Xác định đường dẫn của tập lệnh thực thi

Tôi có một tập lệnh được gọi foo.Rbao gồm một tập lệnh khác other.R, nằm trong cùng thư mục:

#!/usr/bin/env Rscript
message("Hello")
source("other.R")

Nhưng tôi muốn Rthấy rằng other.Rkhông có vấn đề gì với thư mục làm việc hiện tại.

Nói cách khác, foo.Rcần phải biết con đường riêng của nó. Làm thế nào tôi có thể làm điều đó?

Ở đây có một giải pháp đơn giản cho vấn đề. Lệnh này:

script.dir <- dirname(sys.frame(1)$ofile)

trả về đường dẫn của tệp script hiện tại. Nó hoạt động sau khi tập lệnh được lưu.

Bạn có thể sử dụng commandArgschức năng để có được tất cả các tùy chọn đã được chuyển qua Rupcript cho trình thông dịch R thực tế và tìm kiếm chúng --file=. Nếu tập lệnh của bạn được khởi chạy từ đường dẫn hoặc nếu nó được khởi chạy với một đường dẫn đầy đủ, script.namebên dưới sẽ bắt đầu bằng một '/'. Mặt khác, nó phải liên quan đếncwd và bạn có thể nối hai đường dẫn để có được đường dẫn đầy đủ.

Chỉnh sửa: có vẻ như bạn chỉ cần phần script.nametrên và loại bỏ thành phần cuối cùng của đường dẫn. Tôi đã xóa cwd()mẫu không cần thiết và dọn sạch tập lệnh chính và đăng của tôi other.R. Chỉ cần lưu tập lệnh này và other.Rtập lệnh vào cùng thư mục chmod +x, và chạy tập lệnh chính.

chính.R :

#!/usr/bin/env Rscript
initial.options <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
file.arg.name <- "--file="
script.name <- sub(file.arg.name, "", initial.options[grep(file.arg.name, initial.options)])
script.basename <- dirname(script.name)
other.name <- file.path(script.basename, "other.R")
print(paste("Sourcing",other.name,"from",script.name))
source(other.name)

khác.R :

print("hello")

đầu ra :

burner@firefighter:~$ main.R
[1] "Sourcing /home/burner/bin/other.R from /home/burner/bin/main.R"
[1] "hello"
burner@firefighter:~$ bin/main.R
[1] "Sourcing bin/other.R from bin/main.R"
[1] "hello"
burner@firefighter:~$ cd bin
burner@firefighter:~/bin$ main.R
[1] "Sourcing ./other.R from ./main.R"
[1] "hello"

Đây là những gì tôi tin rằng dehmann đang tìm kiếm.

Tôi không thể làm cho giải pháp của Suppressingfire hoạt động khi 'nguồn' từ bảng điều khiển R.
Tôi không thể có được giải pháp của hadley để làm việc khi sử dụng Rupcript.

Tốt nhất của cả hai thế giới?

thisFile <- function() {
        cmdArgs <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
        needle <- "--file="
        match <- grep(needle, cmdArgs)
        if (length(match) > 0) {
                # Rscript
                return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match])))
        } else {
                # 'source'd via R console
                return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
        }
}

frame_files <- lapply(sys.frames(), function(x) x$ofile)
frame_files <- Filter(Negate(is.null), frame_files)
PATH <- dirname(frame_files[[length(frame_files)]])

Đừng hỏi tôi làm thế nào nó hoạt động, bởi vì tôi đã quên: /

Điều này làm việc cho tôi

library(rstudioapi)    
rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path

Câu trả lời của rakensi từ Lấy đường dẫn của tập lệnh R là IMHO chính xác và thực sự xuất sắc nhất. Tuy nhiên, nó vẫn là một hack kết hợp chức năng giả. Tôi đang trích dẫn nó ở đây, để người khác tìm thấy nó dễ dàng hơn.

sourceDir <- getSrcDirectory (hàm (giả) {dummy})

Điều này đưa ra thư mục của tệp nơi đặt câu lệnh (trong đó hàm giả được xác định). Sau đó, nó có thể được sử dụng để thiết lập thư mục làm việc và sử dụng các đường dẫn tương đối, vd

setwd(sourceDir)
source("other.R")

hoặc để tạo đường dẫn tuyệt đối

 source(paste(sourceDir, "/other.R", sep=""))

