Lỗi tải rJava trong RStudio / R sau khi “nâng cấp” lên OSX Yosemite

Gần đây tôi đã "nâng cấp" từ OSX Mountain Lion lên Yosemite và từ R 3.1.3 lên 3.2. Ngay sau khi nâng cấp, khi tôi mở R hoặc RStudio, tôi nhận được thông báo bật lên nói rằng tôi cần cài đặt Java 6. Ngoài ra, việc tải rJavahoặc bất kỳ gói nào phụ thuộc vào rJava (ví dụ xlsx:) khiến RStudio bị lỗi (R cũng bị lỗi khi tôi thử điều này bằng cách mở R.apptrực tiếp).

Sau khi thử một số bản sửa lỗi được tìm thấy trên Stack Overflow và các nơi khác (thêm chi tiết bên dưới), tôi đã đến thời điểm tải rJavahoặc bất kỳ gói nào phụ thuộc vào rJavakhông còn khiến R gặp sự cố, nhưng dẫn đến lỗi sau:

library(rJava)
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so':
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: @rpath/libjvm.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so
  Reason: image not found
Error: package or namespace load failed for ‘rJava’

Tuy nhiên, nếu tôi gọi R từ dòng lệnh và sau đó tải rJavahoặc bất kỳ gói nào phụ thuộc vào rJava, nó dường như hoạt động (hoặc ít nhất tôi không nhận được bất kỳ thông báo lỗi nào).

Tôi đã thử một số bản sửa lỗi đã cố gắng khác nhau, một số trong số chúng một vài lần và hoàn toàn không thể nhớ chính xác những gì tôi đã làm theo thứ tự (không nhận ra đây sẽ là một trò lố và không thực sự theo dõi) , nhưng đây là ý chính của nó:

• Đã thêm phần sau vào của tôi .bash_profile(theo câu trả lời SO này ):

  export JAVA_HOME = "/ usr / libexec / java_home -v 1.8"
  export LD_LIBRARY_PATH = $ JAVA_HOME / jre / lib / server

• Đã cấu hình lại java từ dòng lệnh như sau:

  sudo R CMD javareconf -n

• Đã kiểm tra options("java.home")và phát hiện ra điều này đã được đặt thành NULL. Tôi đã thử đặt nó thành như sau (theo câu hỏi SO này ):

  tùy chọn ("java.home" = "/ Library / Java / JavaVirtualMachines / jdk1.8.0_45.jdk / Contents / Home / jre")

• Đã cài đặt Bộ phát triển Java mới nhất và được cài đặt lại rJavatừ nguồn (không thể nhớ tôi đã tìm thấy bộ công cụ đó ở đâu).

Tại một số thời điểm trong khi thử tất cả những điều này, tôi có thể tải rJavamà không gặp sự cố R, nhưng thay vào đó lại nhận được thông báo lỗi được đăng ở trên. Ngoài ra, khi tôi thoát RStudio, nó sẽ có vẻ đóng bình thường, nhưng sau đó một thông báo "RStudio thoát đột ngột" sẽ bật lên, cho biết rằng chương trình đã bị lỗi trong khi cố gắng đóng.

Cuối cùng tôi đã quyết định cài đặt Java cho OS X 2014-001 (Java 6), vì dường như tôi sắp hết các tùy chọn. Bây giờ, khi tôi mở R hoặc RStudio, thông báo bật lên "Phần mềm này cần Java 6" không còn xuất hiện nữa. Tuy nhiên, tôi vẫn nhận được thông .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava'báo lỗi được đăng ở trên.

Khi xem lại một số bài đăng tôi đã xem, tôi nhận thấy một câu trả lời SO khác mà tôi đã bỏ qua trước đây, câu trả lời này khuyên bạn nên mở RStudio bằng mã dòng lệnh sau để cung cấp cho RStudio đường dẫn chính xác đến java:

LD_LIBRARY_PATH = $ (/ usr / libexec / java_home) / jre / lib / server: open -a RStudio

Điều đó đã mở ra một cửa sổ RStudio và tôi cũng có thể tải rJavavà các gói phụ thuộc vào nó mà không gặp lỗi.

Cuối cùng, tôi đã thử chạy R từ dòng lệnh (điều mà tôi chưa thực hiện trước đây). Nó chỉ ra rằng trên dòng lệnh, tải rJavahoặc bất kỳ gói nào phụ thuộc vào rJavahoạt động và không gây ra bất kỳ lỗi nào.

