Có một hàm R sẽ tính toán ma trận độ không tương tự cosin không? [đóng cửa]

Tôi muốn tạo một bản đồ nhiệt với phân cụm hàng dựa trên khoảng cách cosin. Tôi đang sử dụng R và heatmap.2()để tạo ra con số. Tôi có thể thấy rằng có một disttham số trong heatmap.2nhưng tôi không thể tìm thấy một hàm để tạo ma trận độ không tương tự cosin. Hàm dựng sẵn distkhông hỗ trợ khoảng cách cosine, tôi cũng tìm thấy một gói được gọi arulesvới dissimilarity()hàm nhưng nó chỉ hoạt động trên dữ liệu nhị phân.

Như @Max đã chỉ ra trong các nhận xét (+1), việc viết "của riêng bạn" sẽ đơn giản hơn so với việc dành thời gian tìm kiếm nó ở một nơi khác. Như chúng ta đã biết, độ tương tự cosin giữa hai vectơ có độ dài là$A,B$$n$

đó là đơn giản để tạo ra trong R. Hãy Xlà ma trận trong đó các hàng là các giá trị chúng ta muốn tính toán độ tương tự giữa. Sau đó, chúng ta có thể tính toán ma trận tương tự với Rđoạn mã sau :

cos.sim <- function(ix) 
{
    A = X[ix[1],]
    B = X[ix[2],]
    return( sum(A*B)/sqrt(sum(A^2)*sum(B^2)) )
}   
n <- nrow(X) 
cmb <- expand.grid(i=1:n, j=1:n) 
C <- matrix(apply(cmb,1,cos.sim),n,n)

Sau đó, ma trận Clà ma trận tương tự cosine và bạn có thể chuyển nó tới bất kỳ chức năng bản đồ nhiệt nào bạn thích (cách duy nhất tôi quen thuộc là image()).

Bạn có thể sử dụng cosinechức năng từ gói lsa:
http://cran.r-project.org/web/packages/lsa

Hàm sau có thể hữu ích khi làm việc với ma trận, thay vì vectơ 1-d:

# input: row matrices 'ma' and 'mb' (with compatible dimensions)
# output: cosine similarity matrix

cos.sim=function(ma, mb){
  mat=tcrossprod(ma, mb)
  t1=sqrt(apply(ma, 1, crossprod))
  t2=sqrt(apply(mb, 1, crossprod))
  mat / outer(t1,t2)
}

Một số câu trả lời ở trên là tính toán không hiệu quả, hãy thử điều này;

Đối với ma trận tương tự cosin

Matrix <- as.matrix(DF)
sim <- Matrix / sqrt(rowSums(Matrix * Matrix))
sim <- sim %*% t(sim)

Chuyển đổi sang ma trận không tương đồng cosine (ma trận khoảng cách).

D_sim <- as.dist(1 - sim)

Tăng cường một số mã trước đó (từ @Macro) về vấn đề này, chúng tôi có thể gói mã này thành phiên bản sạch hơn sau:

df <- data.frame(t(data.frame(c1=rnorm(100),
                              c2=rnorm(100),
                              c3=rnorm(100),
                              c4=rnorm(100),
                              c5=rnorm(100),
                              c6=rnorm(100))))

#df[df > 0] <- 1
#df[df <= 0] <- 0



apply_cosine_similarity <- function(df){
  cos.sim <- function(df, ix) 
  {
    A = df[ix[1],]
    B = df[ix[2],]
    return( sum(A*B)/sqrt(sum(A^2)*sum(B^2)) )
  }   
  n <- nrow(df) 
  cmb <- expand.grid(i=1:n, j=1:n) 
  C <- matrix(apply(cmb,1,function(cmb){ cos.sim(df, cmb) }),n,n)
  C
}
apply_cosine_similarity(df)

Hi vọng điêu nay co ich!