Không thể cài đặt gói R trong Ubuntu 11.04 [đã đóng]

130

Tôi mới dùng Linux và R.

Tôi đã cài đặt R 2.12 trong Ubuntu 11.04. Hôm nay tôi đã cố gắng cài đặt một gói mới, vì vậy tôi đã chạy lệnh sau:

install.packages('XML')

Nhưng việc cài đặt thất bại và đưa ra các thông tin sau:

* installing *source* package ‘XML’ ...
checking for gcc... gcc
checking for C compiler default output file name... a.out
checking whether the C compiler works... yes
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of executables... 
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc accepts -g... yes
checking for gcc option to accept ISO C89... none needed
checking how to run the C preprocessor... gcc -E
No ability to remove finalizers on externalptr objects in this verison of R
checking for sed... /bin/sed
checking for pkg-config... /usr/bin/pkg-config
checking for xml2-config... no
Cannot find xml2-config
ERROR: configuration failed for package ‘XML’
* removing ‘/home/spirit/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.12/XML’

The downloaded packages are in
    ‘/tmp/RtmpoZYxnv/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("XML") :
  installation of package 'XML' had non-zero exit status

Tôi cũng đã thử:

sudo install.packages('XML')

Nhưng nó cung cấp thông tin lỗi tương tự.

Bất cứ ai có thể cho tôi lời khuyên?

xml r ubuntu installation

— Derrick Zhang
nguồn

Cài đặt xml2-config?

— Wayne Werner

Câu hỏi này chỉ giúp tôi (một lần nữa) trong Ubuntu 14.04

— genorama 22/03/2015

Tôi không biết câu hỏi có lạc đề hay không, nhưng câu trả lời dưới đây cũng giải quyết được vấn đề của tôi với Ubuntu Trusty Tahr.

— msoftrain 4/12/2015

Điều này có nên được chuyển đến ngăn xếp AskUbfox không? Đó là một câu hỏi liên quan đến việc sử dụng R hoặc RStudio (mặc dù nó có thể xảy ra với các phần mềm khác?), Do thiếu các gói phần mềm cần thiết trong Ubuntu. Đó là một câu hỏi đủ phổ biến có vẻ như theo danh sách "Liên quan" mà tôi thấy ở bên phải. Và nó có thể được hỏi đúng tại sao các gói này bị thiếu từ Ubuntu?

— Rick Henderson

@rickHenderson Nó cũng hữu ích cho các bản phân phối Linux khác.

Câu trả lời:

210

Phương thức install.packages

Bạn cần cài đặt gói ubfox libxml2-devVì vậy, trong một dấu nhắc kiểu shell:

sudo apt-get update
sudo apt-get install libxml2-dev

Bạn sẽ cần sudosức mạnh đặc biệt cho việc này.

Phương pháp gói Ubuntu

Như Richie và Dirk đã đề cập, bạn cũng có thể sử dụng:

sudo apt-get install r-cran-xml

Nếu bạn đi xuống đường dẫn này, tôi khuyên bạn nên kiểm tra trang nguồn R ub Ubuntu sẽ đảm bảo bạn có phiên bản R hiện tại và các gói R liên quan. Điều này có thể quan trọng nếu bạn đang sử dụng phiên bản LTS của Ubuntu.

— csgillespie
nguồn

Bạn có thể thử synap? tìm kiếm gói bạn cần ở đó

— pacomet

r-cran-xml là không đủ, phải làm libxml2-dev

— Ferroao

Chia sẻ quan sát của tôi về một vấn đề tương tự có thể giúp người dùng MAC. Mặc dù tôi có tất cả các thư viện phụ thuộc nhưng tôi vẫn gặp lỗi. Sau rất nhiều thử nghiệm, đây là thứ đã cứu tôi- Trong khi cài đặt qua rstudio bằng install.packages (), bạn sẽ nhận được một câu hỏi -Bạn có muốn cài đặt từ các nguồn gói cần biên dịch không? y / n: Đưa ra câu trả lời của bạn ở đây là 'n'. Điều này làm việc cho tôi.

— minion

Trong Debian chỉ kéo dài sudo apt-get install libxml2-devlà đủ để hoạt động

— Adriano Rivolli

Tôi gặp lỗi này: sudo apt-get install r-cran-xml

— Suat Atan Tiến sĩ

Câu trả lời của Colin là đúng theo nghĩa hẹp, nhưng đồng thời sai như bạn có thể nói

 sudo apt-get install r-cran-xml

vì XML là một trong những gói CRAN có sẵn trong Ubuntu. Đừng apt-cache search r-cran-*xem những người khác.

— Dirk Eddelbuettel
nguồn