Người dùng chuyên gia R, những gì trong .Rprofile của bạn? [đóng cửa]

Tôi luôn tìm thấy các tập tin hồ sơ khởi động của người khác cả hữu ích và hướng dẫn về ngôn ngữ. Hơn nữa, trong khi tôi có một số tùy chỉnh cho Bash và Vim , tôi không có gì cho R.

Ví dụ, một điều tôi luôn muốn là các màu khác nhau cho văn bản đầu vào và đầu ra trong một thiết bị đầu cuối cửa sổ và thậm chí có thể làm nổi bật cú pháp.

Đây là của tôi. Nó sẽ không giúp bạn tô màu nhưng tôi có được điều đó từ ESS và Emacs ...

options("width"=160)                # wide display with multiple monitors
options("digits.secs"=3)            # show sub-second time stamps

r <- getOption("repos")             # hard code the US repo for CRAN
r["CRAN"] <- "http://cran.us.r-project.org"
options(repos = r)
rm(r)

## put something this is your .Rprofile to customize the defaults
setHook(packageEvent("grDevices", "onLoad"),
        function(...) grDevices::X11.options(width=8, height=8, 
                                             xpos=0, pointsize=10, 
                                             #type="nbcairo"))  # Cairo device
                                             #type="cairo"))    # other Cairo dev
                                             type="xlib"))      # old default

## from the AER book by Zeileis and Kleiber
options(prompt="R> ", digits=4, show.signif.stars=FALSE)


options("pdfviewer"="okular")         # on Linux, use okular as the pdf viewer

options(stringsAsFactors=FALSE)

Mặc dù tôi không thực sự có nó trong .Rprofile của mình, vì nó có thể phá vỡ mã của đồng tác giả, tôi ước nó là mặc định. Tại sao?

1) Các vectơ ký tự sử dụng ít bộ nhớ hơn (nhưng chỉ hầu như không);

2) Quan trọng hơn, chúng tôi sẽ tránh các vấn đề như:

> x <- factor(c("a","b","c"))
> x
[1] a b c
Levels: a b c
> x <- c(x, "d")
> x
[1] "1" "2" "3" "d"

và

> x <- factor(c("a","b","c"))
> x[1:2] <- c("c", "d")
Warning message:
In `[<-.factor`(`*tmp*`, 1:2, value = c("c", "d")) :
  invalid factor level, NAs generated

Các yếu tố rất tuyệt vời khi bạn cần chúng (ví dụ như thực hiện đặt hàng trong biểu đồ) nhưng hầu hết thời gian đều gây phiền toái.

Tôi ghét phải gõ các từ đầy đủ 'đầu', 'tóm tắt', 'tên' mỗi lần, vì vậy tôi sử dụng bí danh.

Bạn có thể đặt bí danh vào tệp .Rprofile của mình, nhưng bạn phải sử dụng đường dẫn đầy đủ đến hàm (ví dụ utils :: head) nếu không nó sẽ không hoạt động.

# aliases
s <- base::summary
h <- utils::head
n <- base::names

EDIT: để trả lời câu hỏi của bạn, bạn có thể sử dụng gói colorout để có các màu khác nhau trong thiết bị đầu cuối. Mát mẻ! :-)

Đây là của tôi. Tôi luôn sử dụng kho lưu trữ cran chính và có mã để dễ dàng tìm nguồn mã gói phát triển.

.First <- function() {
    library(graphics)
    options("repos" = c(CRAN = "http://cran.r-project.org/"))
    options("device" = "quartz")
}

packages <- list(
  "describedisplay" = "~/ggobi/describedisplay",
  "linval" = "~/ggobi/linval", 

