Độ phức tạp của mô phỏng MD


14

Tôi chưa quen với mô phỏng động lực phân tử (MD). Sự phức tạp của một mô phỏng động lực phân tử về thời gian mô phỏng là gì? Nói cách khác, nếu tôi muốn tăng thời gian mô phỏng từ 10 nano giây lên 20 nano giây, tôi có thể mong đợi gì về sự gia tăng thời gian chạy?

Câu trả lời:


16

Mô phỏng động lực phân tử là tuyến tính ( O(n)) trong khoảng thời gian mô phỏng (giả sử rằng các dấu thời gian duy nhất ( ) không thay đổi). Vì mỗi dấu thời gian chỉ phụ thuộc vào cấu hình trước đó (chứ không phải bất kỳ dấu thời gian nào trước đó), việc tăng số lượng dấu thời gian dẫn đến tăng thời gian tuyến tính.Δt


6
Ngoài ra, độ phức tạp về kích thước hệ thống mô phỏng thường có tỷ lệ với O (n ^ 2) khi không sử dụng tĩnh điện được sửa đổi như PME.
Keith Callenberg

1
@KeithCallenberg Điều đó đúng; Tôi đã không đề cập đến nó vì câu hỏi đã không hỏi điều đó. Nó có thể được hoàn chỉnh hơn để nói rằng nó quy mô như O(n^2)O(t)nơi nlà kích thước (số hạt) và tlà số bước thời gian (khoảng thời gian mô phỏng chia cho kích thước của mỗi bước thời gian).
Brian Diggs

1
Nó phức tạp hơn thế một chút phải không? Nó sẽ là O (N ^ 2) nếu bạn đang nghiên cứu các hệ thống mà không bị cắt; O (N log N) nếu bạn đang thực hiện các hệ thống không tích điện với hệ thống cắt hoặc hệ thống tính phí với các phương pháp dựa trên lưới.
aeismail
Khi sử dụng trang web của chúng tôi, bạn xác nhận rằng bạn đã đọc và hiểu Chính sách cookieChính sách bảo mật của chúng tôi.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.