Tôi nên xử lý thế nào với gói 'xxx' không có sẵn (đối với phiên bản R xyz) Cảnh báo?

Tôi đã cố gắng để cài đặt một gói, sử dụng

install.packages("foobarbaz")

nhưng nhận được cảnh báo

Warning message:
package 'foobarbaz' is not available (for R version x.y.z)

Tại sao R không nghĩ rằng gói có sẵn?

Xem thêm những câu hỏi đề cập đến các trường hợp cụ thể của vấn đề này:

Gói của tôi không hoạt động đối với
gói R 2.15.2 'Gói Rbbg' không khả dụng (đối với
gói R phiên bản 2.15.2) không có sẵn (đối với
gói phiên bản R 2.15.2) doMC KHÔNG có sẵn cho cảnh báo phiên bản R 3.0.0 trong install.packages
Phụ thuộc 'Rglpk' không khả dụng cho gói 'fPort portfolio'
Phải làm gì khi gói không có sẵn cho phiên bản R của chúng tôi?
Có phải gói bigvis cho R không có sẵn cho R phiên bản 3.0.1?
gói 'syncwave' / 'mvcwt' không khả dụng (đối với phiên bản R 3.0.2)
gói 'diamonds' không khả dụng (đối với phiên bản R 3.0.0)
Gói plyr cho R không có sẵn cho phiên bản R 3.0.2?
Gói bigmemory không cài đặt trên R 64 3.0.2
Gói "makeR" không khả dụng (đối với phiên bản 3.0.2)
gói 'RTN' không khả dụng (đối với phiên bản R 3.0.1)
Sự cố khi cài đặt gói
gói GeoR 'twitterR' không khả dụng (đối với phiên bản R 3.1.0)
Cách cài đặt 'Rcpp, gói? Tôi nhận được "gói không khả dụng"
gói 'bộ dữ liệu' không khả dụng (đối với phiên bản R 3.1.1)
"gói 'rhipe' không khả dụng (đối với phiên bản R 3.1.2)"

1. Bạn không thể đánh vần

Điều đầu tiên để kiểm tra là bạn đã đánh vần đúng tên của gói chưa? Tên gói là trường hợp nhạy cảm trong R.

2. Bạn đã không tìm trong kho lưu trữ đúng

Tiếp theo, bạn nên kiểm tra xem nếu các gói có sẵn. Kiểu

setRepositories()

Xem thêm ? SetRepositories .

Để xem kho lưu trữ nào R sẽ tìm trong gói của bạn và tùy chọn chọn một số kho bổ sung. Ít nhất, bạn thường sẽ muốn CRANđược chọn, và CRAN (extras)nếu bạn sử dụng Windows và các Bioc*kho lưu trữ nếu bạn làm bất kỳ[gen / prote / chuyển hóa / phiên mã] omics phân tích sinh học.

Để thay đổi vĩnh viễn điều này, hãy thêm một dòng như setRepositories(ind = c(1:6, 8))vào Rprofile.sitetệp của bạn .

3. Gói không nằm trong kho bạn đã chọn

Trả lại tất cả các gói có sẵn bằng cách sử dụng

ap <- available.packages()

Xem thêm Tên của các gói có sẵn của R , ? Available.packages .

Vì đây là một ma trận lớn, bạn có thể muốn sử dụng trình xem dữ liệu để kiểm tra nó. Ngoài ra, bạn có thể nhanh chóng kiểm tra xem gói có khả dụng hay không bằng cách kiểm tra tên hàng.

View(ap)
"foobarbaz" %in% rownames(ap)

Ngoài ra, có thể xem danh sách các gói có sẵn trong trình duyệt cho CRAN , CRAN (tính năng bổ sung) , Bioconductor , R-forge , RForge và github .

Một thông báo cảnh báo có thể khác mà bạn có thể nhận được khi tương tác với gương CRAN là:

Warning: unable to access index for repository

Điều này có thể cho thấy kho CRAN được chọn hiện không khả dụng. Bạn có thể chọn một máy nhân bản khác chooseCRANmirror()và thử cài đặt lại.

Có một số lý do tại sao một gói có thể không có sẵn.

4. Bạn không muốn một gói

Có lẽ bạn không thực sự muốn một gói. Người ta thường nhầm lẫn về sự khác biệt giữa gói và thư viện , hoặc gói và bộ dữ liệu.

