Truyền đối số dòng lệnh cho R CMD BATCH

Tôi đã sử dụng R CMD BATCH my_script.Rtừ một thiết bị đầu cuối để thực thi một Rtập lệnh. Bây giờ tôi đã đến thời điểm mà tôi muốn chuyển một đối số cho lệnh, nhưng đang gặp một số vấn đề để nó hoạt động. Nếu tôi làm vậy R CMD BATCH my_script.R blablathì nó blablasẽ trở thành tệp đầu ra, thay vì được hiểu là một đối số có sẵn cho tập lệnh R đang được thực thi.

Tôi đã thử Rscript my_script.R blablamà dường như truyền blablađúng như một đối số, nhưng sau đó tôi không nhận được my_script.Routtệp đầu ra mà tôi nhận được R CMD BATCH(tôi muốn .Routtệp). Trong khi tôi có thể chuyển hướng đầu ra của lệnh gọi đến Rscripttên tệp mà tôi chọn, tôi sẽ không nhận được các lệnh đầu vào R có trong tệp theo cách R CMD BATCHthực hiện trong .Routtệp.

Vì vậy, lý tưởng nhất là tôi đang tìm kiếm một cách để truyền các đối số đến một tập lệnh R đang được thực thi thông qua R CMD BATCHphương thức, mặc dù sẽ rất vui với một cách tiếp cận bằng cách sử dụng Rscriptnếu có cách để làm cho nó tạo ra một .Routtệp có thể so sánh được .

Ấn tượng của tôi R CMD BATCHlà một chút dựa dẫm. Trong mọi trường hợp, Rscripttệp thực thi mới hơn (có sẵn trên tất cả các nền tảng), cùng vớicommandArgs() việc xử lý các đối số dòng lệnh khá dễ dàng.

Ví dụ, đây là một tập lệnh nhỏ - hãy gọi nó "myScript.R":

## myScript.R
args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
rnorm(n=as.numeric(args[1]), mean=as.numeric(args[2]))

Và đây là những gì gọi nó từ dòng lệnh trông như thế nào

> Rscript myScript.R 5 100
[1]  98.46435 100.04626  99.44937  98.52910 100.78853

Biên tập:

Không phải tôi muốn giới thiệu nó, nhưng ... sử dụng kết hợp source()và sink(), bạn có thể Rscripttạo ra một .Routtệp giống như được tạo bởi R CMD BATCH. Một cách là tạo một tập lệnh R nhỏ - hãy gọi nó RscriptEcho.R - mà bạn gọi trực tiếp bằng Rscript. Nó có thể trông như thế này:

## RscriptEcho.R
args <- commandArgs(TRUE)
srcFile <- args[1]
outFile <- paste0(make.names(date()), ".Rout")
args <- args[-1]

sink(outFile, split = TRUE)
source(srcFile, echo = TRUE)

Để thực thi tập lệnh thực của bạn, sau đó bạn sẽ làm:

Rscript RscriptEcho.R myScript.R 5 100
[1]  98.46435 100.04626  99.44937  98.52910 100.78853

sẽ thực thi myScript.Rvới các đối số được cung cấp và đưa đầu vào, đầu ra và thông báo xen kẽ vào một tên duy nhất .Rout.

Edit2:
Bạn có thể chạy Rscript một cách chi tiết và đặt đầu ra dài dòng vào một tệp.

Rscript --verbose myScript.R 5 100 > myScript.Rout

Sau khi thử các tùy chọn được mô tả ở đây, tôi đã tìm thấy bài đăng này từ Forester trong r-blogger. Tôi nghĩ rằng đó là một lựa chọn sạch sẽ để xem xét.

Tôi đặt mã của anh ấy ở đây:

Từ dòng lệnh

$ R CMD BATCH --no-save --no-restore '--args a=1 b=c(2,5,6)' test.R test.out &

Test.R

##First read in the arguments listed at the command line
args=(commandArgs(TRUE))

##args is now a list of character vectors
## First check to see if arguments are passed.
## Then cycle through each element of the list and evaluate the expressions.
if(length(args)==0){
    print("No arguments supplied.")
    ##supply default values
    a = 1
    b = c(1,1,1)
}else{
    for(i in 1:length(args)){
      eval(parse(text=args[[i]]))
    }
}

print(a*2)
print(b*3)

Trong test.out

> print(a*2)
[1] 2
> print(b*3)
[1]  6 15 18

Cảm ơn Forester !

