Lập trình tạo bảng Markdown trong R với KnitR

Tôi mới bắt đầu tìm hiểu về KnitR và việc sử dụng Markdown trong việc tạo tài liệu và báo cáo R. Điều này có vẻ là hoàn hảo cho rất nhiều ngày báo cáo rằng tôi phải làm với công việc của mình. Tuy nhiên, có một điều mà tôi không thấy là một cách dễ dàng để in các khung và bảng dữ liệu bằng cách sử dụng định dạng Markdown (tương tự như vậy xtable, nhưng với Markdown thay vì LaTeX hoặc HTML). Tôi biết rằng tôi chỉ có thể nhúng đầu ra HTML từ xtable, nhưng tôi tự hỏi liệu có giải pháp nào dựa trên Markdown không?

knitrGói bây giờ (kể từ phiên bản 1.3) bao gồm kablechức năng cho một bảng tạo:

> library(knitr)
> kable(head(iris[,1:3]), format = "markdown")
|  Sepal.Length|  Sepal.Width|  Petal.Length|
|-------------:|------------:|-------------:|
|           5,1|          3,5|           1,4|
|           4,9|          3,0|           1,4|
|           4,7|          3,2|           1,3|
|           4,6|          3,1|           1,5|
|           5,0|          3,6|           1,4|
|           5,4|          3,9|           1,7|

CẬP NHẬT : nếu bạn bị đánh dấu thô trong tài liệu, hãy thử thiết lập results = "asis"tùy chọn phân đoạn.

Hai gói sẽ làm điều này là pander

library(devtools)
install_github('pander', 'Rapporter')

Hoặc ascii

pander là một cách tiếp cận hơi khác để xây dựng báo cáo, (nhưng có thể hữu ích cho tính năng này).

asciisẽ cho phép bạn printvới type = 'pandoc(hoặc nhiều hương vị đánh dấu khác)

library(ascii)
print(ascii(head(iris[,1:3])), type = 'pandoc')



    **Sepal.Length**   **Sepal.Width**   **Petal.Length**  
--- ------------------ ----------------- ------------------
1   5.10               3.50              1.40              
2   4.90               3.00              1.40              
3   4.70               3.20              1.30              
4   4.60               3.10              1.50              
5   5.00               3.60              1.40              
6   5.40               3.90              1.70              
--- ------------------ ----------------- ------------------

Lưu ý rằng trong cả hai trường hợp này, nó được hướng tới việc sử dụng pandocđể chuyển đổi từ đánh dấu sang loại tài liệu mong muốn của bạn, tuy nhiên việc sử dụng style='rmarkdown'sẽ tạo ra các bảng tương thích với markdowngói này và chuyển đổi sẵn có trong rstudio.

Tôi chỉ muốn cập nhật điều này với những gì tôi đã giải quyết. Tôi đang sử dụng hwritergói ngay bây giờ để in ra các bảng và sử dụng các tính năng row.*và col.*để đặt các lớp CSS vào các phần tử khác nhau. Sau đó, tôi viết CSS tùy chỉnh để hiển thị như tôi muốn. Vì vậy, đây là một ví dụ trong trường hợp bất kỳ ai khác đang xử lý một cái gì đó tương tự.

Trước tiên, hãy tạo một tệp sẽ thực hiện knittingvà thay đổi Markdown thành HTML:

FILE: file_knit.r
#!/usr/bin/env Rscript

library(knitr)
library(markdown)

knit("file.Rmd")
markdownToHTML("file.md","file.html",stylesheet="~/custom.css")

Tiếp theo, tạo tệp Markdown thực tế:

FILE: file.Rmd
Report of Fruit vs. Animal Choices
==================================

This is a report of fruit vs. animal choices.

```{r echo=FALSE,results='asis'}
library(hwriter)
set.seed(9850104)
my.df <- data.frame(Var1=sample(x=c("Apple","Orange","Banana"),size=40,replace=TRUE),
                    Var2=sample(x=c("Dog","Cat","Bunny"),size=40,replace=TRUE))

tbl1 <- table(my.df$Var1,my.df$Var2)

tbl1 <- cbind(tbl1,rowSums(tbl1))
tbl1 <- rbind(tbl1,colSums(tbl1))

colnames(tbl1)[4] <- "TOTAL"
rownames(tbl1)[4] <- "TOTAL"

# Because I used results='asis' for this chunk, I can just use cat() and hwrite() to 
# write out the table in HTML. Using hwrite()'s row.* function, I can assign classes
# to the various table elements.
cat(hwrite(tbl1,
           border=NA,
           table.class="t1",
           row.class=list(c("header col_first","header col","header col","header col", "header col_last"),
                          c("col_first","col","col","col","col_last"),
                          c("col_first","col","col","col","col_last"),
                          c("col_first","col","col","col","col_last"),
                          c("footer col_first","footer col","footer col","footer col","footer col_last"))))
```

Cuối cùng, chỉ cần tạo một tệp CSS tùy chỉnh.

