R: tính tương quan theo nhóm

Trong R, tôi có một khung dữ liệu bao gồm nhãn lớp C (một yếu tố) và hai phép đo, M1 và M2 . Làm cách nào để tính toán mối tương quan giữa M1 và M2 trong mỗi lớp?

Lý tưởng nhất là tôi lấy lại một khung dữ liệu với một hàng cho mỗi lớp và hai cột: nhãn lớp C và mối tương quan.

Gói plyr là con đường để đi.

Đây là một giải pháp đơn giản:

xx <- data.frame(group = rep(1:4, 100), a = rnorm(400) , b = rnorm(400) )
head(xx)

require(plyr)
func <- function(xx)
{
return(data.frame(COR = cor(xx$a, xx$b)))
}

ddply(xx, .(group), func)

Đầu ra sẽ là:

  group         COR
1     1  0.05152923
2     2 -0.15066838
3     3 -0.04717481
4     4  0.07899114

Nếu bạn có xu hướng sử dụng các chức năng trong gói cơ sở, bạn có thể sử dụng bychức năng đó, sau đó lắp lại dữ liệu:

xx <- data.frame(group = rep(1:4, 100), a = rnorm(400) , b = rnorm(400) )
head(xx)

# This returns a "by" object
result <- by(xx[,2:3], xx$group, function(x) {cor(x$a, x$b)})

# You get pretty close to what you want if you coerce it into a data frame via a matrix
result.dataframe <- as.data.frame(as.matrix(result))

# Add the group column from the row names
result.dataframe$C <- rownames(result)

Một ví dụ khác sử dụng các gói cơ sở và dữ liệu ví dụ của Tal:

DataCov <- do.call( rbind, lapply( split(xx, xx$group),
             function(x) data.frame(group=x$group[1], mCov=cov(x$a, x$b)) ) )

Sử dụng data.table ngắn hơn dplyr

dt <- data.table(xx)
dtCor <- dt[, .(mCor = cor(M1,M2)), by=C]

Đây là một phương pháp tương tự sẽ cung cấp cho bạn một bảng có các giá trị n và p cho mỗi tương quan (làm tròn đến 3 chữ số thập phân để thuận tiện):

library(Hmisc)
corrByGroup <- function(xx){
  return(data.frame(cbind(correl = round(rcorr(xx$a, xx$b)$r[1,2], digits=3),
                          n = rcorr(xx$a, xx$b)$n[1,2],
                          pvalue = round(rcorr(xx$a, xx$b)$P[1,2], digits=3))))
}

Đây là một giải pháp hiện đại hơn, sử dụng dplyrgói (chưa tồn tại khi câu hỏi được hỏi):

Xây dựng đầu vào:

xx <- data.frame(group = rep(1:4, 100), a = rnorm(400) , b = rnorm(400) )

Tính toán các mối tương quan:

library(dplyr)
xx %>%
  group_by(group) %>%
  summarize(COR=cor(a,b))

Đầu ra:

Source: local data frame [4 x 2]

  group         COR
  (int)       (dbl)
1     1  0.05112400
2     2  0.14203033
3     3 -0.02334135
4     4  0.10626273