  "ggplot2" =  "~/documents/ggplot/ggplot",
  "qtpaint" =  "~/documents/cranvas/qtpaint", 
  "tourr" =    "~/documents/tour/tourr", 
  "tourrgui" = "~/documents/tour/tourr-gui", 
  "prodplot" = "~/documents/categorical-grammar"
)

l <- function(pkg) {
  pkg <- tolower(deparse(substitute(pkg)))
  if (is.null(packages[[pkg]])) {
    path <- file.path("~/documents", pkg, pkg)
  } else {
    path <- packages[pkg]
  }

  source(file.path(path, "load.r"))  
}

test <- function(path) {
  path <- deparse(substitute(path))
  source(file.path("~/documents", path, path, "test.r"))  
}

Tôi thích lưu lịch sử lệnh R của mình và có sẵn mỗi lần tôi chạy R:

Trong trình bao hoặc .bashrc:

export R_HISTFILE=~/.Rhistory

trong .Rprofile:

.Last <- function() {
        if (!any(commandArgs()=='--no-readline') && interactive()){
                require(utils)
                try(savehistory(Sys.getenv("R_HISTFILE")))
        }
}

Đây là hai chức năng tôi thấy tiện dụng khi làm việc với windows.

Đầu tiên chuyển đổi \s thành /.

.repath <- function() {
   cat('Paste windows file path and hit RETURN twice')
   x <- scan(what = "")
   xa <- gsub('\\\\', '/', x)
   writeClipboard(paste(xa, collapse=" "))
   cat('Here\'s your de-windowsified path. (It\'s also on the clipboard.)\n', xa, '\n')
 }

Thứ hai mở thư mục làm việc trong một cửa sổ thám hiểm mới.

getw <- function() {
    suppressWarnings(shell(paste("explorer",  gsub('/', '\\\\', getwd()))))
}

Tôi đã có được điều này, mẹo năng động hơn để sử dụng toàn bộ chiều rộng thiết bị đầu cuối, cố gắng đọc từ biến môi trường COLUMNS (trên Linux):

tryCatch(
  {options(
      width = as.integer(Sys.getenv("COLUMNS")))},
  error = function(err) {
    write("Can't get your terminal width. Put ``export COLUMNS'' in your \
           .bashrc. Or something. Setting width to 120 chars",
           stderr());
    options(width=120)}
)

Bằng cách này, R sẽ sử dụng toàn bộ chiều rộng ngay cả khi bạn thay đổi kích thước cửa sổ đầu cuối.

Hầu hết các chức năng cá nhân và thư viện được tải của tôi đều nằm trong tập lệnh Rfifts.r

source("c:\\data\\rprojects\\functions\\Rfunctions.r")


.First <- function(){
   cat("\n Rrrr! The statistics program for Pirates !\n\n")

  }

  .Last <- function(){
   cat("\n Rrrr! Avast Ye, YO HO!\n\n")

  }


#===============================================================
# Tinn-R: necessary packages
#===============================================================
library(utils)
necessary = c('svIDE', 'svIO', 'svSocket', 'R2HTML')
if(!all(necessary %in% installed.packages()[, 'Package']))
  install.packages(c('SciViews', 'R2HTML'), dep = T)

options(IDE = 'C:/Tinn-R/bin/Tinn-R.exe')
options(use.DDE = T)

library(svIDE)
library(svIO)
library(svSocket)
library(R2HTML)
guiDDEInstall()
shell(paste("mkdir C:\\data\\rplots\\plottemp", gsub('-','',Sys.Date()), sep=""))
pldir <- paste("C:\\data\\rplots\\plottemp", gsub('-','',Sys.Date()), sep="")

plot.str <-c('savePlot(paste(pldir,script,"\\BeachSurveyFreq.pdf",sep=""),type="pdf")')

Đây là từ ~ / .Rprofile của tôi , được thiết kế cho Mac và Linux.

Những lỗi này dễ nhìn thấy hơn.

options(showWarnCalls=T, showErrorCalls=T)

Tôi ghét sự lựa chọn menu CRAN, vì vậy hãy đặt thành một cái tốt.

options(repos=c("http://cran.cnr.Berkeley.edu","http://cran.stat.ucla.edu"))

Thêm lịch sử!

