Làm cách nào để cài đặt rgdal trên Ubuntu 12.10?


16

Tôi đang cố gắng cài đặt rgdalthư viện trên Ubuntu 12.10.

Cài đặt từ bên trong R dẫn đến lỗi:

Lỗi: không tìm thấy gdal-config Tập lệnh gdal-config được phân phối với GDAL không thể tìm thấy. Nếu bạn chưa cài đặt thư viện GDAL, bạn có thể tải xuống nguồn từ http://www.gdal.org/ Nếu bạn đã cài đặt thư viện GDAL, thì hãy đảm bảo rằng gdal-config nằm trong đường dẫn của bạn. Hãy thử gõ gdal-config tại dấu nhắc shell và xem nó có chạy không. Nếu không, hãy sử dụng: --cool-args = '- with-gdal-config = / usr / local / bin / gdal-config' với các giá trị phù hợp cho cài đặt của bạn.

LRI: cấu hình không thành công cho gói 'rgdal' * loại bỏ '/home/rdk/R/x86_64-pc-linux-gnu-l Library / 2.15 / rgdal' Cảnh báo trong install.packages: cài đặt gói 'rgdal' có lối thoát khác không trạng thái

R-sig-Geo , này hai câu hỏi SE và các trang web khác chỉ cho tôi với yêu cầu của libgdal1-dev.

Nhưng khi tôi đã cố gắng

sudo apt-get cài đặt libgdal1-dev

Tôi kết thúc với một thông báo lỗi khác

Một số gói không thể được cài đặt. Điều này có thể có nghĩa là bạn đã yêu cầu một tình huống không thể hoặc nếu bạn đang sử dụng bản phân phối không ổn định mà một số gói yêu cầu chưa được tạo hoặc đã được chuyển ra khỏi In chuẩn. Các thông tin sau có thể giúp giải quyết tình huống:

Các gói sau có phụ thuộc chưa được đáp ứng: libgdal1-dev: Depends: libgdal-dev nhưng nó sẽ không được cài đặt E: Không thể sửa lỗi, bạn đã giữ các gói bị hỏng.

Một lần nữa - khi tôi cố gắng cài đặt libgdal-devmột lỗi phụ thuộc khác xuất hiện

Các gói sau có phụ thuộc chưa được đáp ứng: libgdal-dev: Depends: libgeos-dev nhưng nó sẽ không được cài đặt Tùy thuộc: libspatialite-dev nhưng nó sẽ không được cài đặt

Một lần nữa cố gắng libgeos-devđưa ra thông điệp:

Depends: libgeos-c1 (= 3.3.3-1.1) but 3.3.3-2~precise2 is to be installed
E: Unable to correct problems, you have held broken packages.

libspatialite-dev:

Depends: libspatialite3 (= 3.1.0~rc2-1ubuntu1) but
3.1.0~rc2-2~precise1 is to be installed

Có cách nào để chế ngự những phụ thuộc đó và đã rgdalchạy trong Ubuntu không?

Của tôi sessionInfo()

Phiên bản R 2.15.1 (2012-06-22) Nền tảng: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)


1
Trên Ubuntu 12.04 cài đặt libgdal-dev & libgdal1-dev hoạt động tốt - có lẽ đó là do Quantal (12.10) còn khá mới và các nhà bảo trì gói chưa cập nhật đúng phiên bản? (Trên thực tế, tại sao là nó nói nó sẽ cài đặt 3.3.3-2~precise2khi bạn đang ở trên Định lượng?)
mathematical.coffee

1
@ math.coffee Đúng. Tôi đã làm điều này trên QQbeta2 một vài tuần trước, nhưng tôi không thể nhớ làm thế nào. Hãy thử đặt kho CRAN trong /etc/apt/source.list thành precisechứ không phải quantal.
Ari B. Friedman

2
Bạn đã xem liệu bạn có thể có được r-cran-rgdal thông qua PPA của Michael không?
Dirk Eddelbuettel

math.coffee: Cũng có thể là quá sớm rồi. Ari: Tôi đã cập nhật repo CRAN - cảm ơn vì tiền boa. Dirk: Xin tha thứ cho sự thiếu hiểu biết của tôi - chúng ta đang nói về launchpad.net/~marutter/+archive/c2d4u
radek

@radek đưa ra câu trả lời của Josh O'Brien bên dưới cho ngày 14.04, có thể đáng để chỉnh sửa câu hỏi của bạn để làm cho nó chung chung hơn cho các bản phát hành Ubuntu khác. Tôi nghĩ sẽ hữu ích khi có một câu hỏi kinh điển cho việc này.
amc

Câu trả lời:


24

Một câu trả lời gần đây hơn có thể được tìm thấy ở đây: http://robinlovelace.net/r/2013/11/26/installing-rgdal-on-ub Ubuntu.html .

