Thay đổi đường dẫn thư viện mặc định R bằng cách sử dụng .libPaths trong Rprofile.site không hoạt động

Tôi đang chạy R trên Windows, không phải là quản trị viên. Khi tôi cài đặt một gói, lệnh sau không hoạt động:

> install.packages("zoo")
Installing package(s) into ‘C:/Program Files/R/R-2.15.2/library’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages :
  'lib = "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"' is not writable

Để cài đặt một gói, tôi phải chỉ định một vị trí thư viện:

install.packages("zoo", lib="C:/software/Rpackages")

Để tải một gói, tôi cũng phải chỉ định vị trí thư viện:

library("zoo", lib.loc="C:/software/Rpackages")

Tất cả điều này là ổn, nhưng tôi muốn xem liệu tôi có thể thêm C:/software/Rpackagesvào đường dẫn thư viện bằng cách nào đó và do đó không phải gõ nó mỗi lần.

Khi tôi tìm kiếm trực tuyến, tôi thấy rằng một cách để làm điều này là chỉnh sửa Rprofile.sitetệp và thêm dòng

.libPaths("C:/software/Rpackages")

Tuy nhiên, sau khi làm điều này và bắt đầu RStudio, đây là đầu ra mà tôi nhận được

> .libPaths()
[1] "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library" "C:/Program Files/RStudio/R/library" 

Các .libPathslệnh mà tôi thêm vào Rprofile.sitedường như không có bất kỳ tác dụng! Tại sao điều này là trường hợp? Hoặc quan trọng hơn, làm thế nào tôi có thể khắc phục sự cố để tôi có thể cài đặt và tải các gói mà không cần nhập vào vị trí thư viện?

Lưu ý: nếu tôi khởi động RStudio, .libPaths()lệnh dường như hoạt động như được yêu cầu

.libPaths("C:/software/Rpackages")
> .libPaths()
[1] "C:/software/Rpackages"               "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"

Điều đó có lạ không?

Tôi thường cố gắng giữ tất cả các gói của mình trong một thư viện, nhưng nếu bạn muốn thêm thư viện tại sao không nối thêm thư viện mới (phải tồn tại trong hệ thống tệp của bạn) vào đường dẫn thư viện hiện tại?

.libPaths( c( .libPaths(), "~/userLibrary") )

Hoặc (và điều này sẽ làm cho người dùng Thư viện là nơi đầu tiên để đặt các gói mới):

.libPaths( c( "~/userLibrary" , .libPaths() ) )

Sau đó, tôi nhận được (ít nhất là trở lại khi tôi viết điều này ban đầu):

> .libPaths()
[1] "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library"
[2] "/Users/user_name/userLibrary"  

Các .libPathschức năng khác nhau là một chút so với hầu hết các chức năng nongraphics khác. Nó hoạt động thông qua tác dụng phụ. Các hàm Sys.getenvvà Sys.setenvbáo cáo và thay đổi các biến môi trường R đã được tách ra nhưng .libPathscó thể báo cáo hoặc thay đổi mục tiêu của nó.

Thông tin về quy trình khởi động R có thể được đọc tại ?Startuptrang trợ giúp và có tài liệu RStudio tại: https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200549016-Customizing-RStudio

Trong trường hợp của bạn, có vẻ như RStudio không tôn trọng cài đặt Rprofile.site hoặc có lẽ đang ghi đè chúng bằng cách đọc cài đặt .Rprofile từ một trong các mặc định của RStudio. Cũng cần đề cập rằng kết quả từ hoạt động này cũng nối thêm nội dung của các cuộc gọi đến .Libraryvà .Library.siteđó là lý do tại sao RStudio- (hoặc bất kỳ IDE hoặc mạng nào khác được cài đặt-) có thể biểu hiện hành vi khác nhau.

Vì Sys.getenv()trả về môi trường hệ thống hiện tại cho quy trình R, bạn có thể thấy thư viện và các đường dẫn khác với:

Sys.getenv()[ grep("LIB|PATH", names(Sys.getenv())) ]

Hai vấn đề quan trọng để lưu trữ và truy cập các gói là (bây giờ khác nhau trên hộp Linux):

R_LIBS_SITE                          /usr/local/lib/R/site-library:/usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library
R_LIBS_USER                          /home/david/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5.1/

Giải pháp thích hợp là đặt biến môi trường R_LIBS_USERthành giá trị của đường dẫn tệp vào thư mục thư viện mong muốn của bạn thay vì nhận RStudio để nhận ra tệp Rprofile.site.