Sys.setenv(R_HISTSIZE='100000')

Sau đây là để chạy trên Mac OSX từ thiết bị đầu cuối (mà tôi rất thích R.app vì nó ổn định hơn và bạn có thể sắp xếp công việc của mình theo thư mục; cũng đảm bảo có được ~ / .inputrc tốt ). Theo mặc định, bạn nhận được một màn hình X11, trông không đẹp mắt; điều này thay vào đó cho một màn hình thạch anh giống như GUI. Câu iflệnh được cho là bắt trường hợp khi bạn chạy R từ thiết bị đầu cuối trên máy Mac.

f = pipe("uname")
if (.Platform$GUI == "X11" && readLines(f)=="Darwin") {
  # http://www.rforge.net/CarbonEL/
  library("grDevices")
  library("CarbonEL")
  options(device='quartz')
  Sys.unsetenv("DISPLAY")
}
close(f); rm(f)

Và tải trước một vài thư viện,

library(plyr)
library(stringr)
library(RColorBrewer)
if (file.exists("~/util.r")) {
  source("~/util.r")
}

nơi tận dụng là một túi ngẫu nhiên của những thứ tôi sử dụng, dưới thông lượng.

Ngoài ra, vì những người khác đã đề cập đến chiều rộng của bàn điều khiển, đây là cách tôi làm điều đó.

if ( (numcol <-Sys.getenv("COLUMNS")) != "") {
  numcol = as.integer(numcol)
  options(width= numcol - 1)
} else if (system("stty -a &>/dev/null") == 0) {
  # mac specific?  probably bad in the R GUI too.
  numcol = as.integer(sub(".* ([0-9]+) column.*", "\\1", system("stty -a", intern=T)[1]))
  if (numcol > 0)
    options(width=  numcol - 1 )
}
rm(numcol)

Điều này thực sự không phải .Rprofilevì bạn phải chạy lại nó mỗi khi bạn thay đổi kích thước cửa sổ terminal. Tôi có nó util.rsau đó tôi chỉ cần nguồn nó khi cần thiết.

Đây là của tôi:

.First <- function () {
  options(device="quartz")
}

.Last <- function () {
  if (!any(commandArgs() == '--no-readline') && interactive()) {
    require(utils)
    try(savehistory(Sys.getenv("R_HISTFILE")))
  }
}

# Slightly more flexible than as.Date
# my.as.Date("2009-01-01") == my.as.Date(2009, 1, 1) == as.Date("2009-01-01")
my.as.Date <- function (a, b=NULL, c=NULL, ...) {
  if (class(a) != "character")
    return (as.Date(sprintf("%d-%02d-%02d", a, b, c)))
  else
    return (as.Date(a))
}

# Some useful aliases
cd <- setwd
pwd <- getwd
lss <- dir
asd <- my.as.Date # examples: asd("2009-01-01") == asd(2009, 1, 1) == as.Date("2009-01-01")
last <- function (x, n=1, ...) tail(x, n=n, ...)

# Set proxy for all web requests
Sys.setenv(http_proxy="http://192.168.0.200:80/")

# Search RPATH for file <fn>.  If found, return full path to it
search.path <- function(fn,
     paths = strsplit(chartr("\\", "/", Sys.getenv("RPATH")), split =
                switch(.Platform$OS.type, windows = ";", ":"))[[1]]) {
  for(d in paths)
     if (file.exists(f <- file.path(d, fn)))
        return(f)
  return(NULL)
}

# If loading in an environment that doesn't respect my RPATH environment
# variable, set it here
if (Sys.getenv("RPATH") == "") {
  Sys.setenv(RPATH=file.path(path.expand("~"), "Library", "R", "source"))
}

# Load commonly used functions
if (interactive())
  source(search.path("afazio.r"))

# If no R_HISTFILE environment variable, set default
if (Sys.getenv("R_HISTFILE") == "") {
  Sys.setenv(R_HISTFILE=file.path("~", ".Rhistory"))
}

# Override q() to not save by default.
# Same as saying q("no")
q <- function (save="no", ...) {
  quit(save=save, ...)
}