Tất cả của tôi trong một! (--01 / 09/2019 được cập nhật để đối phó với Bảng điều khiển RStudio)

#' current script file (in full path)
#' @description current script file (in full path)
#' @examples
#' works with Rscript, source() or in RStudio Run selection, RStudio Console
#' @export
ez.csf <- function() {
    # http://stackoverflow.com/a/32016824/2292993
    cmdArgs = commandArgs(trailingOnly = FALSE)
    needle = "--file="
    match = grep(needle, cmdArgs)
    if (length(match) > 0) {
        # Rscript via command line
        return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match])))
    } else {
        ls_vars = ls(sys.frames()[[1]])
        if ("fileName" %in% ls_vars) {
            # Source'd via RStudio
            return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$fileName))
        } else {
            if (!is.null(sys.frames()[[1]]$ofile)) {
            # Source'd via R console
            return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
            } else {
                # RStudio Run Selection
                # http://stackoverflow.com/a/35842176/2292993
                pth = rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path
                if (pth!='') {
                    return(normalizePath(pth))
                } else {
                    # RStudio Console
                    tryCatch({
                            pth = rstudioapi::getSourceEditorContext()$path
                            pth = normalizePath(pth)
                        }, error = function(e) {
                            # normalizePath('') issues warning/error
                            pth = ''
                        }
                    )
                    return(pth)
                }
            }
        }
    }
}

Một biến thể rút gọn của câu trả lời của Supressingfire:

source_local <- function(fname){
    argv <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
    base_dir <- dirname(substring(argv[grep("--file=", argv)], 8))
    source(paste(base_dir, fname, sep="/"))
}

Điều này làm việc cho tôi. Chỉ cần đưa nó ra khỏi các đối số dòng lệnh, loại bỏ văn bản không mong muốn, thực hiện một dirname và cuối cùng nhận được đường dẫn đầy đủ từ đó:

args <- commandArgs(trailingOnly = F)  
scriptPath <- normalizePath(dirname(sub("^--file=", "", args[grep("^--file=", args)])))

Tôi đã kết thúc và mở rộng các câu trả lời cho câu hỏi này thành một chức năng mới thisfile()trong rprojroot . Cũng hoạt động để đan với knitr.

Tôi thích giải pháp của steamer25 vì nó có vẻ mạnh mẽ nhất cho mục đích của tôi. Tuy nhiên, khi gỡ lỗi trong RStudio (trong windows), đường dẫn sẽ không được đặt đúng. Lý do là nếu một điểm dừng được đặt trong RStudio, việc tìm nguồn cung cấp tệp sử dụng lệnh "gỡ lỗi nguồn" thay thế để đặt đường dẫn kịch bản hơi khác một chút. Đây là phiên bản cuối cùng mà tôi hiện đang sử dụng tài khoản cho hành vi thay thế này trong RStudio khi gỡ lỗi:

# @return full path to this script
get_script_path <- function() {
    cmdArgs = commandArgs(trailingOnly = FALSE)
    needle = "--file="
    match = grep(needle, cmdArgs)
    if (length(match) > 0) {
        # Rscript
        return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match])))
    } else {
        ls_vars = ls(sys.frames()[[1]])
        if ("fileName" %in% ls_vars) {
            # Source'd via RStudio
            return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$fileName)) 
        } else {
            # Source'd via R console
            return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
        }
    }
}

Tôi đã thử hầu hết mọi thứ từ câu hỏi này, Nhận đường dẫn của tập lệnh R , Nhận đường dẫn của tập lệnh hiện tại , Tìm vị trí của tệp .R hiện tại và lệnh R để đặt thư mục làm việc vào vị trí tệp nguồn trong Rstudio , nhưng cuối cùng, tôi thấy mình thủ công duyệt bảng CRAN và tìm thấy

scriptName thư viện

cung cấp current_filename()chức năng, trả về đường dẫn đầy đủ của tập lệnh khi tìm nguồn trong RStudio và cả khi gọi qua R hoặc RScript thực thi.

Tôi cũng có vấn đề này, và không có giải pháp nào ở trên làm việc cho tôi. Có lẽ vớisource thứ tương tự, nhưng nó không đủ rõ ràng.

