Những thử nghiệm thống kê nào nên được sử dụng để kiểm tra làm giàu danh sách gen?

Tôi đã thực hiện một thí nghiệm để kiểm tra độ nhạy của tế bào với một tác nhân gây tổn hại DNA nhất định. Chúng tôi đã tìm thấy 270 gen đặc biệt nhạy cảm với thuốc và tổng số gen được phân tích là 3658. 38 trong số 270 gen nhạy cảm được phân loại là "gen sửa chữa DNA". Nếu số lượng "gen sửa chữa DNA" có trong bộ gen là 112 và tổng số gen trong bộ gen là 3658, thì các gen nhạy cảm có làm giàu gen sửa chữa DNA không? Những kiểm tra thống kê nên được sử dụng? Tôi sẽ đánh giá cao nếu bạn cũng có thể cho tôi biết một số công cụ để tính giá trị p trực tuyến.

Thực hành tiêu chuẩn để kiểm tra làm phong phú danh sách gen là thực hiện kiểm tra siêu âm hoặc, tương đương, kiểm tra chính xác một phía của Fisher . Bạn có bảng dự phòng 2 × sau đây :$2\times2$

Bạn có thể thực hiện bài kiểm tra Rnhư sau:

fisher.test(matrix(c(38,74,232,3324),nrow=2,ncol=2),alternative="greater")

Điều này mang lại một kết quả rất có ý nghĩa:

Fisher's Exact Test for Count Data

data:  matrix(c(38, 74, 232, 3324), nrow = 2, ncol = 2) 
p-value < 2.2e-16
alternative hypothesis: true odds ratio is greater than 1 
95 percent confidence interval:
5.062107      Inf 
sample estimates:
odds ratio 
7.34918

Lưu ý rằng vì chúng tôi đang kiểm tra biểu diễn quá mức (thay vì dưới đại diện), alternativetham số được đặt thành "greater".