FILE: custom.css
body {
  font-family: sans-serif;
  background-color: white;
  font-size: 12px;
  margin: 20px;
}

h1 {font-size:1.5em;}

table {
  border: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
  border-collapse: collapse;
  margin-bottom: 20px;
  text-align: center;
  padding: 0px;
}

.t1 .header {
  color: white;
  background-color: black;
  border-bottom: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
  font-weight: bold;
}

.t1 .footer {
  border-top: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
}

.t1 .col_first {
  border-right: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
  text-align: left;
  font-weight: bold;
  width: 75px;
}

.t1 .col {
  width: 50px;
}

.t1 .col_last {
  width: 50px;
  border-left: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
}

Việc thực thi ./file_knit.rcung cấp cho tôi tệp.html, trông giống như sau:

Vì vậy, hy vọng điều này có thể hữu ích cho những người muốn định dạng nhiều hơn một chút trong đầu ra Markdown!

Có các chức năng trong pandergói:

> library(pander)
> pandoc.table(head(iris)[, 1:3])

-------------------------------------------
 Sepal.Length   Sepal.Width   Petal.Length 
-------------- ------------- --------------
     5.1            3.5           1.4      

     4.9             3            1.4      

     4.7            3.2           1.3      

     4.6            3.1           1.5      

      5             3.6           1.4      

     5.4            3.9           1.7      
-------------------------------------------

Không khó lắm để tạo chức năng tùy chỉnh của riêng bạn. Đây là một bằng chứng rất đơn giản về khái niệm để tạo một bảng rmarkdown của một data.frame:

   rmarkdownTable <- function(df){
      cat(paste(names(df), collapse = "|"))
      cat("\n")
      cat(paste(rep("-", ncol(df)), collapse = "|"))
      cat("\n")

      for(i in 1:nrow(df)){
        cat(paste(df[i,], collapse = "|"))
        cat("\n")
        }
    invisible(NULL)
    }

Trong tài liệu .Rmd sau đó, bạn sẽ sử dụng hàm với results = 'asis':

```{r, results = 'asis'}
rmarkdownTable <- function(df){
  cat(paste(names(df), collapse = "|"))
  cat("\n")
  cat(paste(rep("-", ncol(df)), collapse = "|"))
  cat("\n")

  for(i in 1:nrow(df)){
    cat(paste(df[i,], collapse = "|"))
    cat("\n")
    }
invisible(NULL)
}

rmarkdownTable(head(iris))
```

Đoạn mã trên sẽ cung cấp cho bạn hình sau (trong ví dụ đây là đầu ra pdf, nhưng vì bảng ở dạng markdwon, bạn có thể đan thành html hoặc word).

Từ đây - và đọc mã của người khác - bạn có thể tìm ra cách thao tác văn bản để tạo bảng bạn muốn và tạo thêm các hàm được cá nhân hóa.

sử dụng sự kết hợp của đan xen :: kable và xtable trong tài liệu đánh dấu của bạn.

library("knitr","xtable")

cho một data.frame đơn giản -

kable(head(mtcars[,1:4]),format="markdown")
kable(head(mtcars[,1:4]),format="pandoc",caption="Title of the table")

format="pandoc" cho phép nhiều tùy chọn hơn như chú thích.

Bây giờ là sự kết hợp để tóm tắt mô hình .

data(tli)
fm1 <- aov(tlimth ~ sex + ethnicty + grade + disadvg, data=tli)
kable(xtable(fm1), caption = "Annova table")

để có nhiều tùy chọn hơn, hãy xem stargazergói thay vì xtable.

ví dụ cho sử dụng cá nhân

Để viết / tạo bảng Markdown trong R, bạn cũng có thể sử dụng MarkdownReports ' MarkDown_Table_writer_DF_RowColNames() hoặc các MarkDown_Table_writer_NamedVector()hàm. Bạn chỉ cần chuyển một khung dữ liệu / ma trận với các tên thứ nguyên hoặc một vectơ có tên, và nó phân tích cú pháp & ghi ra bảng ở định dạng Markdown.

Chức năng của tôi cho Gitlab:

to_markdown<-function(df) {
    wrap<-function(x,sep=" ") paste0("|", sep, paste(x, collapse=paste0(sep,"|",sep)), sep, "|", sep=sep)
    paste0(wrap(colnames(df)),
    "\n",
    wrap(rep("------", ncol(df)),sep=""),
    "\n",
    paste(apply(df, 1, wrap), collapse="\n"))
}

cat(to_markdown(head(iris[,1:3])))

| Sepal.Length | Sepal.Width | Petal.Length | 
|------|------|------|
| 5.1 | 3.5 | 1.4 | 
| 4.9 | 3 | 1.4 | 
| 4.7 | 3.2 | 1.3 | 
| 4.6 | 3.1 | 1.5 | 
| 5 | 3.6 | 1.4 | 
| 5.4 | 3.9 | 1.7 |