Tôi muốn chuyển hướng tất cả văn bản bảng điều khiển thành một tệp. Đây là những gì tôi đã thử:
> sink("test.log", type=c("output", "message"))
> a <- "a"
> a
> How come I do not see this in log
Error: unexpected symbol in "How come"
Đây là những gì tôi nhận được trong test.log:
[1] "a"
Đây là những gì tôi muốn trong test.log:
> a <- "a"
> a
[1] "a"
> How come I do not see this in log
Error: unexpected symbol in "How come"
Tôi đang làm gì sai? Cảm ơn!
Câu trả lời:
Bạn phải đặt "đầu ra" và "thông báo" riêng biệt ( sinkhàm chỉ xem xét phần tử đầu tiên của type)
Bây giờ nếu bạn cũng muốn dữ liệu đầu vào được ghi lại, thì hãy đặt nó vào một tập lệnh:
script.R
1:5 + 1:3 # prints and gives a warning
stop("foo") # an error
Và tại dấu nhắc:
con <- file("test.log")
sink(con, append=TRUE)
sink(con, append=TRUE, type="message")
# This will echo all input and not truncate 150+ character lines...
source("script.R", echo=TRUE, max.deparse.length=10000)
# Restore output to console
sink()
sink(type="message")
# And look at the log...
cat(readLines("test.log"), sep="\n")
1:5 + 1:3theo sau là đầu ra của nó, rồi tiếp theo, v.v. Lý do tôi muốn tạo loại nhật ký này là vì tôi có một chương trình sử dụng 30+ GByte RAM để chạy. Tôi chạy nó trên đám mây amazon và lưu đầu ra từ hồi quy thành các tệp riêng lẻ. Tôi muốn có thể nhanh chóng tìm thấy mã tạo ra mỗi tệp bằng cách xem nhật ký. Lưu ý: nếu tôi chỉ cắt-n-dán đầu ra bảng điều khiển, điều đó sẽ làm được.
max.deparse.lengthđối số. Tôi đã cập nhật câu trả lời.
Nếu bạn có quyền truy cập vào một dòng lệnh, bạn có thể thích chạy tập lệnh của mình từ dòng lệnh với R CMD BATCH.
== bắt đầu nội dung của script.R ==
a <- "a"
a
How come I do not see this in log
== nội dung cuối của script.R ==
Tại dấu nhắc lệnh ("$" trong nhiều biến thể un * x, "C:>" trong windows), hãy chạy
$ R CMD BATCH script.R &
Dấu "&" là tùy chọn và chạy lệnh trong nền. Tên mặc định của tệp nhật ký đã được thêm "out" vào phần mở rộng, tức là script.Rout
== bắt đầu nội dung của script.Rout ==
R version 3.1.0 (2014-04-10) -- "Spring Dance"
Copyright (C) 2014 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: i686-pc-linux-gnu (32-bit)
R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
Natural language support but running in an English locale
R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.
[Previously saved workspace restored]
> a <- "a"
> a
[1] "a"
> How come I do not see this in log
Error: unexpected symbol in "How come"
Execution halted
== nội dung cuối của script.Rout ==
R CMD BATCH script.R &không hoạt động.
Chạy R trong emacs với chế độ r ESS (Emacs Speaks Statistics). Tôi có một cửa sổ đang mở với tập lệnh và mã R của mình. Khác có R đang chạy. Mã được gửi từ cửa sổ cú pháp và được đánh giá. Tất cả các lệnh, đầu ra, lỗi và cảnh báo đều xuất hiện trong phiên cửa sổ R đang chạy. Vào cuối một số khoảng thời gian làm việc, tôi lưu tất cả đầu ra vào một tệp. Hệ thống đặt tên của riêng tôi là * .R cho các tập lệnh và * .Rout để lưu các tệp đầu ra. Đây là một ảnh chụp màn hình với một ví dụ.
Nếu bạn có thể sử dụng bash shell, bạn có thể xem xét chỉ cần chạy mã R từ bên trong tập lệnh bash và chuyển dòng stdout và stderr vào một tệp. Đây là một ví dụ sử dụng heredoc:
Tập tin: test.sh
#!/bin/bash
# this is a bash script
echo "Hello World, this is bash"
test1=$(echo "This is a test")
echo "Here is some R code:"
Rscript --slave --no-save --no-restore - "$test1" <<EOF
## R code
cat("\nHello World, this is R\n")
args <- commandArgs(TRUE)
bash_message<-args[1]
cat("\nThis is a message from bash:\n")
cat("\n",paste0(bash_message),"\n")
EOF
# end of script
Sau đó, khi bạn chạy tập lệnh với cả stderr và stdout được đưa vào tệp nhật ký:
$ chmod +x test.sh
$ ./test.sh
$ ./test.sh &>test.log
$ cat test.log
Hello World, this is bash
Here is some R code:
Hello World, this is R
This is a message from bash:
This is a test
Những thứ khác cần xem xét cho điều này là thử chỉ cần gộp stdout và stderr ngay từ heredoc R vào một tệp nhật ký; Tôi chưa thử điều này nhưng có lẽ nó cũng sẽ hoạt động.
Để lưu văn bản từ bảng điều khiển: chạy phân tích và sau đó chọn (Windows) "Tệp> Lưu vào Tệp".
Đặt tùy chọn Rgui của bạn cho một số lượng lớn các dòng, sau đó đánh dấu thời gian và lưu dưới dạng tệp vào các khoảng thời gian phù hợp.
Nếu bạn muốn nhận được thông báo lỗi
zz <- file("Errors.txt", open="wt")
sink(zz, type="message")
đầu ra sẽ là:
Error in print(errr) : object 'errr' not found
Execution halted
Đầu ra này sẽ được lưu trong một tệp có tên là Errors.txt
Trong trường hợp bạn muốn các giá trị được in của bảng điều khiển vào một tệp, bạn có thể sử dụng đối số 'tách':
zz <- file("console.txt", open="wt")
sink(zz, split=TRUE)
print("cool")
print(errr)
đầu ra sẽ là:
[1] "cool"
trong tệp console.txt. Vì vậy, tất cả đầu ra bảng điều khiển của bạn sẽ được in trong một tệp có tên console.txt
Bạn có thể in ra tệp và đồng thời xem tiến trình có (hoặc không) screenchẳng hạn, trong khi chạy tập lệnh R.
Trong một thiết bị đầu cuối, màn hình bắt đầu
screen
chạy tập lệnh R của bạn
R CMD BATCH yourscript.R
Chuyển đến màn hình khác nhấn CtrlA, sau đóc
xem đầu ra của bạn với (thời gian thực):
tail -f yourscript.Rout
Chuyển đổi giữa các màn hình với CtrlAsau đón
Ngoài ra, khi không sử dụng màn hình, hãy sử dụng R CMD BATCH yourscript.R &ở bước 2.