Làm cách nào để chồng các ô mật độ trong R?

Tôi muốn chồng 2 ô mật độ trên cùng một thiết bị với R. Làm cách nào để làm điều đó? Tôi đã tìm kiếm trên web nhưng tôi không tìm thấy bất kỳ giải pháp rõ ràng nào.

Ý tưởng của tôi là đọc dữ liệu từ tệp văn bản (cột) và sau đó sử dụng

plot(density(MyData$Column1))
plot(density(MyData$Column2), add=T)

Hoặc một cái gì đó trong tinh thần này.

sử dụng linescho cái thứ hai:

plot(density(MyData$Column1))
lines(density(MyData$Column2))

Tuy nhiên, hãy đảm bảo rằng các giới hạn của cốt truyện đầu tiên là phù hợp.

ggplot2 là một gói đồ họa khác xử lý những thứ như vấn đề phạm vi mà Gavin đề cập theo cách khá khéo léo. Nó cũng xử lý tự động tạo ra các huyền thoại phù hợp và nhìn chung có cảm giác bóng bẩy hơn theo ý kiến ​​của tôi khi sử dụng ít thao tác thủ công hơn.

library(ggplot2)

#Sample data
dat <- data.frame(dens = c(rnorm(100), rnorm(100, 10, 5))
                   , lines = rep(c("a", "b"), each = 100))
#Plot.
ggplot(dat, aes(x = dens, fill = lines)) + geom_density(alpha = 0.5)

Thêm phiên bản đồ họa cơ sở quan tâm đến giới hạn trục y, thêm màu sắc và hoạt động cho bất kỳ số lượng cột nào:

Nếu chúng ta có tập dữ liệu:

myData <- data.frame(std.nromal=rnorm(1000, m=0, sd=1),
                     wide.normal=rnorm(1000, m=0, sd=2),
                     exponent=rexp(1000, rate=1),
                     uniform=runif(1000, min=-3, max=3)
                     )

Sau đó, để vẽ các mật độ:

dens <- apply(myData, 2, density)

plot(NA, xlim=range(sapply(dens, "[", "x")), ylim=range(sapply(dens, "[", "y")))
mapply(lines, dens, col=1:length(dens))

legend("topright", legend=names(dens), fill=1:length(dens))

Cái nào mang lại:

Chỉ để cung cấp một bộ hoàn chỉnh, đây là phiên bản câu trả lời của Chase sử dụng lattice:

dat <- data.frame(dens = c(rnorm(100), rnorm(100, 10, 5))
                   , lines = rep(c("a", "b"), each = 100))

densityplot(~dens,data=dat,groups = lines,
            plot.points = FALSE, ref = TRUE, 
            auto.key = list(space = "right"))

tạo ra một âm mưu như thế này:

Đó là cách tôi làm điều đó ở cơ sở (nó thực sự được đề cập trong các nhận xét câu trả lời đầu tiên nhưng tôi sẽ hiển thị mã đầy đủ ở đây, bao gồm cả chú giải vì tôi chưa thể bình luận ...)

Trước tiên, bạn cần lấy thông tin về các giá trị tối đa cho trục y từ các biểu đồ mật độ. Vì vậy, trước tiên bạn cần thực sự tính toán các mật độ riêng biệt

dta_A <- density(VarA, na.rm = TRUE)
dta_B <- density(VarB, na.rm = TRUE)

Sau đó, vẽ biểu đồ theo câu trả lời đầu tiên và xác định các giá trị tối thiểu và tối đa cho trục y mà bạn vừa nhận được. (Tôi đặt giá trị tối thiểu thành 0)

plot(dta_A, col = "blue", main = "2 densities on one plot"), 
     ylim = c(0, max(dta_A$y,dta_B$y)))  
lines(dta_B, col = "red")

Sau đó, thêm chú giải vào góc trên cùng bên phải

legend("topright", c("VarA","VarB"), lty = c(1,1), col = c("blue","red"))

Tôi đã lấy ví dụ về mạng tinh thể ở trên và tạo một hàm tiện lợi. Có lẽ có một cách tốt hơn để làm điều này với việc định hình lại thông qua tan / đúc. (Nhận xét hoặc chỉnh sửa nếu bạn thấy cải thiện.)

multi.density.plot=function(data,main=paste(names(data),collapse = ' vs '),...){
  ##combines multiple density plots together when given a list
  df=data.frame();
  for(n in names(data)){
    idf=data.frame(x=data[[n]],label=rep(n,length(data[[n]])))
    df=rbind(df,idf)
  }
  densityplot(~x,data=df,groups = label,plot.points = F, ref = T, auto.key = list(space = "right"),main=main,...)
}

Ví dụ sử dụng:

multi.density.plot(list(BN1=bn1$V1,BN2=bn2$V1),main='BN1 vs BN2')

multi.density.plot(list(BN1=bn1$V1,BN2=bn2$V1))

Bạn có thể sử dụng ggjoygói. Giả sử rằng chúng ta có ba bản betaphân phối khác nhau như:

set.seed(5)
b1<-data.frame(Variant= "Variant 1", Values = rbeta(1000, 101, 1001))
b2<-data.frame(Variant= "Variant 2", Values = rbeta(1000, 111, 1011))
b3<-data.frame(Variant= "Variant 3", Values = rbeta(1000, 11, 101))


df<-rbind(b1,b2,b3)

Bạn có thể nhận được ba bản phân phối khác nhau như sau:

library(tidyverse)
library(ggjoy)


ggplot(df, aes(x=Values, y=Variant))+
    geom_joy(scale = 2, alpha=0.5) +
    scale_y_discrete(expand=c(0.01, 0)) +
    scale_x_continuous(expand=c(0.01, 0)) +
    theme_joy()

Bất cứ khi nào có vấn đề về giới hạn trục không khớp, công cụ thích hợp trong baseđồ họa là sử dụng matplot. Điều quan trọng là tận dụng các đối số fromvà . Có một chút khó khăn, nhưng khá đơn giản để tự mình lăn xả:todensity.default

set.seed(102349)
x1 = rnorm(1000, mean = 5, sd = 3)
x2 = rnorm(5000, mean = 2, sd = 8)

xrng = range(x1, x2)

#force the x values at which density is
#  evaluated to be the same between 'density'
#  calls by specifying 'from' and 'to'
#  (and possibly 'n', if you'd like)
kde1 = density(x1, from = xrng[1L], to = xrng[2L])
kde2 = density(x2, from = xrng[1L], to = xrng[2L])

matplot(kde1$x, cbind(kde1$y, kde2$y))

Thêm chuông và còi như mong muốn ( matplotchấp nhận tất cả tiêu chuẩn plot/ parlập luận, ví dụ như lty, type, col, lwd, ...).