Gói là một bộ sưu tập tiêu chuẩn của tài liệu mở rộng R, ví dụ như cung cấp mã, dữ liệu hoặc tài liệu. Thư viện là một nơi (thư mục) nơi R biết để tìm các gói mà nó có thể sử dụng

Để xem bộ dữ liệu có sẵn, gõ

data()

5. R hoặc Bioconductor đã hết hạn

Nó có thể có sự phụ thuộc vào phiên bản R mới hơn (hoặc một trong các gói mà nó nhập / phụ thuộc vào). Nhìn vào

ap["foobarbaz", "Depends"]

và xem xét cập nhật cài đặt R của bạn lên phiên bản hiện tại. Trên Windows, điều này được thực hiện dễ dàng nhất thông qua installrgói.

library(installr)
updateR()

(Tất nhiên, bạn có thể cần phải install.packages("installr")đầu tiên.)

Tương đương với các gói Bioconductor, bạn có thể cần cập nhật cài đặt Bioconductor của mình.

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("BiocUpgrade")

6. Gói đã hết hạn

Nó có thể đã được lưu trữ (nếu nó không còn được duy trì và không còn vượt qua R CMD checkcác bài kiểm tra).

Trong trường hợp này, bạn có thể tải phiên bản cũ của gói bằng cách sử dụng install_version()

library(remotes)
install_version("foobarbaz", "0.1.2")

Một cách khác là cài đặt từ gương CRAN github.

library(remotes)
install_github("cran/foobarbaz")

7. Không có nhị phân Windows / OS X / Linux

Nó có thể không có tệp nhị phân Windows do yêu cầu phần mềm bổ sung mà CRAN không có. Ngoài ra, một số gói chỉ có sẵn thông qua các nguồn cho một số hoặc tất cả các nền tảng. Trong trường hợp này, có thể có một phiên bản trong CRAN (extras)kho lưu trữ (xem setRepositoriesbên trên).

Nếu gói yêu cầu biên dịch mã (ví dụ: C, C ++, FORTRAN) thì trên Windows cài đặt Rtools hoặc trên OS X cài đặt các công cụ dành cho nhà phát triển đi kèm XCode và cài đặt phiên bản nguồn của gói thông qua:

install.packages("foobarbaz", type = "source")

# Or equivalently, for Bioconductor packages:
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("foobarbaz", type = "source")

Trên CRAN, bạn có thể biết liệu bạn có cần các công cụ đặc biệt để xây dựng gói từ nguồn hay không bằng cách nhìn vào NeedsCompilationcờ trong mô tả.

8. Gói này nằm trên github / Bitbucket / Gitorious

Nó có thể có một kho lưu trữ trên Github / Bitbucket / Gitorious. Các gói này yêu cầu remotesgói để cài đặt.

library(remotes)
install_github("packageauthor/foobarbaz")
install_bitbucket("packageauthor/foobarbaz")
install_gitorious("packageauthor/foobarbaz")

(Như với installr, bạn có thể cần phải install.packages("remotes")đầu tiên.)

9. Không có phiên bản nguồn của gói

Mặc dù phiên bản nhị phân của gói của bạn có sẵn, nhưng phiên bản nguồn thì không. Bạn có thể tắt kiểm tra này bằng cách cài đặt

options(install.packages.check.source = "no")

như được mô tả trong câu trả lời SO này của imanuelc và phần Chi tiết của ?install.packages.

10. Gói nằm trong kho không chuẩn

Gói của bạn nằm trong một kho lưu trữ không chuẩn (ví dụ Rbbg). Giả sử rằng nó tuân thủ hợp lý các tiêu chuẩn CRAN, bạn vẫn có thể tải xuống bằng cách sử dụng install.packages; bạn chỉ cần xác định URL kho lưu trữ.

install.packages("Rbbg", repos = "http://r.findata.org")

RHIPEmặt khác không có trong kho lưu trữ giống CRAN và có hướng dẫn cài đặt riêng .

Trong R mới nhất (3.2.3) có một lỗi, đôi khi không thể tìm thấy gói chính xác. Cách giải quyết là đặt kho lưu trữ theo cách thủ công:

install.packages("lubridate", dependencies=TRUE, repos='http://cran.rstudio.com/')

Tìm giải pháp trong câu hỏi khác

Dường như có một vấn đề với một số phiên bản Rvà libcurl. Tôi đã có cùng một vấn đề trên Mac (R version 3.2.2)và Ubuntu (R version 3.0.2)trong cả hai trường hợp, nó đã được giải quyết đơn giản bằng cách chạy nó trước install.packageslệnh

options(download.file.method = "wget")

Giải pháp được đề xuất bởi một người bạn, tuy nhiên, tôi chưa thể tìm thấy nó trong bất kỳ diễn đàn nào, do đó gửi câu trả lời này cho người khác.

Giải pháp này có thể phá vỡ R nhưng đây là một giải pháp đơn giản nhất hoạt động 99% thời gian.

Bạn cần làm chỉ là:

install.packages('package-name',repos='http://cran.us.r-project.org')

Như đã đề cập của tác giả ở đây

11. R (hoặc một phụ thuộc khác) đã hết hạn và bạn không muốn cập nhật nó.

Cảnh báo đây không phải là thực hành tốt nhất.

