Bạn có thể sử dụng cả hai với tương đối ít vấn đề. Twitter Bootstrap sử dụng jQuery 1.7.1 (khi viết bài này) và tôi không thể nghĩ ra bất kỳ lý do nào khiến bạn không thể tích hợp các thành phần UI Jquery bổ sung vào các mẫu HTML của mình.
Tôi đã và đang sử dụng kết hợp HTML5 Boilerplate & Twitter Bootstrap được xây dựng tại Initializr.com. Điều này kết hợp hai mẫu khởi động tuyệt vời vào một dự án khởi động tuyệt vời. Kiểm tra các chi tiết tại http://html5boilerplate.com/ và http://www.initializr.com/ Hoặc để bắt đầu ngay, hãy truy cập http://www.initializr.com/ , nhấp vào "Bootstrap 2" và nhấp vào nút "Tải xuống". Điều này sẽ cung cấp cho bạn tất cả các js và css bạn cần để bắt đầu.
Và đừng sợ hãi bởi HTML5 và CSS3. Công cụ khởi động HTML5 và HTML5 bao gồm các polyfill và mã cụ thể IE sẽ cho phép tất cả các tính năng hoạt động trong IE 6, 7 8 và 9.
Việc sử dụng LESS trong Twitter Bootstrap cũng là tùy chọn. Họ sử dụng LESS để biên dịch tất cả CSS được Bootstrap sử dụng, nhưng nếu bạn chỉ muốn ghi đè hoặc thêm kiểu của riêng mình, họ cung cấp tệp css trống cho mục đích đó.
Ngoài ra còn có một tệp js trống (script.js) để bạn thêm mã tùy chỉnh. Đây là nơi bạn sẽ thêm các trình xử lý hoặc bộ chọn của mình cho các thành phần jQueryUI bổ sung.