Vì vậy, bây giờ tôi có thể bắt rJavađầu làm việc nếu tôi mở RStudio từ dòng lệnh với mã cung cấp cho RStudio đường dẫn java (như đã lưu ý ở trên). Tuy nhiên, tôi muốn tìm cách khắc phục sự cố cơ bản, bất kể nó có thể là gì, để RStudio có thể được mở theo cách Mac thông thường mà không cần dòng lệnh k bùn. Tôi cũng lo ngại rằng việc cài đặt một phiên bản Java cũ có thể gây ra sự cố.

Có ai có bất kỳ ý tưởng về cách chẩn đoán và giải quyết vấn đề này?

Tôi đã gặp vấn đề tương tự và đã trải qua các bước tương tự như bạn. Bước cuối cùng để cho phép khởi động RStudio thông qua Finder / Spotlight là liên kết libjvm.dylib với / usr / local / lib:

sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

-f cờ được thêm vào để buộc ghi đè lên tệp / liên kết hiện có

Trên OSX El Capitan 10.11, người dùng không có quyền ghi vào / usr / lib. Vì vậy, thay vào đó, hãy sử dụng lệnh sau:

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

Bạn có thể tải libjvm.dylib một cách rõ ràng, bằng cách chạy như

dyn.load('/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_66.jdk/Contents/Home/jre/lib/server/libjvm.dylib')
library(rJava)

Trên macOS High Sierra (10.13.1) và Java Phiên bản 9, bạn phải sử dụng đường dẫn JVM hơi khác (lưu ý jrethư mục bị thiếu trong đường dẫn so với hướng dẫn cho các phiên bản Java trước đó):

sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

Bạn cũng phải thông báo cho R về JVM:

MY_R_VERSION=$(Rscript -e "cat(with(R.version, sprintf('%s.%s', major, substring(minor, 1, 1))))")
ln -s /usr/local/lib/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Versions/$MY_R_VERSION/Resources/lib/

Lệnh sau hoạt động:

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

Sau đó, trong RStudio, việc tải rJava hoạt động thông qua việc tải gói "xlsx".

library("xlsx")

Môi trường PS # 1: Mac OS X El Capitan 10.11.3+ với RStudio 0.99.491+ và R 3.2.3+. (Bây giờ tôi cũng đã thử nghiệm điều này trên macOS Sierra (10.12) và R.3.3.1.)

PS # 2 Tôi thấy rằng openxlsxnó nhanh hơn nhiều và không dựa vào Java để hoạt động, vì vậy tôi hiện đang sử dụng gói đó. Hy vọng rằng sẽ giúp những người khác.

Bạn sẽ có thể sử dụng CRAN rJava mà không cần phải biên dịch lại rJava hoặc thực hiện bất kỳ bước bổ sung nào bằng cách liên kết thư viện được chia sẻ với thư mục thư viện R framework.

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Libraries

Đây là cách tôi định cấu hình nó hoạt động bình thường trên hai máy Mac chạy Mac OS X El Capitan (10.11.6):

1. Gỡ cài đặt 'rJava' bằng cách đưa ra các lệnh sau trong cửa sổ dòng lệnh:

   Rscript -e 'remove.packages("rJava")'
   sudo Rscript -e 'remove.packages("rJava")'

2. Tải xuống và cài đặt phần mềm Java từ Oracle: https://www.java.com/en/download/mac_download.jsp

3. Thêm các dòng sau để /Users/<userid>/.bashrcsử dụng trình chỉnh sửa yêu thích của bạn:

   # Set JAVA_HOME so rJava package can find it
   export JAVA_HOME=$(/usr/libexec/java_home -v 1.8)/jre

4. Đóng và khởi động lại bất kỳ cửa sổ terminal, R và RStudio nào (để nhận các thay đổi đối với .bashrc).

