Sự khác biệt thực sự lớn duy nhất giữa việc cài đặt mọi thứ từ Trung tâm phần mềm hoặc gui khác và thực hiện nó từ dòng lệnh là khi có sự cố.
Trong hầu hết các guis, thông báo lỗi cài đặt bị ẩn và chúng chỉ cung cấp cho bạn một thông báo chung rằng nó không hoạt động. Khi bạn thực hiện nó từ dòng lệnh, bạn sẽ thấy tất cả các thông báo được tạo. Thông thường, thông tin này có thể được sử dụng để khắc phục sự cố hoặc nó sẽ cho bạn biết lý do tại sao bạn có thể không muốn khắc phục nó. Ví dụ: cài đặt gói sẽ phá vỡ hoặc gỡ cài đặt các gói khác đã được cài đặt.
Đôi khi, một gói không cài đặt được chỉ vì một trong các phụ thuộc của nó không được cài đặt (và cài đặt thông thường không tự động sửa giống như hầu hết). Khi điều này xảy ra, bạn thường có thể chỉ cần cài đặt gói bị thiếu trước và sau đó cài đặt của bạn sẽ thành công.
Ngoài ra, apt-get sẽ thông báo cho bạn về các gói liên quan khác được "khuyến nghị" cùng với gói của bạn, vì vậy bạn có thể tra cứu chúng và xem nếu bạn muốn bất kỳ gói nào trong số chúng.
Nó cũng báo cáo về bất kỳ gói nào đã được cài đặt trước đó có lẽ không còn cần thiết nữa và cho bạn biết cách loại bỏ chúng.
Bạn không nên thêm / xóa các gói từ một trong hai bước cuối cùng này mà không xem xét cẩn thận các gói liên quan, nhưng nó thường an toàn.
Trong Ubuntu 12.04, các ứng dụng mới được cài đặt được thêm vào trình khởi chạy theo mặc định, nhưng điều này chỉ xảy ra đối với các ứng dụng được cài đặt bằng Trung tâm phần mềm.