Làm cách nào để kết hợp hai tệp RMarkdown (.Rmd) thành một đầu ra duy nhất?

Tôi có hai tệp trong cùng một thư mục: chapter1.Rmd và chapter2.Rmd, với nội dung như sau:

chap1.Rmd

---
title: "Chapter 1"
output: pdf_document
---

## This is chapter 1. {#Chapter1}

Next up: [chapter 2](#Chapter2)

chap2.Rmd

---
title: "Chapter 2"
output: pdf_document
---

## This is chapter 2. {#Chapter2}

Previously: [chapter 1](#Chapter1)

Làm cách nào tôi có thể đan chúng để chúng kết hợp thành một đầu ra pdf duy nhất?

Tất nhiên, render(input = "chapter1.Rmd", output_format = "pdf_document")hoạt động hoàn hảo nhưng render(input = "chapter1.Rmd", input = "chapter2.Rmd", output_format = "pdf_document")không.

Tại sao tôi muốn làm điều này? Để chia nhỏ một tài liệu khổng lồ thành các tệp logic.

Tôi đã sử dụng gói bookdown của @hadley để xây dựng latex từ .Rmd nhưng điều này có vẻ như quá mức cần thiết cho tác vụ cụ thể này. Có giải pháp đơn giản nào bằng cách sử dụng dòng lệnh precisiontr / pandoc / linux mà tôi đang thiếu không? Cảm ơn.

Cập nhật tháng 8 năm 2018: Câu trả lời này được viết trước khi xuất hiện bookdown , đây là một cách tiếp cận mạnh mẽ hơn để viết sách dựa trên Rmarkdown. Hãy xem ví dụ về bookdown tối thiểu trong câu trả lời của @ Mikey-Harper !

Khi tôi muốn chia một báo cáo lớn thành các Rmd riêng biệt, tôi thường tạo một Rmd mẹ và bao gồm các chương dưới dạng con. Cách tiếp cận này rất dễ hiểu đối với người dùng mới và nếu bạn bao gồm mục lục (toc), bạn sẽ dễ dàng điều hướng giữa các chương.

report.Rmd

---  
title: My Report  
output: 
  pdf_document:
    toc: yes 
---

```{r child = 'chapter1.Rmd'}
```

```{r child = 'chapter2.Rmd'}
```

chap1.Rmd

# Chapter 1

This is chapter 1.

```{r}
1
```

chap2.Rmd

# Chapter 2

This is chapter 2.

```{r}
2
```

Xây dựng

rmarkdown::render('report.Rmd')

Sản xuất:

Và nếu bạn muốn một cách nhanh chóng để tạo các phần cho tài liệu con của bạn:

rmd <- list.files(pattern = '*.Rmd', recursive = T)
chunks <- paste0("```{r child = '", rmd, "'}\n```\n")
cat(chunks, sep = '\n')
# ```{r child = 'chapter1.Rmd'}
# ```
#
# ```{r child = 'chapter2.Rmd'}
# ```

Tôi khuyên mọi người nên sử dụng gói bookdown để tạo báo cáo từ nhiều tệp R Markdown. Nó bổ sung rất nhiều tính năng hữu ích như tham chiếu chéo, rất hữu ích cho các tài liệu dài hơn.

Điều chỉnh ví dụ từ @Eric , đây là một ví dụ tối thiểu về thiết lập bookdown . Chi tiết chính là tệp chính phải được gọi index.Rmdvà phải bao gồm dòng YAML bổ sung site: bookdown::bookdown_site:

index.Rmd

---
title: "A Minimal bookdown document"
site: bookdown::bookdown_site
output:
  bookdown::pdf_document2:
    toc: yes
---

01-giới thiệu. Rmd :

# Chapter 1

This is chapter 1.

```{r}
1
```

02-giới thiệu. Rmd :

# Chapter 2

This is chapter 2.

```{r}
2
```

Nếu chúng ta Knit, index.Rmd bookdown sẽ hợp nhất tất cả các tệp trong cùng một thư mục theo thứ tự bảng chữ cái (hành vi này có thể được thay đổi bằng cách sử dụng một _bookdown.ymltệp bổ sung ).

Khi bạn cảm thấy thoải mái với thiết lập cơ bản này, bạn có thể dễ dàng tùy chỉnh tài liệu sổ xuống và định dạng đầu ra bằng cách sử dụng các tệp cấu hình bổ sung, tức là _bookdown.ymlvà_output.yml

Đọc thêm

• R Markdown: Hướng dẫn cuối cùng : Chương 11 cung cấp một cái nhìn tổng quan tuyệt vời về bookdown
• Viết sách với bookdown cung cấp hướng dẫn toàn diện về bookdown và được khuyến nghị để biết thêm chi tiết nâng cao.

Điều này đã làm việc cho tôi:

Rmd_bind <- 
    function(dir = ".",
    book_header = readLines(textConnection("---\ntitle: 'Title'\n---")))
{
    old <- setwd(dir)
    if(length(grep("book.Rmd", list.files())) > 0){
    warning("book.Rmd already exists")
    }
    write(book_header, file = "book.Rmd", )
    cfiles <- list.files(pattern = "*.Rmd", )
    ttext <- NULL
    for(i in 1:length(cfiles)){
    text <- readLines(cfiles[i])
    hspan <- grep("---", text)
    text <- text[-c(hspan[1]:hspan[2])]
    write(text, sep = "\n", file = "book.Rmd", append = T)
    }
    render("book.Rmd", output_format = "pdf_document")
    setwd(old)
    }

Hãy tưởng tượng có một giải pháp tốt hơn và sẽ thật tuyệt nếu có một cái gì đó như thế này trong các gói rmarkdown hoặc hunter.