# ---------- My Environments ----------
#
# Rather than starting R from within different directories, I prefer to
# switch my "environment" easily with these functions.  An "environment" is
# simply a directory that contains analysis of a particular topic.
# Example usage:
# > load.env("markets")  # Load US equity markets analysis environment
# > # ... edit some .r files in my environment
# > reload()             # Re-source .r/.R files in my environment
#
# On next startup of R, I will automatically be placed into the last
# environment I entered

# My current environment
.curr.env = NULL

# File contains name of the last environment I entered
.last.env.file = file.path(path.expand("~"), ".Rlastenv")

# Parent directory where all of my "environment"s are contained
.parent.env.dir = file.path(path.expand("~"), "Analysis")

# Create parent directory if it doesn't already exist
if (!file.exists(.parent.env.dir))
  dir.create(.parent.env.dir)

load.env <- function (string, save=TRUE) {
  # Load all .r/.R files in <.parent.env.dir>/<string>/
  cd(file.path(.parent.env.dir, string))
  for (file in lss()) {
    if (substr(file, nchar(file)-1, nchar(file)+1) %in% c(".r", ".R"))
      source(file)
  }
  .curr.env <<- string
  # Save current environment name to file
  if (save == TRUE) writeLines(.curr.env, .last.env.file)
  # Let user know environment switch was successful
  print (paste(" -- in ", string, " environment -- "))
}

# "reload" current environment.
reload <- resource <- function () {
  if (!is.null(.curr.env))
    load.env(.curr.env, save=FALSE)
  else
    print (" -- not in environment -- ")
}

# On startup, go straight to the environment I was last working in
if (interactive() && file.exists(.last.env.file)) {
  load.env(readLines(.last.env.file))
}

sink(file = 'R.log', split=T)

options(scipen=5)

.ls.objects <- function (pos = 1, pattern, order.by = "Size", decreasing=TRUE, head =     TRUE, n = 10) {
  # based on postings by Petr Pikal and David Hinds to the r-help list in 2004
  # modified by: Dirk Eddelbuettel (http://stackoverflow.com/questions/1358003/tricks-to-    manage-the-available-memory-in-an-r-session) 
  # I then gave it a few tweaks (show size as megabytes and use defaults that I like)
  # a data frame of the objects and their associated storage needs.
  napply <- function(names, fn) sapply(names, function(x)
          fn(get(x, pos = pos)))
  names <- ls(pos = pos, pattern = pattern)
  obj.class <- napply(names, function(x) as.character(class(x))[1])
  obj.mode <- napply(names, mode)
  obj.type <- ifelse(is.na(obj.class), obj.mode, obj.class)
  obj.size <- napply(names, object.size) / 10^6 # megabytes
  obj.dim <- t(napply(names, function(x)
            as.numeric(dim(x))[1:2]))
  vec <- is.na(obj.dim)[, 1] & (obj.type != "function")
  obj.dim[vec, 1] <- napply(names, length)[vec]
  out <- data.frame(obj.type, obj.size, obj.dim)
  names(out) <- c("Type", "Size", "Rows", "Columns")
  out <- out[order(out[[order.by]], decreasing=decreasing), ]
  if (head)
    out <- head(out, n)
  out
}

Làm cho data.frames hiển thị hơi giống 'đầu', mà không cần phải gõ 'đầu'

print.data.frame <- function(df) {
   if (nrow(df) > 10) {
      base::print.data.frame(head(df, 5))
      cat("----\n")
      base::print.data.frame(tail(df, 5))
   } else {
      base::print.data.frame(df)
   }
}

(Từ Làm thế nào để 'đầu' được tự động áp dụng cho đầu ra? )

Tôi thường có một chuỗi các cuộc gọi gỡ lỗi mà tôi cần gọi và việc bỏ qua chúng có thể rất tẻ nhạt. Với sự giúp đỡ của cộng đồng SO , tôi đã tìm giải pháp sau đây và đưa giải pháp này vào .Rprofile.site. # BROWSERcó sẵn cho các Nhiệm vụ Eclipse của tôi để tôi có cái nhìn tổng quan về các cuộc gọi trình duyệt trong cửa sổ Dạng xem nhiệm vụ.

