Câu hỏi được gắn thẻ «molecular-dynamics»

Tôi đã chạy mã động lực phân tử (MD) GROMACS trên cụm Ubuntu Linux bao gồm các nút chứa 24 CPU Intel Xeon. Điểm quan tâm đặc biệt của tôi hóa ra hơi nhạy cảm với độ chính xác số học dấu phẩy động, vì vậy tôi đã phải chạy …

17 hpc  floating-point  molecular-dynamics  gpu 

Tôi muốn biết nếu có một cách nhanh chóng để tính khoảng cách Euclide của hai vectơ trong Octave. Có vẻ như không có chức năng đặc biệt nào cho việc đó, vậy tôi có nên sử dụng công thức với sqrtkhông?

16 octave  discretization  nonlinear-equations  newton-method  visualization  fluid-dynamics  mesh-generation  finite-element  finite-volume  optimization  algorithms  approximation  fluid-dynamics  navier-stokes  comsol  modeling  optimization  sparse-matrix  matrix  condition-number  visualization  matlab  quadrature  blas  intel-mkl  finite-element  gpu  discontinuous-galerkin  mathematica  optimization  convex-optimization  algorithms  reference-request  matlab  statistics  finite-element  numerical-analysis  petsc  molecular-dynamics  machine-learning  statistics  visualization  open-source  statistics  image-processing  visualization  python  petsc  finite-element  fluid-dynamics  stability  navier-stokes  incompressible 

Tôi đang chạy mô phỏng động lực phân tử (MD) bằng cách sử dụng một số gói phần mềm, như Gromacs và DL_POLY. Gromacs hiện hỗ trợ cả thuật toán phân rã hạt và phân tách miền. Theo mặc định, mô phỏng Gromacs sử dụng phân rã miền, mặc dù …

15 parallel-computing  efficiency  molecular-dynamics  simulation 

Tôi chưa quen với mô phỏng động lực phân tử (MD). Sự phức tạp của một mô phỏng động lực phân tử về thời gian mô phỏng là gì? Nói cách khác, nếu tôi muốn tăng thời gian mô phỏng từ 10 nano giây lên 20 nano giây, tôi có …

14 molecular-dynamics  complexity 

Trong một hệ thống cần bảo toàn năng lượng về mặt lý thuyết, mô phỏng chính xác nhất sẽ bảo tồn năng lượng (cũng như đưa ra các vị trí, vận tốc chính xác, v.v.). RK4 chính xác hơn bước nhảy vọt, nhưng bước nhảy vọt bảo tồn năng lượng …

13 computational-physics  time-integration  molecular-dynamics  runge-kutta 

Tôi đang chạy mô phỏng động lực phân tử của nước cho mục đích thử nghiệm. Chiếc hộp khá nhỏ, nếu bạn hỏi một anh chàng chạy MD cổ điển và tương đối lớn, nếu bạn hỏi một anh chàng DFT: Tôi có 58 phân tử nước trong điều kiện …

9 molecular-dynamics  density-functional-theory 

Tôi đang cố gắng tối ưu hóa một số tham số trường lực trong khung phân tử để kết quả mô phỏng đến gần nhất có thể với cấu trúc thí nghiệm. Trước đây, tôi đã viết một thuật toán di truyền trong đó về cơ bản tôi lấy mẫu …

8 optimization  molecular-dynamics  conjugate-gradient 

Tôi đang cố gắng làm MD trên hơi nước. Theo tôi biết có tồn tại một số mô hình nước cho nước lỏng, chẳng hạn như SPC, SPC / E, TIP3P, nhưng chúng cũng sẽ áp dụng cho trạng thái hơi của nước? Và sự khác biệt của mô phỏng …

8 molecular-dynamics