Trong Linux, giao diện người dùng đồ họa không phải là một phần của hệ điều hành. Giao diện người dùng đồ họa được tìm thấy trên hầu hết các máy tính để bàn Linux được cung cấp bởi phần mềm có tên X Window System , định nghĩa một cách độc lập thiết bị để xử lý màn hình, bàn phím và thiết bị con trỏ.
X Window định nghĩa một giao thức mạng để liên lạc và bất kỳ chương trình nào biết cách "nói" giao thức này đều có thể sử dụng nó. Có một thư viện C được gọi là Xlib mà làm cho nó dễ dàng hơn để sử dụng giao thức này, vì vậy Xlib là loại các GUI API bản địa. Xlib không phải là cách duy nhất để truy cập máy chủ X Window; Ngoài ra còn có XCB .
Các thư viện của bộ công cụ như GTK + (được sử dụng bởi Gnome ) và Qt (được sử dụng bởi KDE ), được xây dựng trên Xlib, được sử dụng vì chúng dễ lập trình hơn. Ví dụ, chúng cung cấp cho bạn giao diện nhất quán trên các ứng dụng, giúp sử dụng kéo và thả dễ dàng hơn, cung cấp các thành phần tiêu chuẩn cho môi trường máy tính để bàn hiện đại, v.v.
Làm thế nào X vẽ trên màn hình nội bộ phụ thuộc vào việc thực hiện. X.org có một phần độc lập với thiết bị và một phần phụ thuộc vào thiết bị. Cái trước quản lý tài nguyên màn hình như windows, trong khi cái sau giao tiếp với trình điều khiển card đồ họa, thường là mô-đun kernel. Giao tiếp có thể xảy ra qua truy cập bộ nhớ trực tiếp hoặc thông qua các cuộc gọi hệ thống đến kernel. Trình điều khiển dịch các lệnh thành một hình thức mà phần cứng trên thẻ hiểu được.
Kể từ năm 2013, một hệ thống cửa sổ mới có tên Wayland bắt đầu có thể sử dụng được và nhiều bản phân phối cho biết họ sẽ di chuyển đến một lúc nào đó, mặc dù vẫn chưa có lịch trình rõ ràng. Hệ thống này dựa trên API OpenGL / ES, có nghĩa là trong tương lai OpenGL sẽ là "API GUI gốc" trong Linux. Công việc đang được thực hiện để chuyển GTK + và QT sang Wayland, do đó các ứng dụng và hệ thống máy tính để bàn phổ biến hiện nay sẽ cần những thay đổi tối thiểu. Các ứng dụng không thể chuyển được sẽ được hỗ trợ thông qua máy chủ X11, giống như OS X hỗ trợ các ứng dụng X11 thông qua Xquartz. Cổng GTK + dự kiến sẽ hoàn thành trong vòng một năm , trong khi Qt 5 đã có hỗ trợ Wayland hoàn chỉnh.
Để làm phức tạp thêm vấn đề, Ubuntu đã tuyên bố họ đang phát triển một hệ thống mới có tên Mir vì những vấn đề họ nhận thấy với Wayland. Hệ thống cửa sổ này cũng dựa trên API OpenGL / ES.