Về cơ bản, ba dòng mã sau đây sẽ sắp xếp nó:

sudo apt-get install aptitude # install aptitude as an alternative to apt-get
sudo aptitude install libgdal-dev # install the package (you may have to respond to queries here)
sudo aptitude install libproj-dev # install the proj.4 projection library

Đã dành nhiều tuổi cho vấn đề này, vì vậy hy vọng câu trả lời cập nhật này hữu ích cho những người khác. Hãy cho tôi biết nếu như vậy!


Có một vấn đề với rgdalmột lần nữa ... và vấp phải câu hỏi của riêng tôi ở đây. Lần này giải pháp của bạn đã giải quyết vấn đề.
radek

hữu ích. Cảm ơn bạn rất nhiều vì đã dành thời gian để ghi lại các bước này.
Josh O'Brien

1
sudo apt-get install r-cran-rgdal # lệnh này cũng thực hiện và cài đặt các phụ thuộc tự động
RobinLigsace

13

Hãy thử chạy tất cả chúng cùng nhau và chỉ định các phiên bản, như thế này:

sudo apt-get install libgdal1-dev libgdal-dev libgeos-c1=3.3.3-1.1 libspatialite3=3.1.0~rc2-1ubuntu1

apt-get không thích hạ cấp các gói, nhưng nó sẽ làm nếu bạn chỉ định nó.


Cảm ơn - điều đó dường như để thực hiện các mẹo. Cập nhật trong tương lai sẽ gây ra một số xung đột với giải pháp như vậy?
radek

2
Chúng có thể gây ra vấn đề nâng cấp, vâng. Để ngăn gói được nâng cấp, hãy chạy gói này cho mọi gói:echo packagename hold | sudo dpkg --set-selections
Rucent88

4

Dưới đây vào tháng giêng năm 2016, trên Ubuntu 14.04.2 (và với R 3.2.2), tôi cần những điều sau đây để có được cả hai rgdal và bổ sung (và thường xuyên rất hữu ích) gdalUtils gói cài đặt:

sudo apt-get update
sudo apt-get -y install libgdal1h
sudo apt-get -y install libgdal1-dev
sudo apt-get install libproj-dev
sudo apt-get install gdal-bin
Rscript 'install.packages(c("rgdal", "gdalUtils"))'

Cập nhật: Như vào tháng 1 năm 2017, phiên bản libgdal là 1i, vì vậy dòng mã thứ hai nên đọc:

sudo apt-get -y install libgdal1i

3

Mở terminal bằng cách nhấn (Ctrl + alt + T) và gõ lệnh sau.

sudo apt-get cập nhật

sudo apt-get install -f

(Nó sẽ sửa các phụ thuộc.)

sudo apt-get autoremove

(loại bỏ các gói không cần thiết)

sudo apt-nhận sạch

(Xóa bộ nhớ cache)


Cảm ơn. Tôi đã thử giải pháp của bạn (autoremove không loại bỏ bất cứ điều gì) - thật không may, nó không giúp được gì.
radek

1
Nó loại bỏ nếu có bất kỳ gói không cần thiết, đôi khi nó trở nên quan trọng để loại bỏ nó khi hệ thống của bạn có nó.
Ketan Patel

3

Để có được rgdal để cài đặt trên Ubuntu 12.04, tôi đã phải cài đặt (và giữ) nhiều gói phiên bản cụ thể. Về cơ bản, tôi đã thử từng gói và cài đặt các phiên bản phụ thuộc cần thiết cho đến khi tôi có thể làm việc trở lại mục tiêu ban đầu, để cài đặt libgdal1-dev

sudo apt-get install libspatialite3=3.0.0~beta20110817-3
echo libspatialite3 hold | sudo dpkg --set-selections
sudo apt-get install libspatialite-dev
sudo apt-get install libgeos-c1=3.3.3-1.1~pgdg12.4+1
echo libgeos-c1 hold | sudo dpkg --set-selections
sudo apt-get install libgdal1=1.9.0-3.1~pgdg12.4+1
echo libgdal1 hold | sudo dpkg --set-selections

sudo apt-get install libgdal-dev
sudo apt-get install libgdal1-dev
gdal-config # now works, and can now install rgdal
Khi sử dụng trang web của chúng tôi, bạn xác nhận rằng bạn đã đọc và hiểu Chính sách cookieChính sách bảo mật của chúng tôi.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.