Chạy tập lệnh R từ dòng lệnh

Tôi có một tập tin, được gọi a.r, nó có chmod755,

sayHello <- function(){
   print('hello')
}

sayHello()

Làm thế nào tôi có thể chạy nó thông qua dòng lệnh?

Nếu bạn muốn đầu ra in ra thiết bị đầu cuối, tốt nhất là sử dụng Rupcript

Rscript a.R

Lưu ý rằng khi sử dụng R CMD BATCH a.Rthay vì chuyển hướng đầu ra sang tiêu chuẩn và hiển thị trên thiết bị đầu cuối, một tệp mới có tên a.Rout sẽ được tạo.

R CMD BATCH a.R
# Check the output
cat a.Rout

Một điều khác cần lưu ý về việc sử dụng Rupcript là nó không tải methodsgói theo mặc định có thể gây nhầm lẫn. Vì vậy, nếu bạn đang dựa vào bất cứ điều gì mà phương thức cung cấp, bạn sẽ muốn tải nó một cách rõ ràng trong tập lệnh của mình.

Nếu bạn thực sự muốn sử dụng ./a.Rcách gọi tập lệnh, bạn có thể thêm phần thích hợp #!vào đầu tập lệnh

#!/usr/bin/env Rscript
sayHello <- function(){
   print('hello')
}

sayHello()

Tôi cũng sẽ lưu ý rằng nếu bạn đang chạy trên hệ thống * unix, có gói littler hữu ích cung cấp đường ống dòng lệnh dễ dàng đến R. Có thể cần phải sử dụng littler để chạy các ứng dụng sáng bóng thông qua tập lệnh? Thông tin chi tiết có thể được tìm thấy trong câu hỏi này .

Điều này không trả lời câu hỏi trực tiếp. Nhưng ai đó có thể kết thúc ở đây vì họ muốn chạy một oneliner của R từ thiết bị đầu cuối. Ví dụ, nếu bạn chỉ muốn cài đặt một số gói bị thiếu và thoát, oneliner này có thể rất thuận tiện. Tôi sử dụng nó rất nhiều khi tôi đột nhiên phát hiện ra rằng tôi bỏ lỡ một số gói và tôi muốn cài đặt chúng vào nơi tôi muốn.

• Để cài đặt đến vị trí mặc định:

  R -e 'install.packages(c("package1", "package2"))'

• Để cài đặt đến một vị trí yêu cầu rootđặc quyền:

  R -e 'install.packages(c("package1", "package2"), lib="/usr/local/lib/R/site-library")' 

Một cách nữa để chạy tập lệnh R từ dòng lệnh sẽ là:

R < scriptName.R --no-save  

hoặc với --save.

Xem thêm Cách tốt nhất để sử dụng tập lệnh R trên dòng lệnh (thiết bị đầu cuối) là gì? .

Bạn cần ?Rscriptlệnh để chạy tập lệnh R từ thiết bị đầu cuối.

Hãy xem http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/l Library / utils / html / Revcript.html

Thí dụ

## example #! script for a Unix-alike

#! /path/to/Rscript --vanilla --default-packages=utils
args <- commandArgs(TRUE)
res <- try(install.packages(args))
if(inherits(res, "try-error")) q(status=1) else q()

Cách chạy Rmd trong lệnh với đan và đánh dấu lại bằng nhiều lệnh và sau đó Tải tệp HTML lên RPub

Dưới đây là một ví dụ: tải hai thư viện và chạy lệnh R

R -e 'library("rmarkdown");library("knitr");rmarkdown::render("NormalDevconJuly.Rmd")'

R -e 'library("markdown");rpubsUpload("normalDev","NormalDevconJuly.html")'

Tuy nhiên, một cách khác để sử dụng Rupcript cho các hệ thống * Unix là Thay thế quy trình .

Rscript <(zcat a.r)
# [1] "hello"

Điều này rõ ràng giống như câu trả lời được chấp nhận, nhưng điều này cho phép bạn thao tác và chạy tệp của mình mà không lưu nó vào sức mạnh của dòng lệnh, ví dụ:

Rscript <(sed s/hello/bye/ a.r)
# [1] "bye"

Tương tự như Rscript -e "Rcode"nó cũng cho phép chạy mà không lưu vào một tập tin. Vì vậy, nó có thể được sử dụng cùng với các tập lệnh tạo mã R, ví dụ:

Rscript <(echo "head(iris,2)")
# Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
# 1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
# 2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa

Chỉ để làm tài liệu, đôi khi bạn cần chạy tập lệnh như sudo:

sudo Rscript path/to/your/file.R