23

Các gói cài đặt R 3.5.0 cho Ubuntu Xenial (16.04) chưa tồn tại trên các trang nhân bản của Ubuntu. Có phương pháp nào khác để cập nhật R lên 3.5.0 trên xen kẽ Ubuntu không? Ngoài ra, có một phương pháp khác để cập nhật R lên 3.5.0 không?

— Larry
nguồn

1

Bạn đã có một cái nhìn về hướng dẫn này ? Tác giả không nói rõ ràng ở bất cứ đâu, nhưng đây là những hướng dẫn để cài đặt 3.5

— Hee Jin

Hãy thử tại đây: Askubfox.com/questions/862403/ trên

— valiano

1

@Emily: Hướng dẫn bạn liên kết đến là về cài đặt R từ nguồn.

— krlmlr

1

@valiano: Điều này trả lời một câu hỏi khác nhau.

— krlmlr

24

R 3.5 hiện chỉ có sẵn từ PPA, vì một số gói của CRAN có vấn đề khi xây dựng với R 3.5.

Tiến hành có nguy cơ của riêng bạn.

Thủ tục làm việc cho tôi là:

Xóa tất cả r-cran-*các gói khỏi hệ thống của bạn (YMMV, tôi thường cài đặt các gói từ nguồn và có rất ít trong số này)
- Tìm kiếm với dpkg -l | grep r-cran-

Thêm PPA của Michael Rutter :

sudo add-apt-repository ppa:marutter/rrutter3.5
sudo apt-get update

Nâng cấp R
```
sudo apt install r-api-3.5
```
Cài đặt tất cả các gói bạn cần từ nguồn (đến thư viện cá nhân hoặc trang web thông qua install.packages()) hoặc bằng cách cài đặt r-cran-*gói Ubuntu tương ứng .

Tôi sử dụng tập lệnh sau để cài đặt lại tất cả các gói của tôi từ thư viện trang cá nhân của tôi cho R 3.4:
```
installed <- rownames(installed.packages())
pkgs <- dir("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4")
new <- setdiff(pkgs, installed)
new
install.packages(new)
```
Nếu bạn có một máy có nhiều CPU, bạn có thể tăng tốc quá trình, ví dụ:
```
install.packages(new, Ncpus = 6)
```

Tài liệu tham khảo

Trả lời bởi Dirk Eddelbuettel cho một cuộc điều tra tương tự trong danh sách gửi thư R-SIG-Debian
Câu hỏi SO liên quan

— krlmlr
nguồn

3

Phương pháp trên hoạt động hoàn toàn chính xác đối với tôi. (Cảm ơn Krlmlr.) Hai đề xuất bổ sung cho những người chưa có kinh nghiệm với Ubuntu: 1. Xóa các gói r-cran- * trước đó bằng: sudo apt-get remove r-cran- * 2. Sau khi thêm PPA của Michael Rutter, hãy nhớ chạy: sudo apt-get update

— Larry

Phương pháp trên hoạt động hoàn toàn chính xác đối với tôi. (Cảm ơn Krlmlr.) Hai đề xuất bổ sung cho những người chưa có kinh nghiệm với Ubuntu: 1. Xóa các gói r-cran- * trước đó bằng: sudo apt-get remove r-cran- * 2. Sau khi thêm PPA của Michael Rutter, hãy nhớ chạy: sudo apt-get update trước khi chạy: sudo apt install r-api-3.5

— Larry

@ Khai thác: Cảm ơn. Bạn có thể chỉnh sửa bài viết?

— krlmlr

@krlmlr Tôi đề nghị bạn xóa Ncpus = 6khỏi câu trả lời. Nó có thể dẫn đến sự chậm chạp bất ngờ, đặc biệt đối với những người (i) không đọc mã đầy đủ trước khi sao chép / dán; và (ii) sẽ làm điều này trong một máy tính cá nhân. Tùy chọn cũng không cần thiết cho câu trả lời.

