Phân tích tổng hợp trong R bằng gói metafor

Tôi nên cú pháp rmahàm từ gói metafor như thế nào để có kết quả trong ví dụ thực tế sau đây về phân tích tổng hợp nhỏ? (hiệu ứng ngẫu nhiên, SM thống kê tóm tắt)

study,      mean1, sd1,    n1,  mean2,  sd2,   n2

Foo2000,    0.78,  0.05,   20,  0.82,   0.07,  25    
Sun2003,    0.74,  0.08,   30,  0.72,   0.05,  19    
Pric2005,   0.75,  0.12,   20,  0.74,   0.09,  29    
Rota2008,   0.62,  0.05,   24,  0.66,   0.03,  24    
Pete2008,   0.68,  0.03,   10,  0.68,   0.02,  10

r meta-analysis

— Tuyệt vọng
nguồn

Tạo một cách thích hợp data.frame:

df <- structure(list(study = structure(c(1L, 5L, 3L, 4L, 2L), .Label = c("Foo2000", 
"Pete2008", "Pric2005", "Rota2008", "Sun2003"), class = "factor"), 
    mean1 = c(0.78, 0.74, 0.75, 0.62, 0.68), sd1 = c(0.05, 0.08, 
    0.12, 0.05, 0.03), n1 = c(20L, 30L, 20L, 24L, 10L), mean2 = c(0.82, 
    0.72, 0.74, 0.66, 0.68), sd2 = c(0.07, 0.05, 0.09, 0.03, 
    0.02), n2 = c(25L, 19L, 29L, 24L, 10L)), .Names = c("study", 
"mean1", "sd1", "n1", "mean2", "sd2", "n2"), class = "data.frame", row.names = c(NA, 
-5L))

Chạy các rmachức năng:

library(metafor)
rma(measure = "SMD", m1i = mean1, m2i = mean2, 
    sd1i = sd1, sd2i = sd2, n1i = n1, n2i = n2, 
    method = "REML", data = df)

Xin lưu ý rằng rmagiả định (m1i-m2i). Điều này dẫn đến phân tích tổng hợp mô hình hiệu ứng ngẫu nhiên đơn biến sau:

> rma(measure = "SMD", m1i = mean1, m2i = mean2, 
+     sd1i = sd1, sd2i = sd2, n1i = n1, n2i = n2, 
+     method = "REML", data = df)

Random-Effects Model (k = 5; tau^2 estimator: REML)

tau^2 (estimate of total amount of heterogeneity): 0.1951 (SE = 0.2127)
tau (sqrt of the estimate of total heterogeneity): 0.4416
I^2 (% of total variability due to heterogeneity): 65.61%
H^2 (total variability / within-study variance):   2.91

Test for Heterogeneity: 
Q(df = 4) = 11.8763, p-val = 0.0183

Model Results:

estimate       se     zval     pval    ci.lb    ci.ub          
 -0.2513   0.2456  -1.0233   0.3061  -0.7326   0.2300          

---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

Bạn có thể muốn thay đổi ước tính method, ví dụ method = "DL"(nhưng tôi sẽ gắn bó với REML).

— Bernd Weiss
nguồn