mỗi phiên tương tác (hoặc tập lệnh). Bạn có thể kiểm tra xemrepos được cấu hình với:

options(repos)

Nếu bạn nhận được "Error in options(repos) : object 'repos' not found" thì bạn có thể đặt tùy chọn kho lưu trữ. Ví dụ:

options(repos = "https://cran.stat.auckland.ac.nz/")

Sau đó, nó sẽ làm việc để cài đặt các gói như bình thường. Ví dụ:

install.packages("RMySQL")

Như đã đề cập bởi những người khác, bạn có thể định cấu hình kho lưu trữ trong .Rprofiletệp của mình và để công việc này trên tất cả các tập lệnh của bạn. Tùy thuộc vào việc bạn thích các tùy chọn "toàn cầu" này trên hệ thống hay tùy chọn "cục bộ" trong phiên hoặc tập lệnh của bạn. Các tùy chọn "cục bộ" này mất nhiều thời gian hơn để sử dụng mỗi phiên nhưng có lợi ích là khiến người khác có thể sử dụng tập lệnh của bạn nếu họ không có tập lệnh của bạn .Rprofile.

Tôi đã có, trên macOS, điều chính xác mà bạn nói: Một dấu nhắc 'vui lòng chọn' và sau đó không có gì nữa.

Sau khi tôi mở (và cập nhật; không biết có liên quan hay không) X-Quartz, sau đó khởi động lại R và thử lại, tôi nhận được một danh sách các cửa sổ X của gương để chọn sau vài giây. Nó đã nhanh hơn lần thứ ba trở đi.

Bạn cũng có thể vô hiệu hóa tất cả các menu đồ họa bằng cách chạy này hoặc đặt nó vào Rprofile của bạn

options(menu.graphics = FALSE)

Thêm vào ~/.Rprofile

local({r <- getOption("repos")
    r["CRAN"] <- "mirror_site"  #for example, https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/
    options(repos=r)
    options(BioC_mirror="bioc_mirror_site") #if using biocLite
})