Thiết kế mô hình hiệu ứng hỗn hợp với một biến lấy mẫu

Tôi đang cố gắng chỉ định một công thức cho mô hình hiệu ứng hỗn hợp tuyến tính (với lme4) cho thiết kế thử nghiệm của mình, nhưng tôi không chắc là mình đang làm đúng.

Thiết kế: về cơ bản tôi đang đo một tham số đáp ứng trên cây trồng. Tôi có 4 cấp độ điều trị, và 2 cấp độ tưới. Các nhà máy được nhóm thành 16 ô, trong mỗi ô tôi lấy mẫu 4 ô phụ. Trong mỗi ô phụ tôi thực hiện từ 15 đến 30 quan sát (tùy thuộc vào số lượng thực vật được tìm thấy). Đó là, có tổng cộng 1500 hàng.

Ban đầu, mức subplot chỉ ở đây cho mục đích lấy mẫu, nhưng tôi nghĩ rằng tôi muốn đưa nó vào tài khoản trong mô hình (như một biến 64 cấp) vì tôi thấy có rất nhiều biến đổi từ âm mưu phụ này sang âm mưu khác , thậm chí bên trong cùng một âm mưu (lớn hơn độ biến thiên giữa các ô).

Ý tưởng đầu tiên của tôi là viết:

library(lme4)
fit <- lmer(y ~ treatment*irrigation + (1|subplot/plot), data=mydata)

hoặc là

fit <- lmer(y ~ treatment*irrigation + (1|subplot) + (1|plot), data=mydata)

Đúng không? Tôi không chắc chắn nếu tôi phải giữ cả hai cấp độ cốt truyện / subplot trong công thức của mình. Không có hiệu ứng cố định là đáng kể nhưng các hiệu ứng ngẫu nhiên là rất đáng kể.

Mô hình của bạn nên được viết là

fit <- lmer(y ~ treatment*irrigation + (1|plot/subplot), data=mydata)

như các ô con được lồng trong trang web. mặc dù (1|plot)+ (1|subplot)sẽ hoạt động nếu các ô con được dán nhãn duy nhất (ví dụ 1A, 1B, 1C, ..., 2A, 2B, 2C thay vì A, B, C ..., A, B, C). Chương sách của tôi từ Fox et al. Thống kê sinh thái mô tả một ví dụ về làm tổ:

Mặt khác, trong ví dụ đánh dấu, mỗi con gà chỉ xuất hiện trong một con cái và mỗi con bố mẹ chỉ xảy ra ở một địa điểm: đặc điểm kỹ thuật mô hình là (1 | SITE/BROOD/INDEX), được đọc là gà con (INDEX) được lồng trong ổ gà được lồng trong trang web, hay hoặc tương đương (1 | SITE) + (1 | SITE:BROOD) + (1 | SITE:BROOD:INDEX). Nếu gà con và gà con được dán nhãn duy nhất, để phần mềm có thể phát hiện lồng, (1 | SITE) + (1 | BROOD) + (1 | INDEX)cũng sẽ hoạt động (không sử dụng (1 | SITE) + (1 | SITE/BROOD) + (1 | SITE/BROOD/INDEX); nó sẽ dẫn đến các thuật ngữ dư thừa trong mô hình).

Những suy nghĩ khác:

• thêm thông tin về thông số kỹ thuật lồng và mô hình tại http://glmm.wikidot.com/faq
• phương pháp điều trị tưới tiêu của bạn có thực sự được tổ chức như thể hiện trong sơ đồ trên, tức là không xen kẽ? Hoặc đó chỉ là để thuận tiện cho việc trình bày đồ họa? Nếu trước đây, thì bạn có một thiết kế thử nghiệm tiềm ẩn vấn đề ...
• Do các ô con được lồng trong các trang web, nên sẽ rất tốt (theo Murtaugh 2007 Ecology "Đơn giản và phức tạp trong phân tích dữ liệu sinh thái" ) để lấy ý nghĩa của cốt truyện và phân tích dữ liệu ở cấp độ âm mưu.
• Đối với những gì nó có giá trị, tôi nghĩ rằng bạn có thể đi xa hơn và tổng hợp đến cấp độ cốt truyện; sau đó bạn có thể bỏ qua các mô hình hỗn hợp hoàn toàn và chỉ cần làmlm(y~treatment*irrigation, data=my_aggregated_data)