Biến phụ thuộc phát sinh gen: ANOVA?


13

Tôi hiểu việc tạo ra một ma trận hiệp phương sai từ dữ liệu phát sinh gen để tạo cho hai biến bạn đang thực hiện hồi quy. Nhưng điều gì xảy ra nếu bạn có một biến liên tục, mà trước đây bạn đã chứng minh là phụ thuộc vào phylogeny và một biến thứ tự? Cái thứ hai là thứ tự, tôi không chắc làm thế nào để liên hệ điều này với cách mà sự phụ thuộc phát sinh gen dẫn đến thống kê thử nghiệm sai lệch.cov(X,Y)= =0

Có ý nghĩa khi tính toán Độ tương phản độc lập Phylogenetic của Felsenstein trên biến liên tục của bạn và sử dụng chúng cho ANOVA của bạn không?

Giá trị PIC là:

CTôij= =(XTôi-Xj)dTôij

Trong đó X đối với loài i , X jX đối với loài jd i j là khoảng cách cặp giữa loài ij trên cây phát sinh gen.XTôiXTôi,XjXjdTôijTôij


1
Có đủ các thống kê được áp dụng tại CrossValidated mà chúng tôi có thể muốn xem xét việc di chuyển này đến trang web thống kê.
Daniel Standage

2
Tôi muốn giới thiệu danh sách gửi thư r-sig-phylo ( stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-phylo ). Ngay cả khi bạn không sử dụng R cho phân tích của mình, bạn sẽ nhận được câu trả lời rất tốt cho câu hỏi của mình.
kmm

Câu trả lời:


1

Bước đầu tiên tôi muốn giới thiệu là giới thiệu một biến giả cho mỗi lớp thứ tự (xem các bình luận tại https://www.google.com/url?sa=t&source=web&rct=j&ei=B9r5U67pH8vfsASwq4GADQ&url=http://www.uta .edu / giảng viên ) và vẽ các phương tiện tương ứng từ việc phân tích biến giả hồi quy. Bạn cũng có thể kiểm tra xu hướng trong các biến giả. Bạn cũng sắp xếp lại thứ tự biến thứ tự theo độ lớn ước tính tương ứng của các biến giả để phân tích tiếp theo nếu có sự biện minh trước (để xem dữ liệu hiện tại) để thực hiện.

Giả sử phân tích trước đó thiếu hiệu ứng xu hướng ngày càng tăng (không nhất thiết là tuyến tính) và kết hợp bất kỳ thứ tự có thể hỗ trợ nào trong chính biến thứ tự, một cách tiếp cận thú vị cũng giải quyết các vấn đề quy phạm có thể, là thực hiện phân tích hồi quy trong đó tất cả các biến được xếp hạng, bao gồm cả biến số thứ tự. Một lý do cho sự điên rồ này, để trích dẫn từ Wikipedia về Hệ số tương quan xếp hạng của Spearman (liên kết: http://en.m.wikipedia.org/wiki/Spearman 's_rank_correlation_coffic):

"Hệ số của Spearman, giống như bất kỳ phép tính tương quan nào, phù hợp cho cả biến liên tục và biến rời rạc, bao gồm cả biến số thứ tự. [1] [2]"

Wikipedia trình bày một ví dụ và một số cách để đánh giá lỗi tiêu chuẩn của mối tương quan xếp hạng được tính toán để kiểm tra. Lưu ý, nếu nó không khác biệt về mặt thống kê so với số không, thì một phiên bản được chia tỷ lệ, như trong hồi quy tính toán dựa trên các cấp bậc, tương tự, không đáng kể.

Tôi sẽ tiếp tục bình thường hóa các cấp bậc này (chia cho số lượng quan sát), đưa ra một diễn giải định lượng mẫu có thể (lưu ý, có thể có các tinh chỉnh trong việc xây dựng phân phối theo kinh nghiệm cho dữ liệu được đề cập). Tôi cũng sẽ thực hiện một mối tương quan đơn giản giữa y và một biến số biến đổi đã cho để hướng của xếp hạng đã chọn của bạn (ví dụ: 1 đến 4 so với 4 đến 1), tạo ra một dấu hiệu cho tương quan xếp hạng có ý nghĩa trực quan trong ngữ cảnh nghiên cứu của bạn.

[Chỉnh sửa] Xin lưu ý rằng các mô hình ANOVA có thể được trình bày ở định dạng hồi quy với ma trận thiết kế phù hợp và với bất kỳ mô hình hồi quy tiêu chuẩn nào bạn điều tra, chủ đề trung tâm là phân tích dựa trên trung bình của Y cho X. Tuy nhiên, trong một số ngành như sinh thái học, một trọng tâm khác nhau về quan hệ hồi quy ngụ ý ở các lượng tử khác nhau, bao gồm cả trung vị, đã chứng minh có kết quả. Rõ ràng trong sinh thái học có nghĩa là các hiệu ứng có thể nhỏ, nhưng không nhất thiết là như vậy ở các lượng tử khác. Lĩnh vực này được gọi là hồi quy lượng tử. Tôi sẽ đề nghị bạn sử dụng nó để bổ sung cho phân tích hiện tại của bạn. Để tham khảo, bạn có thể thấy Tài liệu 213-30, "Giới thiệu về hồi quy lượng tử và thủ tục QUANTREG" của Colin (Lin) Chen tại Viện SAS hữu ích.

Đây cũng là một nguồn về việc sử dụng các biến đổi thứ hạng: "Việc sử dụng biến đổi thứ hạng trong hồi quy" của Ronald L. Iman và WJ Conover, được xuất bản trên Technometrics, Tập 21, Số 4, Tháng 11, 1979. Bài báo lưu ý rằng hồi quy sử dụng biến đổi thứ hạng dường như hoạt động khá tốt trên dữ liệu đơn điệu. Ý kiến ​​này cũng được chia sẻ bởi các chuyên gia về độ tin cậy, người phát biểu trên một tạp chí trực tuyến, để trích dẫn: "Phương pháp ước lượng hồi quy xếp hạng là khá tốt cho các chức năng có thể được tuyến tính hóa". Nguồn: "Độ tin cậy Hotwire, Số 10, tháng 12, 2010.


một người dùng ẩn danh đã cố gắng thực hiện các chỉnh sửa khá rộng rãi (IMO) cho bài đăng của bạn. Nếu bạn không đồng ý với họ, bạn có thể khôi phục họ bằng cách nhấp vào liên kết "đã chỉnh sửa __ trước", tìm phiên bản cuối cùng bạn thích và nhấp vào "rollback".
gung - Phục hồi Monica

0

Một thử nghiệm ANOVA phát sinh gen được phát triển bởi Garland và cộng sự. (1993) , và được thực hiện trong phy.anovachức năng trong geigergói. Phương pháp này tạo ra các giá trị p được hiệu chỉnh cho sự không độc lập của phylogenetic bằng cách tạo ra một phân phối null dựa trên mô phỏng tiến hóa trên phylogeny.

Khi sử dụng trang web của chúng tôi, bạn xác nhận rằng bạn đã đọc và hiểu Chính sách cookieChính sách bảo mật của chúng tôi.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.