Khi cài đặt rJava bằng install.packages("rJava")lệnh, tôi gặp lỗi sau:

checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/bin/java'
archiver    : '/usr/bin/jar'
compiler    : '/usr/bin/javac'
header prep.: '/usr/bin/javah'
cpp flags   : '-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include/linux'
java libs   : '-L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64/server -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64 -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../lib/amd64 -L -L/usr/java/packages/lib/amd64 -L/usr/lib64 -L/lib64 -L/lib -L/usr/lib -ljvm'
checking whether JNI programs can be compiled... yes
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’

Tôi đã cài đặt Java JDK và java -versiontrả về như sau:

$ java -version
java version "1.6.0_20"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_20-b02)

Khi Google tìm kiếm lỗi, tôi thấy rằng những người khác đang gặp vấn đề tương tự nhưng không tìm thấy giải pháp nào khác ngoài "cài đặt toàn bộ JDK, không chỉ JRE" mà tôi đã thực hiện.

Điều khác mà tôi đọc được là sudo R CMD javareconfchạy khá vui vẻ mà không có lỗi.

Bất kỳ ý tưởng vấn đề của tôi là gì?

[[EDIT]] Đã vài tháng kể từ khi tôi gặp sự cố này. Ban đầu tôi đã giải quyết vấn đề này bằng cách chỉnh sửa các đường dẫn Java của mình, như được minh họa trong câu trả lời mà tôi đã đăng bên dưới. Gần đây tôi đã gặp phải vấn đề tương tự trên bản cài đặt Ubuntu mới. Tôi đã thử khuyến nghị của Dirk sử dụng apt-get để cài đặt gói rJava. Nó hoạt động hoàn hảo. Điều tôi không đánh giá cao ban đầu là việc cài đặt các gói bằng phương thức apt-get của Ubuntu về cơ bản khác với việc chỉ tải cùng một gói bằng install.packages () bên trong R. Các gói Ubuntu giải quyết một số vấn đề mà tôi không nhận ra hoặc đánh giá cao. .

Sẽ không

apt-get install r-cran-rjava

đã được dễ dàng hơn? Bạn có thể đã hỏi tôi tại useR! :)

Hóa ra vấn đề của tôi là vấn đề với JAVA_HOMEbiến môi trường của tôi . Vâng, tôi biết rất sốc. Cài đặt ban đầu của tôi cho PATHvà JAVA_HOMEtrông như thế này:

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

Và tôi đã thêm /jrenên bây giờ nó trông như thế này:

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun/jre
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

Mọi thứ trong Java dường như hoạt động tốt nếu không có /jrerJava thì không. Kỳ quặc.

Cảm ơn - đề xuất của bạn về việc $JAVA_HOMEdẫn tôi đến một giải pháp tương tự:

prompt$ unset JAVA_HOME

trước khi gọi R.

Tôi đã gặp vấn đề tương tự và nó hoạt động sau khi chạy các lệnh bên dưới.

export JAVA_LIBS="$JAVA_LIBS -ldl"
R CMD javareconf

Xem chi tiết tại http://www-01.ibm.com/support/knowledgecenter/SSPT3X_3.0.0/com.ibm.swg.im.infosphere.biginsights.install.doc/doc/install_install_r.html

Đó là cách tôi làm cho nó hoạt động:

Trong Linux (Ubuntu 16.04)

sudo apt-get install default-jre
sudo apt-get install default-jdk
sudo R CMD javareconf

trong R:

install.packages("rJava")

Điều này làm việc cho tôi trên Ubuntu 12.04 và R phiên bản 3.0

cd /usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include

đây là thư mục có jni.h

Tiếp theo, tạo một liên kết mềm đến một tệp tiêu đề bắt buộc khác (Tôi quá lười biếng để tìm hiểu cách đưa nhiều thư mục vào tùy chọn JAVA_CPPFLAGS bên dưới):

sudo ln -s linux/jni_md.h .

Cuối cùng

sudo R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS=-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include

dưới đây là một trong những câu trả lời của tôi về một bài đăng khác - lỗi: không thể tải các gói đã cài đặt ngay bây giờ
(điều này cũng liên quan đến câu hỏi này)

Đối với người dùng Linux (Ubuntu): Nếu bạn đã cài đặt oracle-java (7/8) . Nó sẽ ở vị trí này /usr/lib/jvmvà sudocần có quyền truy cập.

Tạo tệp /etc/ld.so.conf.d/java.confvới các mục sau:

/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64
/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64/server

(Thay thế java-8-oracle bằng java-7-oracle tùy thuộc vào phiên bản java của bạn)

Sau đó:

sudo ldconfig

Khởi động lại RStudio và sau đó cài đặt gói rJava.

Chạy R dưới Gentoo trên AMD64. Tôi đã nâng cấp lên R 2.12.0

R phiên bản 2.12.0 (2010-10-15) Bản quyền (C) 2010 R Foundation for Statistical Computing ISBN 3-900051-07-0 Nền tảng: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) và những thông báo phiền phức đó đã biến mất xa.

