Kiểm tra sự tồn tại của thư mục và tạo nếu không tồn tại

Tôi thường thấy mình viết các tập lệnh R tạo ra nhiều đầu ra. Tôi thấy nó sạch hơn để đưa đầu ra này vào (các) thư mục riêng của nó. Những gì tôi đã viết dưới đây sẽ kiểm tra sự tồn tại của một thư mục và di chuyển vào đó, hoặc tạo thư mục và sau đó di chuyển vào đó. Có cách nào tốt hơn để tiếp cận điều này?

mainDir <- "c:/path/to/main/dir"
subDir <- "outputDirectory"

if (file.exists(subDir)){
    setwd(file.path(mainDir, subDir))
} else {
    dir.create(file.path(mainDir, subDir))
    setwd(file.path(mainDir, subDir))

}

Sử dụng showWarnings = FALSE:

dir.create(file.path(mainDir, subDir), showWarnings = FALSE)
setwd(file.path(mainDir, subDir))

dir.create()không sập nếu thư mục đã tồn tại, nó chỉ in ra một cảnh báo. Vì vậy, nếu bạn có thể sống với việc nhìn thấy các cảnh báo, không có vấn đề gì khi chỉ làm điều này:

dir.create(file.path(mainDir, subDir))
setwd(file.path(mainDir, subDir))

Kể từ ngày 16 tháng 4 năm 2015, với việc phát hành R 3.2.0một chức năng mới được gọi là dir.exists(). Để sử dụng chức năng này và tạo thư mục nếu nó không tồn tại, bạn có thể sử dụng:

ifelse(!dir.exists(file.path(mainDir, subDir)), dir.create(file.path(mainDir, subDir)), FALSE)

Điều này sẽ trở lại FALSEnếu thư mục đã tồn tại hoặc không thể điều trị được và TRUEnếu nó không tồn tại nhưng đã được tạo thành công.

Lưu ý rằng để kiểm tra xem thư mục có tồn tại không, bạn có thể sử dụng

dir.exists(file.path(mainDir, subDir))

Về mặt kiến ​​trúc chung, tôi muốn giới thiệu cấu trúc sau đây liên quan đến việc tạo thư mục. Điều này sẽ bao gồm hầu hết các vấn đề tiềm ẩn và bất kỳ vấn đề nào khác với việc tạo thư mục sẽ được phát hiện bởi dir.createcuộc gọi.

mainDir <- "~"
subDir <- "outputDirectory"

if (file.exists(paste(mainDir, subDir, "/", sep = "/", collapse = "/"))) {
    cat("subDir exists in mainDir and is a directory")
} else if (file.exists(paste(mainDir, subDir, sep = "/", collapse = "/"))) {
    cat("subDir exists in mainDir but is a file")
    # you will probably want to handle this separately
} else {
    cat("subDir does not exist in mainDir - creating")
    dir.create(file.path(mainDir, subDir))
}

if (file.exists(paste(mainDir, subDir, "/", sep = "/", collapse = "/"))) {
    # By this point, the directory either existed or has been successfully created
    setwd(file.path(mainDir, subDir))
} else {
    cat("subDir does not exist")
    # Handle this error as appropriate
}

Ngoài ra, hãy lưu ý rằng nếu ~/fookhông tồn tại thì cuộc gọi đến dir.create('~/foo/bar')sẽ thất bại trừ khi bạn chỉ định recursive = TRUE.

Dưới đây là những kiểm tra đơn giản , và tạo ra các thư mục nếu không tồn tại:

## Provide the dir name(i.e sub dir) that you want to create under main dir:
output_dir <- file.path(main_dir, sub_dir)

if (!dir.exists(output_dir)){
dir.create(output_dir)
} else {
    print("Dir already exists!")
}

Việc sử dụng file.exists () để kiểm tra sự tồn tại của thư mục là một vấn đề trong bài viết gốc. Nếu subDir bao gồm tên của một tệp hiện có (chứ không chỉ là một đường dẫn), file.exists () sẽ trả về TRUE, nhưng lệnh gọi đến setwd () sẽ thất bại vì bạn không thể đặt thư mục làm việc trỏ vào một tệp.