Trong tập lệnh R của bạn, được gọi là test.R:

args <- commandArgs(trailingOnly = F)
myargument <- args[length(args)]
myargument <- sub("-","",myargument)
print(myargument)
q(save="no")

Từ dòng lệnh chạy:

R CMD BATCH -4 test.R

Tệp đầu ra của bạn, test.Rout, sẽ cho thấy rằng đối số 4đã được chuyển thành công đến R:

cat test.Rout

> args <- commandArgs(trailingOnly = F)
> myargument <- args[length(args)]
> myargument <- sub("-","",myargument)
> print(myargument)
[1] "4"
> q(save="no")
> proc.time()
user  system elapsed 
0.222   0.022   0.236 

Bạn cần đặt đối số trước my_script.Rvà sử dụng -đối số, ví dụ:

R CMD BATCH -blabla my_script.R

commandArgs()sẽ nhận -blabladưới dạng một chuỗi ký tự trong trường hợp này. Xem phần trợ giúp để biết chi tiết:

$ R CMD BATCH --help
Usage: R CMD BATCH [options] infile [outfile]

Run R non-interactively with input from infile and place output (stdout
and stderr) to another file.  If not given, the name of the output file
is the one of the input file, with a possible '.R' extension stripped,
and '.Rout' appended.

Options:
  -h, --help        print short help message and exit
  -v, --version     print version info and exit
  --no-timing           do not report the timings
  --            end processing of options

Further arguments starting with a '-' are considered as options as long
as '--' was not encountered, and are passed on to the R process, which
by default is started with '--restore --save --no-readline'.
See also help('BATCH') inside R.

Tôi thêm câu trả lời vì tôi nghĩ rằng giải pháp một dòng luôn tốt! Trên đầu myRscript.Rtệp của bạn , thêm dòng sau:

eval(parse(text=paste(commandArgs(trailingOnly = TRUE), collapse=";")))

Sau đó, gửi kịch bản của bạn với một cái gì đó như:

R CMD BATCH [options] '--args arguments you want to supply' myRscript.R &

Ví dụ:

R CMD BATCH --vanilla '--args N=1 l=list(a=2, b="test") name="aname"' myscript.R &

Sau đó:

> ls()
[1] "N"    "l"    "name"

Đây là một cách khác để xử lý args dòng lệnh, bằng cách sử dụng R CMD BATCH. Cách tiếp cận của tôi, dựa trên câu trả lời trước đó ở đây , cho phép bạn chỉ định các đối số tại dòng lệnh và trong tập lệnh R của bạn, cung cấp một số hoặc tất cả các giá trị mặc định.

Đây là tệp R, tôi đặt tên là test.R :

defaults <- list(a=1, b=c(1,1,1)) ## default values of any arguments we might pass

## parse each command arg, loading it into global environment
for (arg in commandArgs(TRUE))
  eval(parse(text=arg))

## if any variable named in defaults doesn't exist, then create it
## with value from defaults
for (nm in names(defaults))
  assign(nm, mget(nm, ifnotfound=list(defaults[[nm]]))[[1]])

print(a)
print(b)

Tại dòng lệnh, nếu tôi gõ

R CMD BATCH --no-save --no-restore '--args a=2 b=c(2,5,6)' test.R

thì trong R chúng ta sẽ có a= 2và b= c(2,5,6). Nhưng tôi có thể nói, bỏ qua bvà thêm vào một lập luận khác c:

R CMD BATCH --no-save --no-restore '--args a=2 c="hello"' test.R

Sau đó, trong R, chúng ta sẽ có a= 2, b= c(1,1,1)(mặc định) và c="hello" .

Cuối cùng, để thuận tiện, chúng ta có thể bọc mã R trong một hàm, miễn là chúng ta cẩn thận về môi trường:

## defaults should be either NULL or a named list
parseCommandArgs <- function(defaults=NULL, envir=globalenv()) {
  for (arg in commandArgs(TRUE))
    eval(parse(text=arg), envir=envir)

  for (nm in names(defaults))
    assign(nm, mget(nm, ifnotfound=list(defaults[[nm]]), envir=envir)[[1]], pos=envir)
}

## example usage:
parseCommandArgs(list(a=1, b=c(1,1,1)))