— Thứ

1

@fridaymeetssunday: Đã thêm nhận xét. Đồng ý rằng Ncpus = 6có thể chậm trên các máy yếu, nhưng sau đó không ai nên sao chép-dán mà không ít nhất là quét mã.

— krlmlr

13

Trang web CRAN đã được cập nhật kể từ phản hồi của @ krlmlr vào đầu tháng 6: https://cran.r-project.org/bin/linux/ubfox/ .

Các hướng dẫn CRAN có một số bước, nhưng tóm tắt là sources.listtệp nên tham chiếu một kho lưu trữ dành riêng cho phiên bản 3.5.x & 3.6.x. Mục nhập là một cái gì đó như

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial-cran35/

thay vì mục (không có phiên bản) trước đó của

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial/

Mô tả có liên quan từ trang web (cuối cùng sẽ thay đổi):

Các gói R 3.6 cho Ubuntu trên i386 và amd64 có sẵn cho hầu hết các bản phát hành Ubuntu ổn định trên máy tính cho đến ngày kết thúc chính thức của chúng. Tuy nhiên, chỉ có bản phát hành Hỗ trợ dài hạn (LTS) mới nhất được hỗ trợ đầy đủ. Kể từ ngày 18 tháng 11 năm 2018, các bản phát hành được hỗ trợ là Xenial Xerus (16.04; LTS), Trusty Tahr (14.04; LTS), Bionic Beaver (18.04; LTS), Mực vũ trụ (18.10) và Vũ điệu Dingo (19.04). Lưu ý, để cài đặt các gói R 3.6, cần có một mục nhập nguồn khác. Xem bên dưới để biết chi tiết. Mặc dù R đã chuyển sang phiên bản 3.6, để tương thích, mục nguồn.list vẫn sử dụng ký hiệu cran3.5.

chỉnh sửa 2019-05-13: cập nhật cho bản phát hành R 3.6.0 của tháng trước.

— wibeasley
nguồn

2

Các xenial-cran35/phiên bản của repo không hoạt động nếu bạn có một "phiên bản mặc định" thiết lập trong apt, như trường hợp ở một số distro rằng công việc trên Ubuntu, chẳng hạn như Mint. Đối với bản phân phối Mint của tôi, tồn tại một tệp /etc/apt/apt.conf.d/01ubuntubên trong nó tuyên bố Default-Release "xenial"; Điều này có nghĩa là gì, vì cơ sở r tồn tại trong repo ub Ubuntu ở phiên bản 3.2, với bản phát hành "xenial", nó sẽ không bao giờ sử dụng nhánh 3.6 từ repo khác, vì tên phát hành cho repo đó là "xenial-cran35". Bạn cần chỉnh sửa tệp đó để thay đổi bản phát hành mặc định thành "xenail-cran35" hoặc làm một cái gì đó nhọn hơn bằng cách sử dụng tệp ưu tiên apt ( https://wiki.debian.org/AptPreferences#A.2Fetc.2Fapt.2Fpreferences ).

Về cơ bản, đây là lỗi của R vì có repo được định dạng kém. Họ nên có 2 repos, mỗi repos có một thư mục phát hành "xenial", một url cho công việc chi nhánh 3.2 của họ và một cho công việc chi nhánh 3.5+. Thay vào đó, họ có một repo và đã bastard hóa "tên phát hành", điều này chỉ xảy ra với Ubuntu cơ bản, nhưng sẽ không hoạt động nếu bạn có cấu hình apt không theo cơ sở theo cách này.

— Scott
nguồn

0

Điều này cần phải được thực hiện như vậy hiện nay:

sudo apt purge r-base* r-recommended r-cran-*
sudo apt autoremove
sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/'
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
sudo apt update
sudo apt install r-base-dev

'bionic' có thể được thay đổi thành phiên bản ubfox của bạn; kiểm tra tài liệu R: https://cran.r-project.org/bin/linux/ubfox/

/programming//a/56378217/4549682

— lời nói
nguồn