Những công cụ sinh học và tin học sinh học nào có sẵn?

Hôm nay, tôi được yêu cầu tìm (các) phiên bản Khoa học của Ubuntu. Họ thực sự đang tìm kiếm các công cụ để thực hiện phân tích trình tự DNA, xác minh protein, ước tính và nhiều nhiệm vụ liên quan đến sinh học.

Đầu tiên:

1. Có phiên bản khoa học, định hướng sinh học của Ubuntu không

2. Có công cụ để làm phân tích khoa học như các điểm được đề cập ở trên.

Tôi đã thực hiện một số Google về các công cụ nghiên cứu và hệ điều hành dựa trên Debian, RHEL và Virtal Machine khác nhau cho sinh học tính toán và tin sinh học. Một vài điều đáng chú ý được tóm tắt dưới đây:

Debian Med : một hệ điều hành Debian đặc biệt phù hợp với các yêu cầu về thực hành y tế và nghiên cứu y sinh.

DNALinux : là một Máy ảo với phần mềm tin sinh học được cài đặt sẵn.

Bioknoppix : là bản phân phối tùy chỉnh của Knoppix Linux Live CD. Nó đi kèm với các ứng dụng nhắm mục tiêu cho các nhà sinh học phân tử. Bên cạnh việc sử dụng một số RAM, Bioknoppix không chạm vào máy tính chủ (vì đó là Live-CD) và lý tưởng cho các cuộc biểu tình, sinh viên phân tử, hội thảo, v.v.

Vigyaan : ("Vigyaan" có nghĩa là "Khoa học" trong tiếng Hin-ddi. Nhưng đây không phải là tôi quá khoa học Linux). Vigyaan là một bàn làm việc điện tử cho tin sinh học, sinh học tính toán và hóa học tính toán. Nó đã được thiết kế để đáp ứng nhu cầu của cả người mới bắt đầu và các chuyên gia. VigyaanCD là một đĩa CD Linux trực tiếp chứa tất cả các phần mềm cần thiết để khởi động máy tính với phần mềm mô hình hóa đã sẵn sàng để sử dụng. VigyaanCD v1.0 dựa trên KNOPPIX v3.7.

VLinux : là một bản phân phối và thiết bị Linux dành cho sinh viên và nhà nghiên cứu về Tin sinh học. Nó dựa trên OpenSUSE và được xây dựng bằng cách sử dụng Suse Studio của Novell.

BioSLAX : là bộ công cụ tin sinh học CD / DVD trực tiếp mới được phát hành bởi nhóm tài nguyên của Trung tâm tin học sinh học (BIC), Đại học Quốc gia Singapore (NUS). Có khả năng khởi động từ bất kỳ PC nào, CD / DVD này chạy hương vị SLACKware được nén của hệ điều hành LINUX còn được gọi là SLAX.

Bio-Linux 6.0 : là một máy trạm tin sinh học đầy đủ tính năng, mạnh mẽ, cấu hình và dễ bảo trì. Bio-Linux cung cấp hơn 500 chương trình tin sinh học trên cơ sở Ubuntu Linux 10.04. Có một menu đồ họa cho các chương trình tin sinh học, cũng như dễ dàng truy cập vào hệ thống tài liệu tin sinh học Bio-Linux và dữ liệu mẫu hữu ích cho các chương trình thử nghiệm. Bạn cũng có thể cài đặt các gói Bio-Linux để xử lý các kiểu dữ liệu chuỗi thế hệ mới.

Ý kiến ​​của tôi với tư cách là một nhà sinh học là tải xuống và chạy bất kỳ hương vị Linux nào phù hợp với bạn. Hầu như tất cả đều miễn phí để tải xuống và sử dụng. Trong công việc nghiên cứu của tôi, tôi sử dụng Ubuntu và CentOS. Tôi sẽ chia sẻ kinh nghiệm của tôi.

CentOS : Nếu bạn cài đặt tất cả các thư viện trong khi thiết lập, bạn sẽ không gặp phải nhiều vấn đề sau này. Tôi đã sử dụng gói Phân tử động lực AMBER và Desmond trên đó. Nó chạy nói chung mà không đặt ra nhiều vấn đề.

