B3LYP được triển khai trong Gaussin 0 *, GAMESS-US, Molpro, như thế nào?

Cụ thể, tôi muốn gia hạn công việc liên quan đến B3LYP bắt đầu với Gaussian 03 nhưng tiếp tục với GAMESS-US. Các năng lượng được cung cấp bởi các phương thức B3LYP mặc định không giống nhau. Có một cuộc thảo luận về điều này trong hướng dẫn GAMESS-US (phần Thông tin thêm):

Lưu ý rằng B3LYP trong GAMESS dựa một phần vào chức năng tương quan khí điện tử của VWN5. Vì có năm công thức với hai tham số hóa có thể được đề cập trong bài báo của VWN về tương quan cục bộ, các chương trình khác có thể sử dụng các lựa chọn khác và do đó tạo ra các năng lượng B3LYP khác nhau. Ví dụ: hướng dẫn sử dụng của NWChem cho biết họ sử dụng chức năng "VWN 1 với các tham số RPA trái ngược với các tham số Monte Carlo đã quy định" làm mặc định. Nếu bạn muốn sử dụng công thức VWN1 này trong kết hợp B3LYP, chỉ cần chọn "DFTTYP = B3LYP1".

Nó nói mặc định là khác nhau giữa GAMESS và NWCHEM và có một tùy chọn để khiến GAMESS thực hiện phép tính tương tự như NWCHEM đang làm theo mặc định.

Làm cách nào để tôi đồng ý tính toán G03 và GAMESS B3LYP?

Sự khác biệt giữa triển khai B3LYP mặc định của các gói phần mềm khác nhau và khả năng của chúng, nghĩa là các định nghĩa / triển khai B3LYP của chúng có thể được điều chỉnh không?

Aesin đã trả lời một phần câu hỏi của bạn. Tôi có thể cung cấp cho bạn thêm một số thông tin về GAMESS (US).

Có thể khiến GAMESS (US) sử dụng cùng loại 'B3LYP' như Gaussian 03. Đối với điều này, bạn cần chỉ định "DFT = B3LYP1" như bạn đã đề cập trong câu hỏi của mình. Điều này chọn B3LYP với công thức tương quan cục bộ 1 RPA của VWN, theo hiểu biết tốt nhất của tôi, giống hệt với những gì họ gọi là công thức III của VWN trong một số chương trình khác (như Gaussian 03).

Tất nhiên, chọn cùng một chức năng trong cả hai chương trình không phải là yêu cầu duy nhất để có được kết quả giống hệt nhau. Một số điều khác cần xem xét là:

• Bộ cơ sở. Cả hai chương trình phải sử dụng cùng một bộ cơ sở chính xác. Nếu bạn đang sử dụng một cơ sở được lưu trữ nội bộ được đặt trong Gaussian (ví dụ: 6-31G (d, p)), bạn có thể tạo Gaussian in chi tiết thiết lập cơ sở bằng cách thêm từ khóa GFINPUT vào phần tuyến đường. GAMESS (US) in cơ sở thiết lập chi tiết trong đầu ra chính của nó.

• Kích thước lưới. Theo mặc định, Gaussian 03 sử dụng lưới (75.302) trong khi GAMESS (US) sử dụng lưới (96.302). Trong Gaussian, kích thước lưới có thể được kiểm soát bởi từ khóa INT. Trong GAMESS (US), bạn nên xem từ khóa NRAD và NLEB trong nhóm $ DFT. Loại lưới cũng sẽ tạo ra sự khác biệt, nhưng theo hiểu biết tốt nhất của tôi, GAMESS (US) và Gaussian sử dụng các lưới tương tự.

• Tích phân cắt. Cả hai chương trình đều bỏ qua các tích phân rất nhỏ, vì điều này sẽ tăng tốc tính toán mà không có tác động đáng kể đến độ chính xác. Tuy nhiên, các yếu tố cắt giữa hai chương trình có thể khác nhau, điều này có thể dẫn đến kết quả hơi khác nhau. Trong Gaussian 03, bạn có thể kiểm soát hệ số cắt bằng IOP (27/03). Trong GAMESS (US), bạn có thể sử dụng từ khóa ICUT bằng $ CONTRL.