5. Chạy lệnh sau trong cửa sổ Terminal:

   sudo ln -sf $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

6. Chạy lệnh sau trong cửa sổ Terminal:

   sudo Rscript -e 'install.packages("rJava", repos="http://rforge.net", type="source")'

Đây là các bước đơn giản cho nó:

1. loại bỏ gói rJava: remove.packages (rJava)
2. gần hơn
3. cài đặt Java mới nhất trên mac của bạn
4. mở terminal và gõ lệnh này: sudo R CMD javareconf

5. Mở R và cài đặt rJava bằng lệnh này:

   install.packages ("rJava", dependencies = TRUE, type = "source")

Sự cố không tìm thấy hình ảnh tồn tại với bản cài đặt hoàn toàn mới trên OSX High Sierra với Java SE 10 JDK mới nhất.

Tôi đã có thể giải quyết sự cố đường dẫn với rJava bằng cách sử dụng bản sửa lỗi được tìm thấy trên trang sự cố rJava Github: https://github.com/su/rJava/issues/78

R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS = -I / Hệ thống / Thư viện / Khung / JavaVM.framework / Tiêu đề

Đây là những gì đã làm việc cho tôi trên MAC:

1. trong của bạn ~/.profilehoặc ~/.bashrcthêm dòng này: %export JAVA_HOME=/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_102.jdk/Contents/Home

   1.1 % source .profile(hoặc % source .bashrc)

2. % sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib
3. remove.packages(rJava)
4. remove.packages(Rweka)
5. Từ thiết bị đầu cuối, nhập lệnh này: %sudo R CMD javareconf
6. install.packages("rJava", dependencies = TRUE, type = "source")
7. install.packages("rJava", dependencies = TRUE, type = "source")
8. Tải của bạn library("rJava", "RWeka")

May mắn nhất.

Có thể một câu trả lời đơn giản khác không liên quan đến hệ thống tệp của bạn:

$ install_name_tool -add_rpath /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_131.jdk/Contents/Home/jre/lib/server /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so

(Thay thế jdk1.8.0_131.jdkbằng đường dẫn JDK của bạn.)

Kiểm tra vị trí của tệp libjvm.dylib.

Hãy thử điều này, trong trường hợp của tôi, điều này đã hoạt động:

dyn.load('/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-10.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib')
library(rJava)

Tôi đã xem qua tất cả các cách khắc phục sự cố mà tôi có thể tìm thấy, sau đó cài đặt jdk-11.0.1_osx-x64_bin.dmg từ: Oracle tải xuống

Mọi thứ hoạt động hoàn hảo sau đó.

Kiểm tra phiên bản của thư viện không được tải khi bạn chạy thư viện ('rJava') và khớp với phiên bản java bạn cần cài đặt.

Tôi nhận thấy rằng 'rJava' khá nghiêm ngặt về phiên bản JDK khi tải trong Rstudio.
Trong trường hợp của tôi (Mac OS. 10.14.6 - Mojave), tôi đã cài đặt jdk-13 đã được thử nghiệm với jdk-11.
Tôi đã liên kết phiên bản JDK của mình với một thư mục không tồn tại được Rstudio (JDK 11) cho là hợp lệ:

sudo ln -sf /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-13.jdk/ /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.1.jdk

và đáng ngạc nhiên là nó hoạt động như một sự quyến rũ ...
BTW., không có vấn đề gì khi chạy 'rJava' theo các hướng dẫn trước đó trong R nguyên bản.

Tại đây, bạn có thể tải xuống phiên bản Java 6 kế thừa cho El Capitan: https://support.apple.com/kb/DL1572?viewlocale=en_US&locale=en_US Sau khi thực hiện, gói rJava hoạt động với tôi.

Dòng này bên dưới đã giải quyết cùng một vấn đề mà tôi gặp phải với rJavagói như một số người khác trong cuộc thảo luận này đã làm. Tôi chắc rằng có nhiều hơn một giải pháp cho vấn đề này và tôi chân thành cảm ơn tất cả những đóng góp của họ bởi vì đôi khi một dòng như hình dưới đây tiết kiệm rất nhiều thời gian từ việc bỏ vào thùng rác!

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

Chạy như sau trên dòng lệnh: sudo R CMD javareconf

Một số giải pháp ở trên đã đề cập đến vấn đề này, nhưng chúng cũng đề xuất rằng một giải pháp gỡ bỏ và sau đó cài đặt lại rJavagói. Tôi thấy những bước bổ sung đó là không cần thiết.

Bạn có thể thay đổi tham chiếu trong R bằng cách sử dụng lệnh sau:

sudo install_name_tool -change /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.1.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-13.0.1.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library/rJava/libs/rJava.so