Các khoản tài trợ thường yêu cầu phân tích công suất để hỗ trợ cỡ mẫu được đề xuất. Trong proteomics (và hầu hết -omics), có từ 100 đến 1000 tính năng / biến được đo trên 10 mẫu (có thể là 100, nhưng không thể). Ngoài ra, người ta biết rằng một số đơn vị đo lường này (ví dụ, số lượng phổ protein) không được phân phối bình thường và vì vậy chúng tôi sẽ sử dụng thử nghiệm không tham số để phân tích. Tôi đã thấy sức mạnh của cỡ mẫu được xác định khi giả sử một phép đo duy nhất và giả sử thử nghiệm t, nhưng tôi không nghĩ rằng điều này là hoàn toàn chính xác. Một vấn đề khác với số lượng quang phổ cụ thể là mỗi tính năng của 100 trong các thang đo rất khác nhau với các lỗi rất khác nhau (các giá trị lớn hơn có ít lỗi hơn). [Vấn đề này được mô tả độc đáo trong mô hình thay đổi giới hạn, Mutch et al., 2002 ]
Điều gì sẽ là cách thích hợp để xác định sức mạnh của cỡ mẫu được đề xuất với một số giả định về FDR và thay đổi lần chấp nhận được? Sử dụng công cụ ở đây tôi đã có thể xác định như sau:
- 300 gen
- 3 dương tính giả
- 1,4 lần khác biệt
- 0,8 công suất mong muốn
- 0,7
yêu cầu cỡ mẫu cho mỗi nhóm 49.
Điều này rất hữu ích vì tôi đang đề xuất thiết kế 50v50, biết rằng thay đổi 1,4 lần được chấp nhận khá nhiều, 1% FDR vẫn ổn và tôi có thể sẽ đo được 300 protein trong thí nghiệm này. Vấn đề tính toán công suất hoặc kích thước mẫu này sẽ tiếp tục xảy ra, vì vậy sẽ rất tốt nếu có một cách tiếp cận được tham chiếu.
EDIT: Tôi đọc được nơi một đồng nghiệp đề xuất mô hình số lượng phổ từ các phân phối nhị thức âm tính bằng cách sử dụng hàm khả năng theo sau là một bài kiểm tra Wald. Về cơ bản sử dụng dữ liệu sơ bộ để có được ước tính phương sai protein và sau đó tính toán các thay đổi có thể phát hiện được giữa các nhóm cho mỗi lượng tử. Ngoài ra còn có một đầu vào FDR (alpha). Vì vậy, với công suất> 80% và đặt kích thước mẫu, họ có thể xác định các thay đổi có thể phát hiện được cho phương sai thấp nhất 25%, phương sai nhỏ hơn 50% và phương sai cao nhất 25%. Vấn đề là tôi không biết làm thế nào họ làm điều này. Không chắc chắn nếu chia sẻ phương pháp này sẽ giúp bất cứ ai có câu trả lời có thể.