Tôi tìm thấy điều này, đối với tôi thanh lịch, giải pháp:

paste0(gsub("\\", "/", fileSnapshot()$path, fixed=TRUE),"/")

Điều quan trọng trong đó là fileSnapshot()cung cấp cho bạn rất nhiều thông tin về một tập tin. Nó trả về một danh sách 8 yếu tố. Khi bạn chọn pathlàm thành phần danh sách, đường dẫn được trả về\\ dấu phân cách, vì vậy phần còn lại của mã chỉ là để thay đổi điều đó.

Tôi hi vọng cái này giúp được.

Bạn có thể gói tập lệnh r trong tập lệnh bash và truy xuất đường dẫn của tập lệnh dưới dạng biến bash như vậy:

#!/bin/bash
     # [environment variables can be set here]
     path_to_script=$(dirname $0)

     R --slave<<EOF
        source("$path_to_script/other.R")

     EOF

Tôi thích cách tiếp cận này:

this.file <- sys.frame(tail(grep('source',sys.calls()),n=1))$ofile
this.dir <- dirname(this.file)

Tôi chỉ làm việc này ra bản thân mình. Để đảm bảo tính di động của tập lệnh của bạn, hãy luôn bắt đầu bằng:

wd <- setwd(".")
setwd(wd)

Nó hoạt động vì "." dịch như lệnh Unix $ PWD. Việc gán chuỗi này cho một đối tượng ký tự cho phép bạn chèn đối tượng ký tự đó vào setwd () và Presto mã của bạn sẽ luôn chạy với thư mục hiện tại của nó là thư mục làm việc, bất kể nó nằm ở đâu hoặc ở đâu trong cấu trúc tệp nằm. (Phần thưởng thêm: Đối tượng wd có thể được sử dụng với file.path () (tức là file.path (wd, "output_directory") để cho phép tạo thư mục đầu ra tiêu chuẩn bất kể đường dẫn tệp dẫn đến thư mục được đặt tên của bạn. Điều này không yêu cầu bạn tạo thư mục mới trước khi tham chiếu theo cách này, nhưng điều đó cũng có thể được hỗ trợ với đối tượng wd.

Cách khác, đoạn mã sau thực hiện chính xác điều tương tự:

wd <- getwd()
setwd(wd)

hoặc, nếu bạn không cần đường dẫn tệp trong một đối tượng, bạn có thể chỉ cần:

setwd(".")

Lưu ý rằng gói getopt cung cấp get_Rscript_filenamechức năng, chỉ sử dụng cùng một giải pháp được trình bày ở đây, nhưng đã được viết cho bạn trong mô-đun R tiêu chuẩn, do đó bạn không phải sao chép và dán chức năng "lấy đường dẫn tập lệnh" vào mọi tập lệnh bạn viết.

Xem findSourceTraceback()các R.utils gói, trong đó

Tìm tất cả các đối tượng 'srcfile' được tạo bởi source () trong tất cả các khung gọi. Điều này cho phép tìm ra các tập tin hiện đang được viết mã theo nguồn ().

Tôi gặp vấn đề với việc triển khai ở trên vì tập lệnh của tôi được vận hành từ thư mục được liên kết hoặc ít nhất đó là lý do tại sao tôi nghĩ các giải pháp trên không hiệu quả với tôi. Dọc theo dòng câu trả lời của @ ennuikiller's, tôi đã gói bản thảo của mình vào bash. Tôi đặt biến đường dẫn bằng cách sử dụng pwd -P, nó giải quyết các cấu trúc thư mục được liên kết. Sau đó vượt qua đường dẫn vào Rupcript.

Bash.sh

#!/bin/bash

# set path variable
path=`pwd -P`

#Run Rscript with path argument
Rscript foo.R $path

foo.R

args <- commandArgs(trailingOnly=TRUE)
setwd(args[1])
source(other.R)

Tôi sẽ sử dụng một biến thể của phương pháp @ steamer25. Vấn đề là tôi thích có được tập lệnh có nguồn gốc cuối cùng ngay cả khi phiên của tôi được bắt đầu thông qua Rupcript. Đoạn mã sau, khi được đưa vào một tệp, sẽ cung cấp một biến thisScriptchứa đường dẫn chuẩn hóa của tập lệnh. Tôi thú nhận việc sử dụng nguồn (ab), do đó, đôi khi tôi gọi ra Rupcript và tập lệnh được cung cấp trong --fileđối số sẽ tạo một tập lệnh khác lấy một tập lệnh khác ... Một ngày nào đó tôi sẽ đầu tư vào việc biến mã lộn xộn của mình thành một gói.

