Vấn đề với trình tự chuỗi DNA

11

Gần đây tôi đã có được bộ giải mã bộ gen MinION USB (DNA), điều làm tôi thất vọng dường như không hoạt động đúng với Ubuntu.

Tôi đang sử dụng bản phát hành 12.04 của Ubuntu. Trình sắp xếp chuỗi được phát hiện chính xác bởi tập lệnh / trình điều khiển đi kèm với nó, nhưng dường như không thể phát hiện mẫu.

Tôi đang đính kèm ảnh chụp màn hình của quá trình. Mọi sự trợ giúp sẽ rất được trân trọng!

nhập mô tả hình ảnh ở đây

drivers usb

— Richard Rodriguez
nguồn

1

Hãy thử chạy chương trình thu thập tập lệnh / mẫu với quyền root vớigksu

— Phục hồi Monica - ζ--

Thiết bị có ném một số tin nhắn hữu ích vào / var / log / syslog hay gì không?

— Christian

2

Nhìn thấy thiết bị được phát hiện đúng bởi tập lệnh, có vẻ như vấn đề của bạn nằm ở phía trình tự gen của mọi thứ, thay vì là vấn đề của Ubuntu. Có bất kỳ tiện ích nào khác sẽ cho phép bạn giao tiếp với trình sắp xếp thứ tự của mình cho bất kỳ tính năng nào khác, có lẽ là một thói quen hiệu chuẩn? Nếu Ubuntu có thể giao tiếp với máy và khiến nó làm việc khác, tôi sẽ gặp vấn đề là do trình tự gen chứ không phải với máy tính. Một thử nghiệm khả thi khác là thử sử dụng một hệ điều hành khác, nếu có sẵn phần mềm. Cuối cùng, hãy đảm bảo rằng trình sắp xếp chuỗi của bạn có chương trình cơ sở mới nhất và phần mềm bạn đang sử dụng để kết nối được cập nhật.

— Danbsmith
nguồn

Có một điều nữa tôi sẽ suy đoán, đó là chạy nó từ shell có thể không được ưu tiên nhiều nhất. Đây là trình sắp xếp chuỗi nanopore Oxford cần xác thực đầy đủ trước khi có thể cho phép trên lưới của họ. Anh ta không có đủ thông tin để chạy và truy cập vào mẫu - đó là những gì tôi nghĩ.

— all4naija

Đây là một trình tự DNA trình tự khép kín. Giao diện của nó rất có thể là một bộ chuyển đổi cổng nối tiếp USB bình thường mà tập lệnh được cung cấp đang nói đến - có vẻ như đang hoạt động đúng. Tôi đồng ý rằng vấn đề có lẽ là do sự kết thúc của trình sắp xếp thứ tự, chứ không phải giao diện với máy tính. GridION không phải là một nền tảng "điện toán đám mây", nó là một chuỗi các trình tự gen song song cho các công việc lớn hơn.

— Adrian

Để biết thêm thông tin: nanoporetech.com/technology/the-gridion-system/...

— all4naija

1

Một phỏng đoán hoang dã: nó có thể là một vấn đề quyền? Một số thiết bị hoạt động tốt đối với một số hoạt động khi chạy như một người dùng thông thường, nhưng yêu cầu rootđặc quyền để thực hiện các hoạt động khác. Vì vậy, bạn có thể thử sudo ./gseqvà xem nếu điều đó giúp. Nếu điều đó có ích nhưng bạn không muốn chạy rootmọi lúc, bạn có thể theo dõi (các) tệp thiết bị và thay đổi quyền của họ để cấp cho bạn quyền truy cập vào thiết bị bằng tài khoản bình thường của bạn. Điều này có thể sẽ liên quan đến việc tạo ra các quy tắc udev. Tôi sẽ không đi sâu vào vấn đề này vì giải pháp này là một cú sút xa.

— Rod Smith
nguồn

0

Có thể là tuổi thọ 6 giờ của thiết bị đã bị vượt quá? Có vẻ như đó là lỗi thiết bị hoặc sự cố quá trình. Hỗ trợ kỹ thuật của MinION có thể là liên hệ chính của bạn để giải quyết vấn đề này vì có vẻ như chương trình đang liên lạc với thiết bị.

Chris

— người chế tạo4
nguồn