Tôi sẽ khuyên bạn nên sử dụng file_test (op = "- d", subDir), sẽ trả về "TRUE" nếu subDir là một thư mục hiện có, nhưng FALSE nếu subDir là tệp hiện có hoặc tệp hoặc thư mục không tồn tại. Tương tự, việc kiểm tra tệp có thể được thực hiện bằng op = "- f".

Ngoài ra, như được mô tả trong một nhận xét khác, thư mục làm việc là một phần của môi trường R và phải được kiểm soát bởi người dùng, không phải là tập lệnh. Các kịch bản nên, lý tưởng nhất, không thay đổi môi trường R. Để giải quyết vấn đề này, tôi có thể sử dụng các tùy chọn () để lưu trữ một thư mục có sẵn trên toàn cầu nơi tôi muốn tất cả đầu ra của mình.

Vì vậy, hãy xem xét giải pháp sau đây, trong đó someUniqueTag chỉ là tiền tố do lập trình viên xác định cho tên tùy chọn, điều này khiến cho một tùy chọn có cùng tên đã tồn tại. (Ví dụ: nếu bạn đang phát triển gói gọi là "filer", bạn có thể sử dụng filer.mainDir và filer.subDir).

Đoạn mã sau sẽ được sử dụng để đặt các tùy chọn có sẵn để sử dụng sau này trong các tập lệnh khác (do đó tránh sử dụng setwd () trong tập lệnh) và để tạo thư mục nếu cần:

mainDir = "c:/path/to/main/dir"
subDir = "outputDirectory"

options(someUniqueTag.mainDir = mainDir)
options(someUniqueTag.subDir = "subDir")

if (!file_test("-d", file.path(mainDir, subDir)){
  if(file_test("-f", file.path(mainDir, subDir)) {
    stop("Path can't be created because a file with that name already exists.")
  } else {
    dir.create(file.path(mainDir, subDir))
  }
}

Sau đó, trong bất kỳ tập lệnh tiếp theo nào cần thao tác với tệp trong subDir, bạn có thể sử dụng một cái gì đó như:

mainDir = getOption(someUniqueTag.mainDir)
subDir = getOption(someUniqueTag.subDir)
filename = "fileToBeCreated.txt"
file.create(file.path(mainDir, subDir, filename))

Giải pháp này để lại thư mục làm việc dưới sự kiểm soát của người dùng.

Tôi đã gặp sự cố với R 2.15.3, trong khi cố gắng tạo cấu trúc cây theo cách đệ quy trên ổ đĩa mạng chung, tôi sẽ gặp lỗi về quyền.

Để giải quyết vấn đề kỳ quặc này, tôi tự tạo cấu trúc;

mkdirs <- function(fp) {
    if(!file.exists(fp)) {
        mkdirs(dirname(fp))
        dir.create(fp)
    }
} 

mkdirs("H:/foo/bar")

Lót:

if (!dir.exists(output_dir)) {dir.create(output_dir)}

Thí dụ:

dateDIR <- as.character(Sys.Date())
outputDIR <- file.path(outD, dateDIR)
if (!dir.exists(outputDIR)) {dir.create(outputDIR)}

Để tìm hiểu xem một đường dẫn là một thư mục hợp lệ hãy thử:

file.info(cacheDir)[1,"isdir"]

file.info không quan tâm đến một dấu gạch chéo vào cuối.

file.existstrên Windows sẽ thất bại cho một thư mục nếu nó kết thúc bằng dấu gạch chéo và thành công mà không có nó. Vì vậy, điều này không thể được sử dụng để xác định nếu một đường dẫn là một thư mục.

file.exists("R:/data/CCAM/CCAMC160b_echam5_A2-ct-uf.-5t05N.190to240E_level1000/cache/")
[1] FALSE

file.exists("R:/data/CCAM/CCAMC160b_echam5_A2-ct-uf.-5t05N.190to240E_level1000/cache")
[1] TRUE

file.info(cacheDir)["isdir"]