thisScript <- (function() {
  lastScriptSourced <- tail(unlist(lapply(sys.frames(), function(env) env$ofile)), 1)

  if (is.null(lastScriptSourced)) {
    # No script sourced, checking invocation through Rscript
    cmdArgs <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
    needle <- "--file="
    match <- grep(needle, cmdArgs)
    if (length(match) > 0) {
      return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match]), winslash=.Platform$file.sep, mustWork=TRUE))
    }
  } else {
    # 'source'd via R console
    return(normalizePath(lastScriptSourced, winslash=.Platform$file.sep, mustWork=TRUE))
  }
})()

99% các trường hợp bạn có thể chỉ cần sử dụng:

sys.calls()[[1]] [[2]]

Nó sẽ không hoạt động đối với các cuộc gọi điên rồ khi kịch bản không phải là đối số đầu tiên, nghĩa là , source(some args, file="myscript"). Sử dụng @ hadley's trong những trường hợp ưa thích này.

Cách tiếp cận của Steamer25 hoạt động, nhưng chỉ khi không có khoảng trắng trong đường dẫn. Trên macOS ít nhất là cmdArgs[match]trả về một cái gì đó như /base/some~+~dir~+~with~+~whitespace/cho /base/some\ dir\ with\ whitespace/.

Tôi đã giải quyết vấn đề này bằng cách thay thế "~ + ~" bằng một khoảng trắng đơn giản trước khi trả lại.

thisFile <- function() {
  cmdArgs <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
  needle <- "--file="
  match <- grep(needle, cmdArgs)
  if (length(match) > 0) {
    # Rscript
    path <- cmdArgs[match]
    path <- gsub("\\~\\+\\~", " ", path)
    return(normalizePath(sub(needle, "", path)))
  } else {
    # 'source'd via R console
    return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
  }
}

Rõ ràng bạn vẫn có thể mở rộng khối khác như aprstar đã làm.

Nếu thay vì tập lệnh, foo.Rbiết vị trí đường dẫn của nó, nếu bạn có thể thay đổi mã của mình để luôn tham chiếu tất cả các sourceđường dẫn từ chung rootthì đây có thể là một trợ giúp tuyệt vời:

• https://github.com/r-lib/rprojroot hoặc https://rprojroot.r-lib.org/
• https://here.r-lib.org/

Được

• /app/deeply/nested/foo.R
• /app/other.R

Điều này sẽ làm việc

#!/usr/bin/env Rscript
library(here)
source(here("other.R"))

Xem https://rprojroot.r-lib.org/ để biết cách xác định gốc dự án.

#!/usr/bin/env Rscript
print("Hello")

# sad workaround but works :(
programDir <- dirname(sys.frame(1)$ofile)
source(paste(programDir,"other.R",sep='/'))
source(paste(programDir,"other-than-other.R",sep='/'))

Thật ngạc nhiên khi không có cấu trúc kiểu '$ 0' trong R! Bạn có thể thực hiện với lệnh gọi system () tới tập lệnh bash được viết bằng R:

write.table(c("readlink -e $0"), file="scriptpath.sh",col=F, row=F, quote=F)
thisscript <- system("sh scriptpath.sh", intern = TRUE)

Sau đó, chỉ cần tách tên scriptpath.sh cho khác.R

splitstr <- rev(strsplit(thisscript, "\\/")[[1]])
otherscript <- paste0(paste(rev(splitstr[2:length(splitstr)]),collapse="/"),"/other.R")

Bằng cách nhìn vào ngăn xếp cuộc gọi, chúng ta có thể nhận được filepath của mỗi tập lệnh đang được thực thi, hai tập lệnh hữu ích nhất có thể là tập lệnh hiện đang thực thi hoặc tập lệnh đầu tiên có nguồn gốc (mục nhập).

script.dir.executing = (function() return( if(length(sys.parents())==1) getwd() else dirname( Filter(is.character,lapply(rev(sys.frames()),function(x) x$ofile))[[1]] ) ))()

script.dir.entry = (function() return( if(length(sys.parents())==1) getwd() else dirname(sys.frame(1)$ofile) ))()