Tôi rất thích thực hiện bài kiểm tra hậu hoc TukeyHSD sau Anova hai chiều của tôi với R, thu được một bảng chứa các cặp được sắp xếp được nhóm theo sự khác biệt đáng kể. (Xin lỗi về từ ngữ, tôi vẫn còn mới với số liệu thống kê.)
Tôi muốn có một cái gì đó như thế này:
Vì vậy, được nhóm với các ngôi sao hoặc chữ cái.
Bất kỳ ý tưởng? Tôi đã kiểm tra chức năng HSD.test()từ agricolaegói, nhưng có vẻ như nó không xử lý các bảng hai chiều.
Câu trả lời:
Các agricolae::HSD.testchức năng thực hiện chính xác đó, nhưng bạn sẽ cần phải để cho nó biết rằng bạn đang quan tâm đến một thuật ngữ tương tác . Dưới đây là một ví dụ với bộ dữ liệu Stata:
library(foreign)
yield <- read.dta("http://www.stata-press.com/data/r12/yield.dta")
tx <- with(yield, interaction(fertilizer, irrigation))
amod <- aov(yield ~ tx, data=yield)
library(agricolae)
HSD.test(amod, "tx", group=TRUE)Điều này cho kết quả hiển thị dưới đây:
Groups, Treatments and means
a 2.1 51.17547
ab 4.1 50.7529
abc 3.1 47.36229
bcd 1.1 45.81229
cd 5.1 44.55313
de 4.0 41.81757
ef 2.0 38.79482
ef 1.0 36.91257
f 3.0 36.34383
f 5.0 35.69507 Chúng khớp với những gì chúng ta sẽ có được với các lệnh sau:
. webuse yield
. regress yield fertilizer##irrigation
. pwcompare fertilizer#irrigation, group mcompare(tukey)
-------------------------------------------------------
| Tukey
| Margin Std. Err. Groups
----------------------+--------------------------------
fertilizer#irrigation |
1 0 | 36.91257 1.116571 AB
1 1 | 45.81229 1.116571 CDE
2 0 | 38.79482 1.116571 AB
2 1 | 51.17547 1.116571 F
3 0 | 36.34383 1.116571 A
3 1 | 47.36229 1.116571 DEF
4 0 | 41.81757 1.116571 BC
4 1 | 50.7529 1.116571 EF
5 0 | 35.69507 1.116571 A
5 1 | 44.55313 1.116571 CD
-------------------------------------------------------
Note: Margins sharing a letter in the group label are
not significantly different at the 5% level.Các multcomp gói cũng cung cấp hình dung tượng trưng ( 'hiển thị thư compact', xem thuật toán cho Displays nhỏ gọn Letter: So sánh và đánh giá để biết thêm chi tiết) so sánh cặp đáng kể, mặc dù nó không trình bày chúng trong một định dạng bảng. Tuy nhiên, nó có một phương pháp vẽ cho phép hiển thị kết quả một cách thuận tiện bằng cách sử dụng các ô vuông. Trình tự trình bày cũng có thể được thay đổi (tùy chọn decreasing=) và nó có nhiều tùy chọn hơn cho nhiều so sánh. Ngoài ra còn có gói multcompView mở rộng các chức năng đó.
Đây là ví dụ tương tự được phân tích với glht:
library(multcomp)
tuk <- glht(amod, linfct = mcp(tx = "Tukey"))
summary(tuk) # standard display
tuk.cld <- cld(tuk) # letter-based display
opar <- par(mai=c(1,1,1.5,1))
plot(tuk.cld)
par(opar)Điều trị chia sẻ cùng một chữ cái không khác biệt đáng kể, ở mức độ được chọn (mặc định, 5%).
Ngẫu nhiên, có một dự án mới, hiện đang được lưu trữ trên R-Forge, có vẻ đầy hứa hẹn: Factplot . Nó bao gồm hiển thị dòng và chữ, cũng như tổng quan về ma trận (thông qua biểu đồ mức) của tất cả các so sánh theo cặp. Một bài báo làm việc có thể được tìm thấy ở đây: Factplot: Cải thiện trình bày về sự tương phản đơn giản trong GLM
insert_absorb()đó cố gắng trích xuất cặp phương pháp điều trị. Có lẽ bạn có thể thử thay đổi dấu phân cách bạn đã sử dụng cho các mức mã hóa của thuật ngữ tương tác của bạn? Không có ví dụ hoạt động, thật khó để nói chuyện gì đã xảy ra.
console=TRUEvào HSD.test()để có được các bảng, trong trường hợp ai đó thử điều này và không thấy kết quả. Có lẽ là một bản cập nhật của agricolae.
Có một hàm được gọi là TukeyHSD, theo tệp trợ giúp, tính toán một tập các khoảng tin cậy về sự khác biệt giữa các phương tiện của các yếu tố với xác suất bảo hiểm khôn ngoan của gia đình được chỉ định. Các khoảng thời gian được dựa trên thống kê phạm vi Sinh viên, phương pháp "Khác biệt đáng kể trung thực" của Tukey. Điều này có làm những gì bạn muốn?
http://stat.ethz.ch/R-manual/R-patched/lvern/stats/html/TukeyHSD.html