Không thể cài đặt gói Geojson cho R

Tôi có Ubuntu 16.04 và R 3.4.3. Khi tôi chạy

install.packages("geojson", dep=TRUE)

Trong R, tôi nhận được lỗi sau:

phụ thuộc 'protolite' không có sẵn cho gói 'Geojson'

Vì vậy tôi chạy

install.packages("protolite", dep=TRUE)

mà tôi nhận được:

Configuration failed because protobuf was not found. Try installing:
 * deb: libprotobuf-dev (Debian, Ubuntu, etc)
 * rpm: protobuf-devel (Fedora, EPEL)
 * csw: protobuf_dev (Solaris)
 * brew: protobuf (OSX)
If protobuf is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a protobuf.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'

Tuy nhiên, chạy protoc --versiontrong thiết bị đầu cuối tôi nhận được

libprotoc 2.6.1

Vì vậy, có vẻ như tôi đã cài đặt phiên bản mới nhất. Tôi cũng đã cố gắng sao chép protobuf.pctrong /usr/lib/pkconfig/và thiết lập PKG_CONFIG_PATHvới

export PKG_CONFIG_PATH=/usr/lib/pkgconfig

không có thành công Tôi không biết làm thế nào để kiểm tra nếu pkg-configlà trong tôi PATH, cũng như làm thế nào để làm theo các hướng dẫn thủ công sau. Cụ thể, tôi không biết tôi nên viết thư mục nào INCLUDE_DIR=...và LIB_DIR=....

Tôi nên tiến hành như thế nào?

— Nicu Righeriu
nguồn

Bạn đã cài đặt các libprotobuf-devgói như được đề xuất trong thông báo lỗi thứ hai? Hoặc bạn có và muốn sử dụng một phiên bản khác của thư viện đó không?

— David Foerster

vâng, nó cho tôi biết nó đã là phiên bản mới nhất

— Nicu Righeriu

Đầu ra của pkg-config --modversion --cflags --libs protobufcái gì?

— David foerster

{Bỏ qua tùy chọn đầu ra không tương thích "--cflags" Bỏ qua tùy chọn đầu ra không tương thích "--libs" 2.6.1}

— Nicu Righeriu

Huh? Điều đó thật kỳ quặc. Đầu ra của là gì which pkg-config, pkg-config --versionvà apt-cache policy pkg-config pkgconf?

— David foerster

Câu trả lời:

Tôi chỉ thấy rằng /usr/bin/pkg-config(phiên bản 0.29.1 của tôi đi kèm với Ubuntu 18.04) là siêu lỗi. Nó không nhìn vào các thư mục được đề cập trong PKG_CONFIG_PATH (các thư mục tùy chỉnh không được nhìn thấy trong phần gỡ lỗi). Tôi đã phải xây dựng phiên bản mới hơn (0.29.2) từ nguồn. Điều này đã giải quyết vấn đề của tôi.

Hy vọng nó sẽ giúp được ai đó

— Kaushik Sv
nguồn

Bạn có thể cài đặt các gói R của mình với các hành động sau

#1. add R 3.4.3 repository if not added before
cat <<EOF | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/r-cran.list
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial/
EOF

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9

#2. add repository for libjq-dev
sudo add-apt-repository -y ppa:opencpu/jq

#3. update package lists
sudo apt-get update

#4. install R and dependencies
sudo apt-get install r-base-dev r-base-core libjq-dev libcurl4-openssl-dev \
libssl-dev libprotobuf-dev libjq-dev libv8-3.14-dev protobuf-compiler

#5. launch R and install geojson package:
R
> install.packages("geojson", dep=TRUE)

— N0rbert
nguồn