Thiết lập Sweave, R, latex, Eclipse StatET [đã đóng]

Vài ngày trước tôi đã thấy một bài đăng về cách thiết lập SweaveR, cho phép người dùng trực tiếp xuất những thứ như bảng, biểu đồ, v.v. vào latex. Tôi không thể làm theo chỉ dẫn.

Bất cứ ai cũng có thể đưa ra hướng dẫn từng bước về cách thực hiện trên cả Mac và Windows?

Tôi sử dụng Eclipse / StatEt để tạo tài liệu với Sweave và LaTex và thấy Eclipse hoàn hảo như một môi trường chỉnh sửa. Tôi có thể giới thiệu các hướng dẫn sau:

• Hướng dẫn pdf của Longhow Lam
• Bài đăng của Jeromy Anglim (Lưu ý điều này bao gồm thông tin về việc cài đặt gói RJ cần thiết cho các phiên bản mới nhất của StatEt.)

Tôi cũng sử dụng MikTex trên Windows và thấy mọi thứ hoạt động rất tốt sau khi thiết lập. Có một vài câu hỏi và câu trả lời hay về Stack Overflow .

Đối với tôi, tôi thấy rằng Eclipse là quá mức cần thiết để tạo ra các bài báo khoa học. Vì vậy, đối với Windows, những gì tôi đã làm là như sau: Cài đặt Miktex 2.8 (? Không chắc chắn về phiên bản). Đảm bảo rằng bạn cài đặt Miktex vào một thư mục như C: \ Miktex, vì latex ghét đường dẫn tệp có khoảng trắng trong đó. Đảm bảo chọn tùy chọn để cài đặt các gói một cách nhanh chóng.

Ngoài ra, hãy đảm bảo rằng R được cài đặt ở đâu đó mà latex có thể tìm thấy tức là trong một đường dẫn không có khoảng trắng. Tôi đã cài đặt trung tâm TechNix làm chương trình của mình để viết tài liệu, nhưng có nhiều thứ khác như WinEdt, nhật thực, texmaker hoặc Emacs. Bây giờ, hãy đảm bảo rằng bạn có \ usepackage {Sweave} và usepackage {Graphicsx} trong phần mở đầu của bạn. Như tôi chắc chắn bạn biết, bạn cần đặt <> = ở đầu đoạn R của bạn và kết thúc nó bằng @. Bạn sẽ cần gói xtable hoặc Hmisc để chuyển đổi các đối tượng R sang định dạng latex.

Tôi thích xtable, nhưng có lẽ bạn sẽ cần phải thực hiện một chút thao tác để đưa nó vào một hình thức mà xtable sẽ chấp nhận (đầu ra lm, khung dữ liệu, ma trận). Khi chèn một bảng, hãy đảm bảo đặt tùy chọn results = tex vào phần mở đầu của bạn cho đoạn mã và nếu bạn cần một hình, hãy đảm bảo rằng tùy chọn fig = TRUE cũng ở đó. Bạn cũng chỉ có thể tạo một con số trên mỗi khối, vì vậy hãy ghi nhớ điều đó. Một điều cần hết sức cẩn thận là mã R nằm ở cực bên trái của trang, vì nếu nó được đặt trong một môi trường thì nó sẽ bị bỏ qua (điều này khiến tôi mất nhiều thời gian để tìm ra).

Bạn cần lưu tệp dưới dạng .Rnw - đảm bảo rằng bất kỳ chương trình tex nào bạn sử dụng không nối thêm .tex sau này, vì điều này sẽ gây ra sự cố.

Sau đó, hoặc chạy R CMD Sweave foo.Rnw từ dòng lệnh hoặc từ bên trong R chạy Sweave ("foo.Rnw"). Chắc chắn nó sẽ thất bại tại một số điểm (đặc biệt là nếu bạn chưa làm điều này trước đây) vì vậy chỉ cần gỡ lỗi tệp .Rnw của bạn, rửa sạch và lặp lại.

Nếu đây là lần đầu tiên bạn thực hiện việc này, việc mã hóa tất cả các phân tích R từ bên trong r sẽ dễ dàng hơn, sau đó sử dụng các câu lệnh in để chèn chúng vào LaTex. Tuy nhiên, tôi không khuyến nghị đây là một ý tưởng hay, vì nếu bạn phát hiện ra rằng tệp dữ liệu của bạn có lỗi ở cuối quy trình này (như tôi đã làm vào cuối tuần trước) thì bạn sẽ cần phải chạy lại tất cả các phân tích của mình, nếu bạn có thể đúng từ trong latex từ đầu, có thể tránh được.

Ngoài ra, tính toán Sweave có thể mất một chút thời gian, vì vậy bạn có thể muốn sử dụng gói R cacheSweave để lưu các phân tích chạy lại. Rõ ràng phần nổi bật của gói R cho phép mã hóa màu của mã R trong các tài liệu, nhưng tôi chưa sử dụng điều này.

Tôi chưa bao giờ sử dụng latex hoặc R trên máy Mac, vì vậy tôi sẽ để lại lời giải thích đó cho người khác. Hi vọng điêu nay co ich.

RStudio (rstudio.org) làm cho mọi thứ khá dễ dàng khi giả sử LaTeX đã được cài đặt trên hệ thống của bạn. Có một nút PDF chạy mã thông qua Sweave sau đó chạy nó qua pdflatex và khởi chạy trình xem pdf.

Tôi đã cài đặt bộ này khá gần đây và làm theo hướng dẫn theo hướng dẫn ở đây .

Có liên kết đến tất cả các thành phần phần mềm cần thiết. Tôi sử dụng MiKTex cho tất cả các thành phần LaTex.

Có một vài cạm bẫy nếu bạn dự định sử dụng các cửa sổ 64 bit vì bạn sẽ cần thời gian chạy java 64 bit bổ sung. Điều này khá dễ khắc phục nếu bạn truy cập java.com trong IE 64 bit và xác minh cài đặt của bạn, nó sẽ chỉ cho bạn trình cài đặt 64 bit rất khó tìm.

Để tránh bị lẫn lộn với các biến đường dẫn, tôi chỉ cần trích xuất thư mục nhật thực trong C: \ Program Files vì ​​đây là nơi java sống và 64-bit R. Từ đây, các tùy chọn cấu hình trong nhật thực có thể dễ dàng chạy tự động và tìm các tham số thích hợp.

Tôi hi vọng cái này giúp được.