• Tải về nguồn gói.
• Điều hướng đến DESCRIPTIONtập tin.

• Xóa dòng vi phạm bằng trình soạn thảo văn bản của bạn, vd

  Depends: R (>= 3.1.1)

• Cài đặt từ local (tức là từ thư mục mẹ của DESCRIPTION) vd

  install.packages("foo", type="source", repos=NULL)

Một điều xảy ra với tôi là phiên bản R được cung cấp bởi bản phân phối linux của tôi (phiên bản R 3.0.2 do Ubuntu 14.04 cung cấp) quá cũ so với phiên bản mới nhất của gói có sẵn trên CRAN (trong trường hợp của tôi, plyrphiên bản 1.8.3 như của ngày hôm nay). Giải pháp là sử dụng hệ thống đóng gói phân phối của tôi thay vì cố gắng cài đặt từ R ( apt-get install r-cran-plyrphiên bản 1.8.1 của tôi plyr). Có lẽ tôi có thể đã cố cập nhật R bằng cách sử dụng updateR(), nhưng tôi sợ rằng làm như vậy sẽ gây trở ngại cho người quản lý gói phân phối của tôi.

Điều này giúp tôi tiết kiệm rất nhiều thời gian để gỡ lỗi những gì sai. Trong nhiều trường hợp chỉ là gương lỗi thời. Hàm này có thể cài đặt nhiều gói với các phụ thuộc của chúng bằng cách sử dụng https://cran.rstudio.com/:

packages <- function(pkg){
    new.pkg <- pkg[!(pkg %in% installed.packages()[, "Package"])]
    if (length(new.pkg))
        install.packages(new.pkg, dependencies = TRUE, repos='https://cran.rstudio.com/')
    sapply(pkg, require, character.only = TRUE)
}

packages(c("foo", "bar", "baz"))

Đây là điều cuối cùng tôi có thể làm để cài đặt gói tâm lý trong R-3.4.1 khi tôi nhận được cảnh báo tương tự

1: Googled cho gói đó.

2: tải xuống bằng tay có phần mở rộng tar.gz

3: Chọn tùy chọn "Tệp lưu trữ gói (.zip; .tar.gz)" để cài đặt các gói trong R

4: duyệt cục bộ đến nơi được tải xuống và nhấp vào cài đặt

Bạn có thể nhận được cảnh báo: phụ thuộc 'xyz' không có sẵn cho gói, sau đó trước tiên cài đặt chúng từ kho lưu trữ và sau đó thực hiện các bước 3-4.

Tôi sửa lại lỗi này trên Ubuntu bằng cách cẩn thận sau khi hướng dẫn cài đặt R . Cái này bao gồm:

1. thêm deb http://cran.utstat.utoronto.ca/bin/linux/ubuntu trusty/ vào tập tin /etc/apt/source.list của tôi
2. Đang chạy sudo apt-get update
3. Đang chạy sudo apt-get install r-base-dev

Đối với bước 1, bạn có thể chọn bất kỳ máy nhân bản tải xuống CRAN nào thay cho trường Đại học Toronto của tôi nếu bạn muốn.

Tôi đã phạm sai lầm khi quên đặt repos=NULLkhi cài đặt gói R từ mã nguồn. Trong trường hợp này, thông báo lỗi hơi sai lệch:package 'foobarbaz' is not available (for R version x.y.z)

Vấn đề không phải là phiên bản của R, đó là repostham số. Tôi đã install.packages('path/to/source/code/of/foobarbaz', type='source', repos=NULL)làm việc đó cho tôi trong dịp này.

Hy vọng điều này sẽ giúp được ai đó.

Tôi gặp vấn đề tương tự (trên Linux) có thể được giải quyết khi thay đổi cài đặt proxy. Nếu bạn đứng sau máy chủ proxy, hãy kiểm tra cấu hình bằng Sys.getenv("http_proxy")R. Trong tôi, ~/.Renvirontôi đã có các dòng sau (từ https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200488488-Configuring-R-to-Use -an-HTTP-hoặc-HTTPS-Proxy ) gây ra sự cố:

http_proxy=https://proxy.dom.com:port
http_proxy_user=user:passwd

Thay đổi nó thành

http_proxy="http://user:passwd@proxy.dom.com:port"

Đã giải quyết vấn đề. Bạn có thể làm tương tự chohttps .

Đó không phải là suy nghĩ đầu tiên khi tôi đọc "gói xxx không có sẵn cho phiên bản r-xyz" ...

HTH

Một lý do khác + giải pháp

Tôi gặp phải lỗi này ("gói XXX không có sẵn cho phiên bản R XXX") khi cố gắng cài đặt pkgdown trong RStudio của tôi trên HPC của công ty tôi.