# turn debugging on or off
# place "browser(expr = isTRUE(getOption("debug"))) # BROWSER" in your function
# and turn debugging on or off by bugon() or bugoff()
bugon <- function() options("debug" = TRUE)
bugoff <- function() options("debug" = FALSE) #pun intended

Của tôi không quá ưa thích:

# So the mac gui can find latex
Sys.setenv("PATH" = paste(Sys.getenv("PATH"),"/usr/texbin",sep=":"))

#Use last(x) instead of x[length(x)], works on matrices too
last <- function(x) { tail(x, n = 1) }

#For tikzDevice caching 
options( tikzMetricsDictionary='/Users/cameron/.tikzMetricsDictionary' )

setwd("C://path//to//my//prefered//working//directory")
library("ggplot2")
library("RMySQL")
library("foreign")
answer <- readline("What database would you like to connect to? ")
con <- dbConnect(MySQL(),user="root",password="mypass", dbname=answer)

Tôi làm rất nhiều công việc từ cơ sở dữ liệu mysql, vì vậy kết nối ngay lập tức là một ơn trời. Tôi chỉ muốn có một cách liệt kê các cơ sở dữ liệu có sẵn để tôi không phải nhớ tất cả các tên khác nhau.

Bài đăng của Stephen Turner trên .Rprofiles có một số bí danh và hàm khởi động hữu ích.

Tôi thấy mình sử dụng ht và hh của mình thường xuyên.

#ht==headtail, i.e., show the first and last 10 items of an object
ht <- function(d) rbind(head(d,10),tail(d,10))

# Show the first 5 rows and first 5 columns of a data frame or matrix
hh <- function(d) d[1:5,1:5]

Đây là của tôi, bao gồm một số ý tưởng được đề cập.

Hai điều bạn có thể muốn xem xét:

• .set. thong () / w () cập nhật chiều rộng in của bạn lên một trong các thiết bị đầu cuối. Thật không may, tôi không tìm thấy cách nào để thực hiện việc này một cách tự động khi thay đổi kích thước thiết bị đầu cuối - Tài liệu R đề cập đến việc này được thực hiện bởi một số thông dịch viên R.
• lịch sử được lưu mỗi lần cùng với dấu thời gian và thư mục làm việc

.

.set.width <- function() {
  cols <- as.integer(Sys.getenv("COLUMNS"))
  if (is.na(cols) || cols > 10000 || cols < 10)
    options(width=100)
  options(width=cols)
}

.First <- function() {
  options(digits.secs=3)              # show sub-second time stamps
  options(max.print=1000)             # do not print more than 1000 lines
  options("report" = c(CRAN="http://cran.at.r-project.org"))
  options(prompt="R> ", digits=4, show.signif.stars=FALSE)
}

# aliases
w <- .set.width

.Last <- function() {
  if (!any(commandArgs()=='--no-readline') && interactive()){
    timestamp(,prefix=paste("##------ [",getwd(),"] ",sep=""))
    try(savehistory("~/.Rhistory"))
   }
}

Tôi sử dụng cách sau để lấy cacheSweave (hoặc pgfSweave) để làm việc với nút "Biên dịch PDF" trong RStudio:

library(cacheSweave)
assignInNamespace("RweaveLatex", cacheSweave::cacheSweaveDriver, "utils")

Mine bao gồm options(menu.graphics=FALSE)vì tôi như để Disable / sổ popup tcltk đàn áp để lựa chọn gương cran trong R .