Để đặt biến môi trường R_LIBS_USERtrong Windows, hãy chuyển đến Bảng điều khiển (Thuộc tính hệ thống -> Thuộc tính hệ thống nâng cao -> Biến môi trường -> Biến người dùng) thành giá trị mong muốn (đường dẫn đến thư mục thư viện của bạn), vd

Variable name: R_LIBS_USER 
Variable value: C:/software/Rpackages  

Đặt R_LIBS_USER sẽ đảm bảo rằng thư viện hiển thị đầu tiên trong .libPaths () bất kể khởi động RStudio trực tiếp hoặc bằng cách nhấp chuột phải vào tệp và "Mở bằng" để khởi động RStudio.

Giải pháp Rprofile có thể hoạt động nếu RStudio luôn được khởi động bằng cách nhấp vào phím tắt RStudio. Trong trường hợp này, đặt thư mục làm việc mặc định thành thư mục chứa Rprofile của bạn sẽ là đủ. Giải pháp Rprofile không hoạt động khi nhấp vào tệp để khởi động RStudio vì điều đó thay đổi thư mục làm việc ra khỏi thư mục làm việc mặc định.

Tôi quản lý để giải quyết vấn đề bằng cách đặt mã trong .Rprofiletệp trong thư mục làm việc mặc định.

Đầu tiên, tôi tìm thấy vị trí của thư mục làm việc mặc định

> getwd()
[1] "C:/Users/me/Documents"

Sau đó, tôi đã sử dụng một trình soạn thảo văn bản để viết một .Rprofiletập tin đơn giản với dòng sau trong đó

.libPaths("C:/software/Rpackages")

Cuối cùng, khi tôi bắt đầu Rvà chạy, .libPaths()tôi nhận được đầu ra mong muốn:

> .libPaths()
[1] "C:/software/Rpackages"               "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"
[3] "C:/Program Files/RStudio/R/library"

/superuser/749283/change-rstudio-l Library-path-at-home-directory

Chỉnh sửa ~ / .Renvir

R_LIBS_USER=/some/path

Tôi đã tìm thấy những gì tôi nghĩ là một giải pháp ở đây (cảm ơn Carl Schwarz tại SFU) vì đã thêm một thư viện cá nhân vĩnh viễn (bạn không phải xác định nó mỗi phiên) nhận ra liệu sử dụng R hay Rstudio và Rstudio coi nó là mặc định trên máy Mac của tôi. Tôi đã không thấy nó trình bày rõ ràng điều này trên SO, vì vậy tôi đã tóm tắt các bước họ cung cấp, cho Windows và sau đó cho Mac.

Đối với HĐH Windows 7:

1. Tạo một thư mục trên ổ đĩa mà bạn muốn có thư viện cá nhân của mình, ví dụ: C: \ User \ Rlibs (hoặc một thư mục khác mà bạn có quyền)

2. Tìm kiếm / chuyển đến "Chỉnh sửa biến môi trường cho tài khoản của bạn" trong thanh tìm kiếm Windows để chỉnh sửa cài đặt bảng điều khiển

3. Nhấp vào "Mới ..." ở giữa cửa sổ "Biến môi trường"

4. Trong cửa sổ "Biến người dùng mới", nhập R_LIBS cho "Tên biến" và đường dẫn đến thư mục thư viện cá nhân bạn đã tạo, ví dụ: C: \ User \ Rlibs

5. Bấm OK và bạn sẽ thấy cặp Biến / Giá trị trong cửa sổ Biến người dùng

6. Nhấn OK lần nữa

Bây giờ khi bạn khởi động R (hoặc Rstudio) và gõ lệnh, .libPaths()bạn sẽ thấy thư viện cá nhân bạn đã tạo cũng như thư viện hệ thống R.

Đối với máy Mac:

1. Trong thư mục "Trang chủ" hoặc "tên người dùng" của bạn, hãy tạo một thư mục có tên Rlibs

2. Khởi chạy ứng dụng Terminal

3. Loại: echo "R_LIBS=~/Rlibs"> .RenvrionĐảm bảo trường hợp phù hợp.

4. Gõ ls -ađể xem toàn bộ danh sách các tập tin trong thư mục, bây giờ đó phải bao gồm .Renvrion

5. Xác minh rằng tệp .Renvir đã được đặt đúng:more .Renviron

Khởi chạy R / Rstudio và gõ .libPaths()và bạn sẽ thấy đường dẫn mới đến thư viện cá nhân của mình.