Hóa ra, ảnh chụp nhanh CRAN họ có trên HPC là từ tháng 1 năm 2018 (gần 2 tuổi) và thực sự pkgdown đã không tồn tại sau đó. Điều đó có nghĩa là để kiểm soát nguồn gói cho người dùng cư sĩ, nhưng với tư cách là nhà phát triển, trong hầu hết các trường hợp, bạn có thể thay đổi điều đó bằng cách:

## checking the specific repos you currently have
getOption("repos")

## updating your CRAN snapshot to a newer date
r <- getOption("repos")
r["newCRAN"] <- "https://cran.microsoft.com/snapshot/*2019-11-07*/"
options(repos = r)

## add newCRAN to repos you can use
setRepositories()

Nếu bạn biết những gì bạn đang làm và có thể cần nhiều hơn một gói có thể không có trong CRAN hệ thống của bạn, bạn có thể thiết lập gói này trong dự án của bạn .Rprofile .

Nếu nó chỉ là một gói, có thể chỉ cần sử dụng install.packages("package name", repos = "a newer CRAN than your company's archaic CRAN snapshot").

1. Truy cập https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ .
2. Tìm gói bạn muốn cài đặt với Ctrl+F
3. Nhấp vào tên gói
4. Xác định phiên bản bạn muốn cài đặt
5. Mở RStudio
6. Nhập " install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/[NAME OF PACKAGE]/[VERSION NUMBER].tar.gz", repos = NULL, type="source")"

Trong một số trường hợp, bạn cần cài đặt trước một số gói để sử dụng gói bạn muốn sử dụng.

Ví dụ, tôi cần phải cài đặt 7 gói ( Sejong, hash, rJava, tau, RSQLite, devtools, stringr) để cài đặt KoNLPgói.

install.packages('Sejong')
install.packages('hash')
install.packages('rJava')
install.packages('tau')
install.packages('RSQLite')
install.packages('devtools')
install.packages('stringr')

library(Sejong)
library(hash)
library(rJava)
library(tau)
library(RSQLite)
library(devtools)
library(stringr)

install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/KoNLP/KoNLP_0.80.2.tar.gz", repos = NULL, type="source")
library(KoNLP)

Nó hầu như luôn hoạt động với tôi khi tôi sử dụng chất dẫn sinh học làm nguồn và sau đó gọi biocLite. Thí dụ:

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("preprocessCore")

Một bổ sung nhỏ khác, trong khi thử kiểm tra phiên bản R cũ bằng hình ảnh docker rocker/r-ver:3.1.0

1. reposCài đặt mặc định là MRANvà điều này không nhận được nhiều gói.
2. Phiên bản R đó không có https, vì vậy, ví dụ: install.packages("knitr", repos = "https://cran.rstudio.com")dường như hoạt động.

Tôi thấy một biến thể nhỏ trên gói số 6 đã hết hạn từ giải pháp tuyệt vời của @Richie Cotton.

Đôi khi, bộ duy trì gói có thể hiển thị các khoảng trống phiên bản R mà nó không hỗ trợ. Trong trường hợp đó, bạn có ít nhất hai tùy chọn: 1) nâng cấp phiên bản R của bạn lên phiên bản tiếp theo mà gói mục tiêu đã hỗ trợ, 2) cài đặt phiên bản mới nhất từ ​​các phiên bản cũ hơn có thể hoạt động với phiên bản R của bạn.

Một ví dụ cụ thể: phiên bản CRAN mới nhất của gói rattlekhai thác dữ liệu, 5.3.0, không hỗ trợ phiên bản R 3.4 vì nó có một bản cập nhật lớn giữa các phiên bản gói 5.2.0 (R> = 2.13.0) và 5.3.0 (R > = 3,5).

Trong trường hợp như thế này, giải pháp thay thế để nâng cấp cài đặt R là giải pháp đã được đề cập. Cài đặt gói devtoolsnếu bạn không có gói đó (bao gồm gói remotes) và sau đó cài đặt phiên bản cụ thể sẽ hoạt động trong R. hiện tại của bạn. Bạn có thể tra cứu thông tin đó trên trang CRAN để lưu trữ gói cụ thể.

library("devtools")
install_version("rattle", version = "5.2.0", repos = "http://cran.us.r-project.org")

Trong trường hợp của tôi, giải pháp đơn giản là nâng cấp R.

Như đã đề cập ở đây (bằng tiếng Pháp), điều này có thể xảy ra khi bạn cài đặt hai phiên bản R trên máy tính của mình. Gỡ cài đặt cái cũ nhất, sau đó thử cài đặt lại gói của bạn! Nó làm việc tốt cho tôi.