• Hội tụ SCF. Gaussian thường sử dụng EDIIS và CDIIS cho quy trình SCF trong khi GAMESS (US) sử dụng DIIS hoặc SOSCF. Cả hai phương pháp nên hội tụ về cùng một giải pháp, miễn là trường hợp của bạn không quá phức tạp đối với DFT. Tuy nhiên, bạn nên chỉ định tiêu chí hội tụ rất chặt chẽ nếu bạn muốn so sánh năng lượng thu được với cả hai chương trình.

• Liên quan đến tối ưu hóa hình học: Gaussian và GAMESS (US) sử dụng các hệ tọa độ rất khác nhau, tối ưu hóa hình học và tiêu chí hội tụ. Làm cho cả hai chương trình tối ưu hóa thành cùng một hình học chính xác là khó khăn, thậm chí có thể không thể.

Có thể có những khác biệt nhỏ khác mà bạn phải tính đến. Có lẽ tốt nhất là bắt đầu với phép tính Hartree-Fock, và xem liệu hai chương trình có mang lại năng lượng SCF giống nhau hay không - điều này sẽ loại bỏ sự khác biệt về chức năng và lưới DFT ra khỏi phương trình.

Hi vọng điêu nay co ich.

Hướng dẫn sử dụng Gaussian của B3LYP sử dụng chức năng VWN3, theo hướng dẫn .

Việc tạo Gaussian sử dụng chức năng VWN5 thay vì nó hơi khó, nhưng rõ ràng có thể được thực hiện bằng cách thêm tất cả các mục sau vào tuyến đường:

• bv5lyp - để chỉ định các thành phần chức năng nào - Trao đổi Becke và VWN5 cục bộ, tương quan không cục bộ LYP.
• iop(3/76=1000002000) - Trao đổi HF 20%, cộng
• iop(3/77=0720008000) - 72% Trở thành trao đổi phi địa phương, cộng với 80% trao đổi địa phương Slater, cộng với
• iop(3/78=0810010000) - 81% LYP tương quan không cục bộ, cộng với 100% tương quan cục bộ V5LYP VWN5.

(Bạn có thể thấy lý do tại sao mọi người cố gắng tránh sử dụng từ khóa IOP.) Thông tin thêm về việc sử dụng các từ khóa này có trên trang từ khóa DFT đã nói ở trên của hướng dẫn sử dụng Gaussian , trong 'Mô hình do người dùng xác định'.

Tôi không quen thuộc với GAMESS, nhưng dường như không có tùy chọn sử dụng phiên bản B3LYP của VWN3, vì vậy dường như bạn không thể đi theo một cách khác.

Đối với những điều này và khả năng thích ứng trong các gói khác, tôi biết Turbomole đã liệt kê cả B3LYP (sử dụng VWN5) và B3LYP_Gaussian (sử dụng VWN3) và hướng dẫn sử dụng cho ADF cho thấy bạn chỉ có thể sử dụng VWN5 cho B3LYP ở đó, nhưng bạn chỉ có thể điều chỉnh số lượng HFN5 cho B3LYP trao đổi nếu đó là điều bạn muốn làm.

B3LYP tích hợp của NWChem được cho là đồng ý với các vấn đề của Gaussian, modulo lưới và dung sai được ghi nhận trong câu trả lời của Thom. Bạn có thể chỉ định bất kỳ hình thức chức năng nào mà các thành phần được hỗ trợ bằng giao diện XC rõ ràng: http://www.nwchem-sw.org/index.php/D mật_jalal_Theory_for_Molecules # XXC_and_DECOMP _--_ Exchange-Correlation_Potentials .

Tôi nhận ra rằng câu hỏi đã được trả lời nhưng tôi muốn thêm chi tiết về NAHem vì câu hỏi cho thấy mong muốn tạo ra GAMESS = NWChem = Gaussian.

Là một lưu ý phụ, Dalton hỗ trợ B3LYP và B3LYP-G. Cái sau đồng ý với Gaussian trong khi cái trước là phiên bản kinh điển hơn có thể đồng ý với GAMESS.