Nếu bạn không có quyền quản trị, bạn cũng có thể hữu ích khi mở tệp Rprofile.site-file nằm trong \ R-3.1.0 \ etc và thêm:

.First <- function(){
  .libPaths("your path here")
}

Điều này đánh giá .libPath()lệnh trực tiếp khi bắt đầu

Tôi đã gặp khó khăn thực sự khi hiểu điều này. gorkypl đã đưa ra giải pháp chính xác ở trên khi tôi cài đặt lại OS & Rstudio lần cuối nhưng lần này, cài đặt biến môi trường của tôi không giải quyết được.

Gỡ cài đặt cả R và Rstudio, tạo thư mục C: \ R và C: \ Rstudio sau đó cài đặt lại cả hai.

Xác định biến người dùng R_LIBS_USER vào thư mục ưa thích của bạn (theo câu trả lời của gorkypl) và khởi động lại máy của bạn để biến Người dùng được tải. Mở Rstudio, lỗi sẽ biến mất.

Bạn cũng có thể sử dụng Sys.setenv()để sửa đổi R_LIBS_USER theo đường dẫn của thư viện thay thế dễ dàng hơn và không cần phải khởi động lại máy tính của bạn.

Để xem R_LIBS_USER được đặt thành: ?Sys.getenv()

Đọc sách help(Startup)rất hữu ích.

Nếu thư viện gói mặc định của bạn đã bị thay đổi sau khi cài đặt phiên bản R mới hoặc bằng bất kỳ phương tiện nào khác, bạn có thể nối thêm cả hai thư viện để sử dụng tất cả các gói với sự trợ giúp của các lệnh bên dưới. Nhận đường dẫn thư viện hiện có:

.libPaths()

Bây giờ, đặt đường dẫn hiện có và cũ:

.libPaths(c(.libPaths(), "~/yourOldPath"))

Hy vọng nó giúp.

chỉ thay đổi thư mục mặc định cho các thư viện R của bạn trong một thư mục không có quyền Quản trị viên, vd

.libPaths("C:/R/libs")

Tôi đọc các readme. Trong đó họ đã đề cập sử dụng .libPaths () trong dòng lệnh để kiểm tra đường dẫn nào ở đó. Tôi đã có 2 đường dẫn thư viện trước đó. Khi tôi sử dụng lệnh .libpath ("C: / Chương trình tập tin / R / R-3.2.4revised / library") ở nơi tôi muốn, nó đã thay đổi đường dẫn thư viện. Khi tôi gõ .libPaths () vào dòng lệnh một lần nữa, nó chỉ cho tôi đường dẫn chính xác. Hi vọng điêu nay co ich

Trên Ubuntu, cách thay đổi đường dẫn thư viện mặc định cho người dùng được đề xuất là đặt R_LIBS_USERbiến trong ~/.Renvirontệp.

touch ~/.Renviron
echo "R_LIBS_USER=/custom/path/in/absolute/form" >> ~/.Renviron

getwd()
# [1] "C:/Users/..../software/My R studio"

sao chép liên kết trên với dấu phẩy đảo ngược

.libPaths(new="C:/Users/..../software/My R studio")

Đường dẫn mặc định của bạn sẽ thay đổi để cài đặt pakages

Nếu bạn muốn thay đổi đường dẫn thư viện của mình vĩnh viễn (không gọi .libPath () mỗi lần khi vào R, điều này hoạt động với tôi:

1. tạo .Rprofile trong thư mục nhà của bạn. (~ / .Rprofile)

2. gõ .libPaths(c( .libPaths(), "your new path" )) vào tệp .Rprofile, lưu lại.

3. mở R (bất kỳ thư mục nào) và kiểm tra, chỉ cần gõ .libPaths(), bạn có thể tìm thấy đường dẫn libaray của mình được cập nhật!

Tôi đã xem xét điều này bởi vì R gặp vấn đề khi cài đặt vào vị trí mặc định và thay vào đó chỉ đưa các gói vào thư mục tạm thời. Hóa ra đây là bản cập nhật mới nhất cho Mcaffee Endpoint Security có vẻ như có vấn đề với R. Bạn có thể vô hiệu hóa bảo vệ mối đe dọa trong khi bạn cài đặt các gói và nó sẽ hoạt động bình thường.