Đây là của tôi. Không có gì quá sáng tạo. Suy nghĩ về lý do tại sao lựa chọn cụ thể:

• Tôi đã cài đặt mặc định cho stringsAsFactors vì tôi thấy rất mệt mỏi khi chuyển nó thành đối số mỗi khi tôi đọc CSV. Điều đó nói rằng, nó đã gây ra cho tôi một số lỗi nhỏ khi sử dụng mã được viết trên máy tính thông thường của tôi trên máy tính. không có .Rprofile của tôi. Mặc dù vậy, tôi đang giữ nó vì những rắc rối mà nó đã gây ra nhạt so với những rắc rối không được đặt ra hàng ngày.
• Nếu bạn không tải utilsgói trước đó options(error=recover), nó không thể tìm thấy recovery khi được đặt bên tronginteractive() khối.
• Tôi đã sử dụng .dbcho cài đặt dropbox của mình hơn là options(dropbox=...)vì tôi sử dụng nó mọi lúc bên trong file.pathvà nó giúp tiết kiệm nhiều thao tác gõ. Hàng đầu .giữ cho nó không xuất hiện với ls().

Nếu không có thêm rắc rối:

if(interactive()) {
    options(stringsAsFactors=FALSE)
    options(max.print=50)
    options(repos="http://cran.mirrors.hoobly.com")
}

.db <- "~/Dropbox"
# `=` <- function(...) stop("Assignment by = disabled, use <- instead")
options(BingMapsKey="blahblahblah") # Used by taRifx.geo::geocode()

.First <- function() {
    if(interactive()) {
        require(functional)
        require(taRifx)
        require(taRifx.geo)
        require(ggplot2)
        require(foreign)
        require(R.utils)
        require(stringr)
        require(reshape2)
        require(devtools)
        require(codetools)
        require(testthat)
        require(utils)
        options(error=recover)
    }
}

Đây là một đoạn nhỏ để sử dụng xuất bảng sang LaTeX . Nó thay đổi tất cả các tên cột thành chế độ toán học cho nhiều báo cáo tôi viết. Phần còn lại của .Rprofile của tôi khá chuẩn và chủ yếu được đề cập ở trên.

# Puts $dollar signs in front and behind all column names col_{sub} -> $col_{sub}$

amscols<-function(x){
    colnames(x) <- paste("$", colnames(x), "$", sep = "")
    x
}

Tôi đặt chủ đề màu mắt cáo trong hồ sơ của tôi. Đây là hai điều chỉnh khác tôi sử dụng:

# Display working directory in the titlebar
# Note: This causes demo(graphics) to fail
utils::setWindowTitle(base::getwd())
utils::assignInNamespace("setwd",function(dir)   {.Internal(setwd(dir));setWindowTitle(base::getwd())},"base")

# Don't print more than 1000 lines
options(max.print=2000)

Tôi có một biến môi trường R_USER_WORKSPACE trỏ đến thư mục trên cùng của các gói của tôi. Trong .Rprofile tôi định nghĩa một hàm devlib để đặt thư mục làm việc (để dữ liệu () hoạt động) và nguồn tất cả các tệp .R trong thư mục con R. Nó khá giống với hàm l () của Hadley ở trên.

devlib <- function(pkg) {
  setwd(file.path(Sys.getenv("R_USER_WORKSPACE", "."), deparse(substitute(pkg)), "dev"))
  sapply(list.files("R", pattern=".r$", ignore.case=TRUE, full.names=TRUE), source)
  invisible(NULL)
}

.First <- function() {
  setwd(Sys.getenv("R_USER_WORKSPACE", "."))
  options("repos" = c(CRAN = "http://mirrors.softliste.de/cran/", CRANextra="http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin"))
}

.Last <- function() update.packages(ask="graphics")

Tôi tìm thấy hai chức năng thực sự cần thiết: Đầu tiên khi tôi thiết lập debug()một số chức năng và tôi đã khắc phục lỗi, vì vậy tôi muốn undebug()tất cả các chức năng - không phải từng chức năng một. Các undebug_all()chức năng được thêm vào như câu trả lời được chấp nhận ở đây là tốt nhất.

Thứ hai, khi tôi đã xác định nhiều hàm và tôi đang tìm một tên biến cụ thể, thật khó để tìm thấy nó trong tất cả các kết quả của ls(), bao gồm cả tên hàm. Các lsnofun()chức năng được đăng ở đây là thực sự tốt.