Jan Vandermeer

Tôi đã cố gắng cài đặt openjdk-7- * nhưng vẫn gặp sự cố khi cài đặt rJava. Hóa ra sau khi tôi khởi động lại máy tính của mình, sau đó không có vấn đề gì cả.

vì thế

sudo apt-get install openjdk-7-*


RESTART after installing java, then try to install package "rJava" in R

Gói rJava tìm kiếm /usr/lib/jvm/default-java/thư mục. Nhưng nó không có sẵn như mặc định. Thư mục này có một liên kết biểu tượng cho java mặc định được cấu hình cho hệ thống.

Để kích hoạt java mặc định, hãy cài đặt các gói sau:

sudo apt-get install default-jre default-jre-headless

Đã thử nghiệm trên ubuntu 17.04 với CRAN R 3.4.1

Điều phù hợp với tôi là thay đổi JAVA_HOME từ tệp /usr/lib/R/etc/javaconf

Đầu tiên tôi đã kiểm tra những gì là phiên bản của tôi về Java kích hoạt: sudo update-alternatives --config java. Trong trường hợp của tôi, nó làjava-8-oracle

Tôi đã mở tệp /usr/lib/R/etc/javaconfvà thay thế default-javabằng java-8-oracle:

${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/default-java}

được thay thế bởi :

${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-8-oracle}

Và sau đó sudo R CMD javareconf

Tôi đã khởi động lại RStudio và sau đó có thể cài đặt rJava.

những gì tôi làm là ở đây:

1. trong /etc/apt/sources.list, thêm:

   deb http://ftp.de.debian.org/debian sid chính

Lưu ý: rjava phải là phiên bản mới nhất

2 lần chạy: sudo apt-get update sudo apt-get install r-cran-rjava

Sau khi cập nhật phiên bản cũ của rjava, sau đó có thể cài đặt rhdfs_1.0.8.

Tôi đã làm cho nó hoạt động bằng cách tải xuống: https://cran.r-project.org/src/contrib/rJava_0.9-8.tar.gz và chạy lệnh R CMD install rJava_0.9-8.tar.gz

Tôi đã gặp phải sự cố tương tự khi sử dụng Windows 10. Tôi đã giải quyết sự cố bằng quy trình sau

1. Tải xuống Java từ https://java.com/en/download/windows-64bit.jsp cho windows 64 bit \ Cài đặt nó
2. Tải xuống bộ phát triển Java từ https://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151.html cho windows 64 bit \ Cài đặt nó
3. Sau đó nhấp chuột phải vào biểu tượng “Máy tính này” trong màn hình nền \ Thuộc tính \ Cài đặt hệ thống nâng cao \ Nâng cao \ Biến môi trường \ Trong Biến hệ thống chọn Đường dẫn \ Nhấp vào Chỉnh sửa \ Nhấp vào Mới \ Sao chép và dán đường dẫn “C: \ Program Files \ Java \ jdk1 .8.0_201 \ bin ”và“ C: \ Program Files \ Java \ jre1.8.0_201 \ bin ”(không có trích dẫn) \ OK \ OK \ OK

Lưu ý : jdk1.8.0_201 và jre1.8.0_201 sẽ được thay đổi tùy thuộc vào phiên bản của bộ phát triển Java và Java

4. Trong cửa sổ Biến môi trường, chuyển đến Biến người dùng cho Người dùng \ Nhấp vào Mới \ Đặt tên biến là “JAVA_HOME” và Giá trị biến là “C: \ Program Files \ Java \ jdk1.8.0_201 \ bin” \ Nhấn OK

Để kiểm tra cài đặt, hãy mở CMD \ Loại javac \ Nhấn Enter và Nhập java \ nhấn enter Nó sẽ hiển thị

Trong RStudio chạy

Sys.setenv(JAVA_HOME="C:\\Program Files\\Java\\jdk1.8.0_201")

Lưu ý : jdk1.8.0_201 sẽ được thay đổi tùy thuộc vào phiên bản của bộ phát triển Java

Bây giờ bạn có thể cài đặt và tải gói rJava mà không gặp vấn đề gì.

Vấn đề là rJava sẽ không cài đặt trong RStudio( Version 1.0.136). Điều sau đây đã làm việc cho tôi ( macOS Sierra version 10.12.6) (tìm thấy ở đây ):

Bước 1: Tải xuống và cài đặt javaforosx.dmgtừ đây

Bước 2: Tiếp theo, chạy lệnh từ bên trong RStudio:

install.packages("rJava", type = 'source')

Tôi đã gặp sự cố tương tự trên Ubuntu 16.04 và có thể giải quyết nó bằng cách tạo một thư mục có tên "default-java" /usr/lib/jvmvà sao chép vào đó tất cả nội dung của /usr/lib/jvm/java-8-oracle. Tôi đã chọn giải pháp này vì việc sửa biến môi trường JAVA_HOME hóa ra không có ích.