Ubuntu: Vì nó không đi kèm với nhiều thư viện được cài đặt sẵn, bạn phải biết nơi tìm thông tin về việc chạy một phần mềm trên nó. Tuy nhiên, vì Ubuntu rất phổ biến trong số các nhà nghiên cứu , tôi không tìm thấy lý do tại sao bạn không nên thử nó. Nếu bạn gặp bất kỳ khó khăn nào khi cài đặt hoặc chạy phần mềm, bạn có thể đăng câu hỏi lên danh sách gửi thư cụ thể liên quan đến phần mềm cụ thể đó. Trong các chương trình trung tâm phần mềm Ubuntu như Pymol , AutoDock , Unipro UGENE, v.v. đều có sẵn. Gromacs đã có sẵn trước đó (tôi không tìm thấy nó trong 12.04).

Tôi thực sự khuyên bạn nên nỗ lực một lần và cài đặt tất cả phần mềm hữu ích của bạn trên Ubuntu và sau đó sử dụng Remastersys để tạo các bản sao HĐH của bạn để đưa nó vào nhiều máy tính để bàn và máy trạm bạn muốn.

Cá nhân, tôi thấy một phạm vi rộng lớn trong việc có một hệ điều hành Linux chuyên biệt được nhắm mục tiêu cho đối tượng nghiên cứu sinh học và hóa học.

Hy vọng nó giúp.

Bio-Linux là một máy trạm tin sinh học trên cơ sở Ubuntu.

Ngoài ra, có một loạt các chương trình / công cụ định hướng sinh học cho Ubuntu, được liệt kê và xây dựng ở đây .

Theo như tôi biết, không có phân phối chuyên biệt cho mục đích này.

(Có tồn tại một bản phân phối được gọi là khoa học Linux , mà là dựa trên RedHat / CentOS, nhưng nó chủ yếu được phát triển bởi các mục tiêu và nhu cầu của Vật lý năng lượng cao (và không có bất kỳ khả năng nói chung thiếu trong kho Ubuntu).)

Có một danh mục sinh học (theo khoa học / kỹ thuật) với một bộ các gói, mặc dù số lượng ứng dụng khoa học chuyên ngành được đóng gói với ubfox tương đối nhỏ (và tôi hy vọng đây cũng sẽ là trường hợp cho các bản phân phối khác mà bạn có thể xem). Khoa học + Kỹ thuật / Sinh học liệt kê một số nhưng dường như không được cập nhật.

Điều đó nói rằng, nhiều công cụ khoa học, mặc dù không có trong kho lưu trữ chính thức, cung cấp các gói tương thích với Ubuntu (.deb) mà bạn có thể tải xuống (ví dụ libSBML ) hoặc nhị phân linux (ví dụ Copasi ) hoặc là trung tính nền tảng (được viết bằng java, python v.v.) và do đó sẽ chạy khá vui vẻ trong Ubuntu (ví dụ ImageJ ).

Tôi sử dụng Ubuntu cho công việc sinh học tính toán, mặc dù điều này chủ yếu liên quan đến việc làm việc với các công cụ có mục đích chung (ví dụ R, python) chứ không phải các ứng dụng chuyên dụng.

Tôi thấy có một số bản phối lại Khoa học Ubuntu có sẵn, nhưng tất cả chúng dường như đã chết. Đây dường như là cách có rất nhiều bản phối lại của Ubuntu, bởi vì nhiều lần họ không cung cấp nhiều thứ ngoài việc chỉ tự động cài đặt một số ứng dụng, vì vậy họ không nhận được khối lượng quan trọng cần thiết cho các nhà phát triển để duy trì chúng .

Đề xuất của tôi sẽ là sử dụng một bản phân phối dựa trên cơ sở khoa học vững chắc, như Khoa học Linux , là thứ được sử dụng (và được phát triển bởi) bởi Fermilab, CERN, v.v. Đây là bản phân phối không xuất hiện ở bất cứ đâu sớm và rất tuyệt hỗ trợ từ cộng đồng khoa học. Thật không may, nó dựa trên Red Hat, vì vậy nó có thể không phù hợp với nhu cầu của bạn một cách hoàn hảo.

Nếu bạn cần sử dụng Ubuntu, có một số ứng dụng khoa học có sẵn trong kho, chỉ cần kích hoạt Trung tâm phần mềm Ubuntu và duyệt "Khoa học & Kỹ thuật" -> Sinh học. Tôi không chắc chắn về tính hữu ích của các chương trình này, vì nó nằm ngoài chuyên môn của tôi. Nếu chúng đủ, bạn có thể thiết lập một tập lệnh bash nhanh cài đặt tất cả chúng khi bạn thiết lập một máy mới.